Pancreatic cancer is not caused by a specific series of genetic alterations that occur sequentially but by one, or few, catastrophic events that result in simultaneous oncogenic genetic rearrangements, giving rise to highly aggressive tumours. Pancreatic cancer is a highly aggressive tumour type. With a view to examining the evolution of rapid tumour progression in this cancer, this paper presents an analysis of more than a hundred tumour-enriched whole-genome sequences from primary and metastatic pancreas cancers obtained from collaborating hospitals in Canada and the United States of America. Challenging a traditional model of progressive evolution based on ordered mutations in several genes, the authors find support for a role of complex rearrangements and chromothripsis in pancreatic cancer progression, which suggests that the genomic instability that marks this cancer may be explained by a punctuated equilibrium model. Pancreatic cancer, a highly aggressive tumour type with uniformly poor prognosis, exemplifies the classically held view of stepwise cancer development1. The current model of tumorigenesis, based on analyses of precursor lesions, termed pancreatic intraepithelial neoplasm (PanINs) lesions, makes two predictions: first, that pancreatic cancer develops through a particular sequence of genetic alterations2,3,4,5 (KRAS, followed by CDKN2A, then TP53 and SMAD4); and second, that the evolutionary trajectory of pancreatic cancer progression is gradual because each alteration is acquired independently. A shortcoming of this model is that clonally expanded precursor lesions do not always belong to the tumour lineage2,5,6,7,8,9, indicating that the evolutionary trajectory of the tumour lineage and precursor lesions can be divergent. This prevailing model of tumorigenesis has contributed to the clinical notion that pancreatic cancer evolves slowly and presents at a late stage10. However, the propensity for this disease to rapidly metastasize and the inability to improve patient outcomes, despite efforts aimed at early detection11, suggest that pancreatic cancer progression is not gradual. Here, using newly developed informatics tools, we tracked changes in DNA copy number and their associated rearrangements in tumour-enriched genomes and found that pancreatic cancer tumorigenesis is neither gradual nor follows the accepted mutation order. Two-thirds of tumours harbour complex rearrangement patterns associated with mitotic errors, consistent with punctuated equilibrium as the principal evolutionary trajectory12. In a subset of cases, the consequence of such errors is the simultaneous, rather than sequential, knockout of canonical preneoplastic genetic drivers that are likely to set-off invasive cancer growth. These findings challenge the current progression model of pancreatic cancer and provide insights into the mutational processes that give rise to these aggressive tumours.

Pancreatic adenocarcinoma presents as a spectrum of a highly aggressive disease in patients. The basis of this disease heterogeneity has proved difficult to resolve due to poor tumor cellularity and extensive genomic instability. To address this, a dataset of whole genomes and transcriptomes was generated from purified epithelium of primary and metastatic tumors. Transcriptome analysis demonstrated that molecular subtypes are a product of a gene expression continuum driven by a mixture of intratumoral subpopulations, which was confirmed by single-cell analysis. Integrated whole-genome analysis uncovered that molecular subtypes are linked to specific copy number aberrations in genes such as mutant KRAS and GATA6. By mapping tumor genetic histories, tetraploidization emerged as a key mutational process behind these events. Taken together, these data support the premise that the constellation of genomic aberrations in the tumor gives rise to the molecular subtype, and that disease heterogeneity is due to ongoing genomic instability during progression. Whole-genome sequencing, transcriptome sequencing and single-cell analysis of primary and metastatic pancreatic adenocarcinoma identify molecular subtypes and intratumor heterogeneity.

A critical feature of Mycobacterium tuberculosis, the causative agent of human tuberculosis (TB), is its ability to survive and multiply within macrophages, making these host cells an ideal niche for persisting microbes. Killing the intracellular tubercle bacilli is a key requirement for efficient tuberculosis treatment, yet identifying potent inhibitors has been hampered by labor-intensive techniques and lack of validated targets. Here, we present the development of a phenotypic cell-based assay that uses automated confocal fluorescence microscopy for high throughput screening of chemicals that interfere with the replication of M. tuberculosis within macrophages. Screening a library of 57,000 small molecules led to the identification of 135 active compounds with potent intracellular anti-mycobacterial efficacy and no host cell toxicity. Among these, the dinitrobenzamide derivatives (DNB) showed high activity against M. tuberculosis, including extensively drug resistant (XDR) strains. More importantly, we demonstrate that incubation of M. tuberculosis with DNB inhibited the formation of both lipoarabinomannan and arabinogalactan, attributable to the inhibition of decaprenyl-phospho-arabinose synthesis catalyzed by the decaprenyl-phosphoribose 2' epimerase DprE1/DprE2. Inhibition of this new target will likely contribute to new therapeutic solutions against emerging XDR-TB. Beyond validating the high throughput/content screening approach, our results open new avenues for finding the next generation of antimicrobials.

3078 Background: Q901 is a potent, covalently binding CDK7 inhibitor with excellent specificity for CDK7 against other protein kinases. Transcriptional regulation by CDK7 inhibition in cancer cells leads to DNA damage repair response inhibition and increased genomic instability. Q901 also regulates cell cycle checkpoints by inhibiting T-loop phosphorylation and transcriptionally downregulating CDK1, 2 and 4. In preclinical in vivo models, intravenous (iv) administration of Q901 once a week and once every three-week dosing regimen was well tolerated and showed significant antitumor activity. The safety profile, pharmacokinetics (PK), pharmacodynamics (PD) and efficacy data for 18, 36 and 60 mg/m 2 are presented. Methods: QRNT-009 (NCT05394103) is an ongoing Phase 1/2 multicenter, open-label, dose escalation and expansion study. Q901 is administered iv once weekly for four weeks, then once every two weeks thereafter in patients with advanced or metastatic ovarian cancer, castration-resistant prostate cancer (CRPC), breast cancer, endometrial cancer, colorectal cancer, small cell lung cancer (SCLC), or pancreatic cancers. Results: As of data cutoff (12Jan2024), 17 patients received Q901 across 3 dose levels: 5 patients at 18 mg/m 2 , 4 patients at 36 mg/m 2 , and 8 patients at 60 mg/m 2 . The median prior lines of systemic therapy were 4 (range 2 - 17). Of 17 patients who received Q901 across all doses, there were no treatment related SAEs, treatment discontinuations, or dose reductions. Most common TRAEs ≥ 15% were nausea (29.4%), anemia (23.6%) and fatigue (23.5%). As of data cutoff, no DLTs were observed. All plasma PK analyses across dose levels showed dose dependent increase of AUC 0-last and C max . No major metabolite was observed. POLR2A, which is a CDK7 target engagement marker showed biologically effective change starting from 18 mg/m 2 . 1 patient with pancreatic cancer who received 18 mg/m 2 had a partial response with CA19-9 reduction from 4,632 to 219. 2 patients at 18 mg/m 2 and 2 patients at 36 mg/m 2 had stable disease. Additional safety and efficacy data will be presented. Conclusions: Preliminary data from QRNT-009 study showed that selective CDK7 inhibitor Q901 is well tolerated. Preliminary antitumor activity and pharmacodynamic observations are encouraging. Dose escalation is ongoing to identify MTD or recommended dose for further studies. Clinical trial information: NCT05394103 .