GO
Gbolahan Oduselu
Author with expertise in Computational Methods in Drug Discovery
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
7
(86% Open Access)
Cited by:
0
h-index:
6
/
i10-index:
4
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

In silico studies of benzothiazole derivatives as potential inhibitors of Anopheles funestus and Anopheles gambiae trehalase

Temitope Ogunnupebi et al.Aug 9, 2024
Introduction In malaria management, insecticides play a crucial role in targeting disease vectors. Benzothiazole derivatives have also been reported to possess insecticidal properties, among several other properties they exhibit. The female Anopheles mosquito is responsible for transmitting the malaria parasite when infected. Anopheles gambiae ( Ag ) and Anopheles funestus ( Af ) are two of the most notable Anopheles species known to spread malaria in Nigeria. Trehalase is an enzyme that breaks down trehalose. Recent research has proposed it as a viable target for inhibition since it aids in flight and stress adaptation. Methods This study aimed to investigate benzothiazole derivatives as potential inhibitors of trehalase of Anopheles funestus ( Af Tre) and Anopheles gambiae ( Ag Tre) using toxicity profiling, molecular docking, and dynamic simulation for future insecticidal intervention. A total of 4,214 benzothiazole-based compounds were obtained from the PubChem database and subjected to screening against the 3D modelled structure of Af Tre and Ag Tre. Compounds with some toxicity levels were optimised, and the obtained lead compounds were further investigated through molecular docking studies. Furthermore, the best hit was subjected to parameters such as RMSD, RMSF, SASA, Rg, and hydrogen bond to confirm its stability when in a complex with Af Tre, and these parameters were compared to that of validamycin A (control ligand). Results and discussion The post-screening analysis showed binding affinities of −8.7 and −8.2 kcal/mol (compound 1), −8.2 and −7.4 kcal/mol (compound 2), compared to −6.3 and −5.1 kcal/mol (Validamycin A, a known inhibitor) against Af Tre and Ag Tre, respectively. The molecular dynamics simulation showed that compound 1 (the best hit) had good stability when in complex with Af Tre. These findings suggest that these best hits can serve as potential inhibitors for the development of novel insecticides in the control of malaria vectors.
0

In silico analysis of potential inhibitors for breast cancer targeting 17beta‐hydroxysteroid dehydrogenase type 1 (17beta‐HSD1) catalyses

Md. Islam et al.Aug 1, 2024
Abstract Breast cancer (BC) is still one of the major issues in world health, especially for women, which necessitates innovative therapeutic strategies. In this study, we investigated the efficacy of retinoic acid derivatives as inhibitors of 17beta‐hydroxysteroid dehydrogenase type 1 (17beta‐HSD1), which plays a crucial role in the biosynthesis and metabolism of oestrogen and thereby influences the progression of BC and, the main objective of this investigation is to identify the possible drug candidate against BC through computational drug design approach including PASS prediction, molecular docking, ADMET profiling, molecular dynamics simulations (MD) and density functional theory (DFT) calculations. The result has reported that total eight derivatives with high binding affinity and promising pharmacokinetic properties among 115 derivatives. In particular, ligands 04 and 07 exhibited a higher binding affinity with values of −9.9 kcal/mol and −9.1 kcal/mol, respectively, than the standard drug epirubicin hydrochloride, which had a binding affinity of −8.2 kcal/mol. The stability of the ligand‐protein complexes was further confirmed by MD simulations over a 100‐ns trajectory, which included assessments of hydrogen bonds, root mean square deviation (RMSD), root mean square Fluctuation (RMSF), dynamic cross‐correlation matric (DCCM) and principal component analysis. The study emphasizes the need for experimental validation to confirm the therapeutic utility of these compounds. This study enhances the computational search for new BC drugs and establishes a solid foundation for subsequent experimental and clinical research.
0

Design of Potential Inhibitors of Pf5-ALAS in Liver Stage Plasmodium falciparum: A Sustainable Chemotherapeutic Approach to Address Antimalarial Resistance

Oluwadunni Elebiju et al.May 1, 2024
Abstract Plasmodium falciparum delta-aminolevulinate synthase ( Pf 5-ALAS) is the first enzyme in the heme biosynthetic pathway, and it is a liver stage specific enzyme in the developmental stages of Plasmodium falciparum . 8-amino quinoline derivatives have been reported to be active against liver stage parasite and hence was used as a template in the design of 12 derivatives as sustainable chemotherapeutics that were screened in this study designed as potential inhibitors of Pf 5-ALAS. The target was modelled due to the unavailability of its experimentally validated 3-dimensional (3D) structure. The binding energy of all 12 designed compounds ranged from -7.9 to -9.1 Kcal/mol which all performed better than primaquine a known inhibitor of liver stage malaria. All twelve designed compounds had comparatively good pharmacokinetic profiles and did not present a toxicity risk, according to in silico ADMET prediction. The position and presence of a functional group that introduces a synergistic impact and subsequently raises the binding energy are highlighted in the qualitative structural assessment of the top three hits. This might pave way to highly economical new antimalarial therapeutic for sustainability health and wellbeing in sub-Saharan Africa and beyond.
0

In silico studies of benzimidazole derivatives as sustainable inhibitors against Methicillin-resistant Staphylococcus aureus

Temitope Ogunnupebi et al.May 1, 2024
Abstract Antimicrobial resistance is becoming more rampant in our world today, and different measures are being taken to combat this challenge. Benzimidazoles are classified as heterocyclic compounds with notable pharmacological properties. As a result, benzimidazole has been combined with other compounds that have remarkable actions to create a more potent molecule. Exploring these substances to combat antibacterial resistance would therefore aid in achieving good health and wellbeing and promote sustainable development. Predicting the effectiveness of the compounds before manufacturing and clinical testing has made drug design easy. This study employs in silico methods like molecular docking to investigate alternate antibacterial agents from a library of benzimidazole derivatives. A library of compounds with a benzimidazole template was screened against the three-dimensional (3D) structure of peptidoglycan transpeptidase (PPB2A) of Staphylococcus aureus. Two binding sites were identified in the protein: the main site and the allosteric site. Molecular docking was done on the main and allosteric sites to obtain free binding energy ranging from -7.3 to -5.8 and -4.9 to -4.5 kcal/mol, respectively. The predictive Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion, and Toxicity (ADMET) experiments were done on the compounds to ascertain their safety. The results were compared to those of known antibiotics, and the compounds performed effectively. The benzimidazole derivative can be adopted as a prospective antibacterial agent with an alternative pathway for combating resistance issues and enhancing the quality of health and well-being globally.