BackgroundSpain is one of the European countries most affected by the COVID-19 pandemic. Serological surveys are a valuable tool to assess the extent of the epidemic, given the existence of asymptomatic cases and little access to diagnostic tests. This nationwide population-based study aims to estimate the seroprevalence of SARS-CoV-2 infection in Spain at national and regional level.Methods35 883 households were selected from municipal rolls using two-stage random sampling stratified by province and municipality size, with all residents invited to participate. From April 27 to May 11, 2020, 61 075 participants (75·1% of all contacted individuals within selected households) answered a questionnaire on history of symptoms compatible with COVID-19 and risk factors, received a point-of-care antibody test, and, if agreed, donated a blood sample for additional testing with a chemiluminescent microparticle immunoassay. Prevalences of IgG antibodies were adjusted using sampling weights and post-stratification to allow for differences in non-response rates based on age group, sex, and census-tract income. Using results for both tests, we calculated a seroprevalence range maximising either specificity (positive for both tests) or sensitivity (positive for either test).FindingsSeroprevalence was 5·0% (95% CI 4·7–5·4) by the point-of-care test and 4·6% (4·3–5·0) by immunoassay, with a specificity–sensitivity range of 3·7% (3·3–4·0; both tests positive) to 6·2% (5·8–6·6; either test positive), with no differences by sex and lower seroprevalence in children younger than 10 years (<3·1% by the point-of-care test). There was substantial geographical variability, with higher prevalence around Madrid (>10%) and lower in coastal areas (<3%). Seroprevalence among 195 participants with positive PCR more than 14 days before the study visit ranged from 87·6% (81·1–92·1; both tests positive) to 91·8% (86·3–95·3; either test positive). In 7273 individuals with anosmia or at least three symptoms, seroprevalence ranged from 15·3% (13·8–16·8) to 19·3% (17·7–21·0). Around a third of seropositive participants were asymptomatic, ranging from 21·9% (19·1–24·9) to 35·8% (33·1–38·5). Only 19·5% (16·3–23·2) of symptomatic participants who were seropositive by both the point-of-care test and immunoassay reported a previous PCR test.InterpretationThe majority of the Spanish population is seronegative to SARS-CoV-2 infection, even in hotspot areas. Most PCR-confirmed cases have detectable antibodies, but a substantial proportion of people with symptoms compatible with COVID-19 did not have a PCR test and at least a third of infections determined by serology were asymptomatic. These results emphasise the need for maintaining public health measures to avoid a new epidemic wave.FundingSpanish Ministry of Health, Institute of Health Carlos III, and Spanish National Health System.

The aim of this study was to determine the etiology of community-acquired pneumonia (CAP) and the impact of age, comorbidity, and severity on microbial etiologies of such pneumonia. Overall, 395 consecutive patients with CAP were studied prospectively during a 15-mo period. Regular microbial investigation included examination of sputum, blood culture, and serology. Sampling of pleural fluid, transthoracic puncture, tracheobronchial aspiration, and protected specimen brush (PSB) sampling were performed in selected patients. The microbial etiology was determined in 182 of 395 (46%) cases, and 227 pathogens were detected. The five most frequent pathogens were Streptococcus pneumoniae (65 patients [29%]), Haemophilus influenzae (25 patients [11%]), Influenza virus A and B (23 patients [10%]), Legionella sp. (17 patients [8%]), and Chlamydia pneumoniae (15 patients [7%]). Gram-negative enteric bacilli (GNEB) accounted for 13 cases (6%) and Pseudomonas aeruginosa for 12 cases of pneumonia (5%). Patients aged < 60 yr were at risk for an "atypical" bacterial etiology (odds ratio [OR]: 2.3; 95% confidence interval [CI]: 1.2 to 4.5), especially Mycoplasma pneumoniae (OR: 5.3; 95% CI: 1.7 to 16.8). Comorbid pulmonary, hepatic, and central nervous illnesses, as well as current cigarette smoking and alcohol abuse, were all associated with distinct etiologic patterns. Pneumonia requiring admission to the intensive care unit was independently associated with the pathogens S. pneumoniae (OR: 2.5; 95% CI: 1.3 to 4.7), gram-negative enteric bacilli, and P. aeruginosa (OR: 2.5; 95% CI: 0.99 to 6.5). Clinical and radiographic features of "typical" pneumonia were neither sensitive nor specific for the differentiation of pneumococcal and nonpneumococcal etiologies. These results support a management approach based on the associations between etiology and age, comorbidity, and severity, instead of the traditional syndromic approach to CAP.

Background Herpes simplex encephalitis can trigger autoimmune encephalitis that leads to neurological worsening. We aimed to assess the frequency, symptoms, risk factors, and outcomes of this complication. Methods We did a prospective observational study and retrospective analysis. In the prospective observational part of this study, we included patients with herpes simplex encephalitis diagnosed by neurologists, paediatricians, or infectious disease specialists in 19 secondary and tertiary Spanish centres (Cohort A). Outpatient follow-up was at 2, 6, and 12 months from onset of herpes simplex encephalitis. We studied another group of patients retrospectively, when they developed autoimmune encephalitis after herpes simplex encephalitis (Cohort B). We compared demographics and clinical features of patients who developed autoimmune encephalitis with those who did not, and in patients who developed autoimmune encephalitis we compared these features by age group (patients ≤4 years compared with patients >4 years). We also used multivariable binary logistic regression models to assess risk factors for autoimmune encephalitis after herpes simplex encephalitis. Findings Between Jan 1, 2014, and Oct 31, 2017, 54 patients with herpes simplex encephalitis were recruited to Cohort A, and 51 were included in the analysis (median age 50 years [IQR 5–68]). At onset of herpes simplex encephalitis, none of the 51 patients had antibodies to neuronal antigens; during follow-up, 14 (27%) patients developed autoimmune encephalitis and all 14 (100%) had neuronal antibodies (nine [64%] had NMDA receptor [NMDAR] antibodies and five [36%] had other antibodies) at or before onset of symptoms. The other 37 patients did not develop autoimmune encephalitis, although 11 (30%) developed antibodies (n=3 to NMDAR, n=8 to unknown antigens; p<0·001). Antibody detection within 3 weeks of herpes simplex encephalitis was a risk factor for autoimmune encephalitis (odds ratio [OR] 11·5, 95% CI 2·7–48·8; p<0·001). Between Oct 7, 2011, and Oct 31, 2017, there were 48 patients in Cohort B with new-onset or worsening neurological symptoms not caused by herpes simplex virus reactivation (median age 8·8 years [IQR 1·1–44·2]; n=27 male); 44 (92%) patients had antibody-confirmed autoimmune encephalitis (34 had NMDAR antibodies and ten had other antibodies). In both cohorts (n=58 patients with antibody-confirmed autoimmune encephalitis), patients older than 4 years frequently presented with psychosis (18 [58%] of 31; younger children not assessable). Compared with patients older than 4 years, patients aged 4 years or younger (n=27) were more likely to have shorter intervals between onset of herpes simplex encephalitis and onset of autoimmune encephalitis (median 26 days [IQR 24–32] vs 43 days [25–54]; p=0·0073), choreoathetosis (27 [100%] of 27 vs 0 of 31; p<0·001), decreased level of consciousness (26 [96%] of 27 vs seven [23%] of 31; p<0·001), NMDAR antibodies (24 [89%] of 27 vs 19 [61%] of 31; p=0·033), and worse outcome at 1 year (median modified Rankin Scale 4 [IQR 4–4] vs 2 [2–3]; p<0·0010; seizures 12 [63%] of 19 vs three [13%] of 23; p=0·001). Interpretation The results of our prospective study show that autoimmune encephalitis occurred in 27% of patients with herpes simplex encephalitis. It was associated with development of neuronal antibodies and usually presented within 2 months after treatment of herpes simplex encephalitis; the symptoms were age-dependent, and the neurological outcome was worse in young children. Prompt diagnosis is important because patients, primarily those older than 4 years, can respond to immunotherapy. Funding Mutua Madrileña Foundation, Fondation de l'Université de Lausanne et Centre Hospitalier Universitaire Vaudois, Instituto Carlos III, CIBERER, National Institutes of Health, Generalitat de Catalunya, Fundació CELLEX.

A monkeypox (MPX) outbreak has expanded worldwide since May 2022. We tested 147 clinical samples collected at different time points from 12 patients by real-time PCR. MPX DNA was detected in saliva from all cases, sometimes with high viral loads. Other samples were frequently positive: rectal swab (11/12 cases), nasopharyngeal swab (10/12 cases), semen (7/9 cases), urine (9/12 cases) and faeces (8/12 cases). These results improve knowledge on virus shedding and the possible role of bodily fluids in disease transmission.

Background

 The distribution of the microbial aetiology and mortality of community-acquired pneumonia (CAP) was investigated in relation to the clinical setting and severity scores (pneumonia severity index (PSI) and confusion, blood urea nitrogen, respiratory rate, blood pressure, age (CURB-65)). 

Methods

 3523 patients with CAP were included (15% outpatients, 85% inpatients). The distribution of the microbial aetiology in relation to the clinical setting and severity scores (PSI, CURB-65) and the relative mortality of different aetiologies across the severity scores were analysed. 

Results

 The aetiology was established in 1463 patients (42%), of whom 257 died (7%). The ranking of aetiologies varied according to site of care, with increasing frequency of Streptococcus pneumoniae and mixed aetiologies and decreasing frequency of atypical pathogens in hospitalised patients and those in ICUs. The distribution of aetiologies according to severity scores showed corresponding patterns; however, the severity scores were more sensitive to Gram-negative enteric bacilli (GNEB) and Pseudomonas aeruginosa and less sensitive in identifying mixed aetiologies as moderate- and high-risk conditions. Mortality rates according to aetiology and severity scoring showed increasing mortality rates for all pathogens except atypical pathogens. S pneumoniae had the highest number of deaths while GNEB, P aeruginosa, Staphylococcus aureus and mixed aetiologies had the highest mortality rates. Legionella pneumophila was similarly distributed according to site of care and prognostic scores. 

Conclusions

 CAP due to atypical bacterial pathogens is recognised both clinically and by severity scoring as a low-risk condition. Severity scores are more sensitive in identifying patients with GNEB and P aeruginosa as moderate- and high-risk aetiologies whereas mixed aetiologies may be underestimated.

Enhancing our comprehension of mRNA vaccines may facilitate the future design of novel vaccines aimed at augmenting immune protection while minimising reactogenic responses. Before this design is carried out, it is important to determine whether adaptive immunity correlates with the reactogenicity profile of vaccines. We studied a large cohort that was vaccinated with mRNA vaccines to answer this question. This was an observational study with real-world data. Reactogenicity data were obtained from the VigilVacCOVID study. Immunogenicity (humoral and cellular) data were retrieved from health records. One main population (n = 215) and two subpopulations were defined (subpopulation 1, n = 3563; subpopulation 2, n = 597). Sensitivity analyses were performed with subpopulations 1 and 2 to explore the consistency of results. We analysed the association of the intensity and types of adverse reactions with the development and quantity of elicited antibody titres. As an exploratory analysis in subpopulation 1, we assessed the association between reactogenicity and cellular immunogenicity. A higher incidence of fever, malaise, and myalgia including severe cases was significantly associated with the development and quantity of positive antibody titres. No significant findings were observed with cellular immunity. We observed a positive association between immunogenicity and reactogenicity. These findings can be relevant for the future development of our understanding of how mRNA vaccines function.

There is no reliable microbiological marker to guide responses to antiviral treatment in kidney transplant recipients (KTR) with COVID-19. We aimed to evaluate the dynamics of subgenomic RNA (sgRNA) RT-PCR before and after receiving treatment with remdesivir compared with genomic RNA (gRNA) RT-PCR and its use as a surrogate marker of viral replication.

Clinical phenotypes of COVID-19, associated with mortality risk, have been identified in the general population. The present study assesses their applicability in solid organ transplant recipients (SOTR) hospital-admitted by COVID-19. In a cohort of 488 SOTR, nonvaccinated (n = 394) and vaccinated (n = 94) against SARS-CoV-2, we evaluated 16 demographic, clinical, analytical, and radiological variables to identify the clinical phenotypes A, B, and C. The median age was 61.0 (51–69) years, 330 (67.6%) and 158 (32.4%) were men and women, respectively, 415 (85%) had pneumonia, and 161 (33%) had SpO2 < 95% at admission. All-cause mortality occurred in 105 (21.5%) cases. It was higher in nonvaccinated versus vaccinated SOTR (23.4% vs 13.8%, P = 0.04). Patients in the entire cohort were classified into phenotypes A (n = 149, 30.5%), B (n = 187, 38.3%), and C (n = 152, 31.1%), with mortality rates of 8.7%, 16.6%, and 40.1%, respectively, which were similar to those of nonvaccinated SOTR (9.5%, 16.7%, and 52.0%) and lower in vaccinated SOTR (4.4%, 15.8%, and 17.3%, respectively), with difference between nonvaccinated and vaccinated in the phenotype C (P < 0.001). In conclusion, COVID-19 clinical phenotypes are useful in SOTR, and all-cause mortality decreases in vaccinated patients.