JC
Jorge Cantero
Author with expertise in Diversity and Evolution of Fungal Pathogens
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
3
(67% Open Access)
Cited by:
0
h-index:
4
/
i10-index:
1
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Exploring the Use of a Lipopeptide in Dipalmitoylphosphatidylcholine Monolayers for Enhanced Detection of Glyphosate in Aqueous Environments

Paulo Ferreira et al.Jun 22, 2024
+6
A
B
P
The growing reliance on pesticides for pest management in agriculture highlights the need for new analytical methods to detect these substances in food and water. Our research introduces a SPRWG-(C
0

Use of 2,3,5-triphenyl tetrazolium chloride for detection of Fusarium semitectum viability in soybean seeds

Alice Medina et al.Jan 1, 2024
C
M
J
A
ABSTRACT: Colorimetric techniques, such as tetrazolium salts and resazurin, are indicators of viability (respiratory activity) of fungi, bacteria, and seeds widely used in different areas of research. The objective of this study was to develop a protocol with two screening methods, qualitative and quantitative, to detect the viability of Fusarium semitectum in soybean seeds using 2,3,5-triphenyl tetrazolium chloride (TZ). The experimental design was completely randomized in a triple factorial arrangement (incubation times, TZ concentrations, and inoculum serial dilutions) with levels of 3, 5, and 5 of each factor, respectively, and 3 replications in both methods. For the qualitative method, sensitivity was more satisfactory at 72 hours, at the minimum TZ concentration of 0.1 mg mL-1, and with the inoculum concentration of 10-¹. In the quantitative method (spectrophotometry), it was not possible to quantify the colony forming units (CFU) on plates, with the Optical Density (OD) being interfered with by structure of the mecelium in the microtube. Although it is a reproducible methodology, it is conditioned by fungal morphology. The present study allowed easy visualization of the structures of F. semitectum in soybean seeds, based on the TZ. However, it was not possible to quantify the inoculum density, due to low spore production, requiring greater adjustments in the methodology.
0

Pouring SIRAH on NAMD

Jorge Cantero et al.Sep 25, 2024
+2
L
A
J
Molecular dynamics (MD) simulations provide an invaluable platform for exploring the dynamics of complex biomolecular systems at atomic resolution. However, compatibility issues between force fields and MD software engines can limit the interoperability and transferability of simulations. This work demonstrates the successful use of the coarse-grained SIRAH force field on the widely used NAMD MD engine across a range of increasingly complex biomolecular systems. By leveraging NAMD's ability to read AMBER input files, SIRAH simulations can be run seamlessly on NAMD, including its recently released GPU-accelerated version, NAMD3. The benchmark systems demonstrate consistent results across AMBER, NAMD2, and NAMD3. Thus, these data highlight the enhanced simulation throughput achievable on GPU-accelerated desktop computers using all three engines along with SIRAH. Overall, this study expands the range of the SIRAH force field by utilizing advanced GPU computing resources and high-performance supercomputing facilities, which are particularly effective with NAMD.