JH
Jiazhen He
Author with expertise in Computational Methods in Drug Discovery
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
8
(63% Open Access)
Cited by:
186
h-index:
17
/
i10-index:
27
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Evaluation of reinforcement learning in transformer-based molecular design

Jiazhen He et al.Aug 8, 2024
Designing compounds with a range of desirable properties is a fundamental challenge in drug discovery. In pre-clinical early drug discovery, novel compounds are often designed based on an already existing promising starting compound through structural modifications for further property optimization. Recently, transformer-based deep learning models have been explored for the task of molecular optimization by training on pairs of similar molecules. This provides a starting point for generating similar molecules to a given input molecule, but has limited flexibility regarding user-defined property profiles. Here, we evaluate the effect of reinforcement learning on transformer-based molecular generative models. The generative model can be considered as a pre-trained model with knowledge of the chemical space close to an input compound, while reinforcement learning can be viewed as a tuning phase, steering the model towards chemical space with user-specific desirable properties. The evaluation of two distinct tasks-molecular optimization and scaffold discovery-suggest that reinforcement learning could guide the transformer-based generative model towards the generation of more compounds of interest. Additionally, the impact of pre-trained models, learning steps and learning rates are investigated.Scientific contributionOur study investigates the effect of reinforcement learning on a transformer-based generative model initially trained for generating molecules similar to starting molecules. The reinforcement learning framework is applied to facilitate multiparameter optimisation of starting molecules. This approach allows for more flexibility for optimizing user-specific property profiles and helps finding more ideas of interest.
0

Construction of dendritic Pt–Pd bimetallic nanotubular heterostructure for advanced oxygen reduction

Mingwei Wang et al.Aug 23, 2024
Abstract Compositions and morphologies of Pt‐based electrocatalysts have great impact on the electrocatalytic activity and stability of oxygen reduction reaction (ORR). Herein, we report a novel design of one‐dimensional (1D) Pt–Pd dendritic nanotubular heterostructures (DTHs) by controlling the degree of Pt 2+ ‐Pt reduction reaction and Pd‐Pt galvanic replacement reaction with uniform Pd nanowires as sacrificial templates. The obtained Pt–Pd bimetallic DTHs catalyst exhibited uniform and dense Pt dendritic nanobranches on the surface of 1D hollow Pt–Pd alloy nanotubes, possessing superior catalytic activity for ORR compared to state‐of‐the‐art commercial Pt/C catalysts. Typically, the Pt 4 Pd DTHs catalyst showed efficient mass activity (MA, 1.05 A mg Pt −1 ) and specific activity (SA, 1.25 mA cm Pt −2 ) at 0.9 V (vs. RHE), and the catalyst exhibited high stability with 90.4% MA retention after 20 000 potential cycles. The Pt–Pd bimetallic DTHs configuration combines the advantages of 1D hollow nanostructures and dense Pt dendritic nanobranches, which results in rich electrochemical active surface sites, fast charge transport, and multiple dendritic anchoring points contact on carbon support, thus boosting its catalytic activity and stability towards electrocatalysis.
0

Exhaustive local chemical space exploration using a transformer model

Alessandro Tibo et al.Aug 25, 2024
How many near-neighbors does a molecule have? This fundamental question in chemistry is crucial for molecular optimization problems under the similarity principle assumption. Generative models can sample molecules from a vast chemical space but lack explicit knowledge about molecular similarity. Therefore, these models need guidance from reinforcement learning to sample a relevant similar chemical space. However, they still miss a mechanism to measure the coverage of a specific region of the chemical space. To overcome these limitations, a source-target molecular transformer model, regularized via a similarity kernel function, is proposed. Trained on a largest dataset of ≥200 billion molecular pairs, the model enforces a direct relationship between generating a target molecule and its similarity to a source molecule. Results indicate that the regularization term significantly improves the correlation between generation probability and molecular similarity, enabling exhaustive exploration of molecule near-neighborhoods. Understanding molecular near neighbours is key for molecular optimization. Here, authors propose a transformer model that improves correlation between generation probability and molecular similarity, enhancing exploration of molecular neighbourhoods.
0

Design and ergonomic evaluation of garments for long-term bedridden patients

Qingqing Zhang et al.Nov 14, 2024
Purpose On the basis of demand survey feedback from individuals with disabilities and caregivers, this study designed two sets of functional garments for long-term bedridden patients, with the primary objective of increasing convenience and reducing the physical workload of caregivers. Design/methodology/approach Wear trials were conducted by employing 24 subjects to perform 11 different tasks to compare the performance of the two newly developed garments with that of conventional hospital patient apparel. Task operation time, heart rate (HR), electromyography (EMG) signals, and subjective perceptions were evaluated. Findings The new functional garments reduced the time required to perform tasks by 29–79%, maintained the average HR of caregivers at approximately the resting threshold and resulted in a 37–74% reduction in the root mean square (RMS) of the EMG at the arm muscles in the private and thigh nursing tasks. All the subjective and objective evaluation results of the caregivers demonstrated varying degrees of correlation. Practical implications This study has practical implications for the design of functional clothing for long-term bedridden patients and provides guidance for evaluating the ergonomics of garments that can be utilized only with caregiver support. Originality/value In contrast to previous studies that focused primarily on individuals with disabilities while overlooking the indispensable role of caregivers in the nursing process, this study shifted its emphasis to long-term bedridden patients who relied exclusively on caregivers for daily activities. Additionally, this study attempted to analyze the correlations between the evaluation parameters to explore the relationships between the evaluation methods.