Genomic analysis of high-altitude populations residing in the Andes and Tibet has revealed several candidate loci for involvement in high-altitude adaptation, a subset of which have also been shown to be associated with hemoglobin levels, including EPAS1, EGLN1, and PPARA, which play a role in the HIF-1 pathway. Here, we have extended this work to high- and low-altitude populations living in Ethiopia, for which we have measured hemoglobin levels. We genotyped the Illumina 1M SNP array and employed several genome-wide scans for selection and targeted association with hemoglobin levels to identify genes that play a role in adaptation to high altitude.We have identified a set of candidate genes for positive selection in our high-altitude population sample, demonstrated significantly different hemoglobin levels between high- and low-altitude Ethiopians and have identified a subset of candidate genes for selection, several of which also show suggestive associations with hemoglobin levels.We highlight several candidate genes for involvement in high-altitude adaptation in Ethiopia, including CBARA1, VAV3, ARNT2 and THRB. Although most of these genes have not been identified in previous studies of high-altitude Tibetan or Andean population samples, two of these genes (THRB and ARNT2) play a role in the HIF-1 pathway, a pathway implicated in previous work reported in Tibetan and Andean studies. These combined results suggest that adaptation to high altitude arose independently due to convergent evolution in high-altitude Amhara populations in Ethiopia.

African genomics and skin color Skin color varies among human populations and is thought to be under selection, with light skin maximizing vitamin D production at higher latitudes and dark skin providing UV protection in equatorial zones. To identify the genes that give rise to the palette of human skin tones, Crawford et al. applied genome-wide analyses across diverse African populations (see the Perspective by Tang and Barsh). Genetic variants were identified with likely function in skin phenotypes. Comparison to model organisms verified a conserved function of MFSD12 in pigmentation. A global genetic panel was used to trace how alleles associated with skin color likely moved across the globe as humans migrated, both within and out of Africa. Science , this issue p. eaan8433 ; see also p. 867

Abstract Alpha-tubulin 4A encoding gene (TUBA4A) has been associated with familial amyotrophic lateral sclerosis (fALS) and fronto-temporal dementia (FTD), based on identification of likely pathogenic variants in patients from distinct ALS and FTD cohorts. By screening a multicentric French cohort of 448 unrelated probands presenting with cerebellar ataxia, we identified ultra-rare TUBA4A missense variants, all being absent from public databases and predicted pathogenic by multiple in-silico tools. In addition, gene burden analyses in the 100,000 genomes project (100KGP) showed enrichment of TUBA4A rare variants in the inherited ataxia group compared to controls (OR: 57.0847 [10.2- 576.7]; p = 4.02 x10-07). Altogether, we report 12 patients presenting with spasticity and/or cerebellar ataxia and harboring a predicted pathogenic TUBA4A missense mutation, including 5 confirmed de novo cases and a mutation previously reported in a large family presenting with spastic ataxia. Cultured fibroblasts from 3 patients harboring distinct TUBA4A missense showed significant alterations in microtubule organisation and dynamics, providing insight of TUBA4A variants pathogenicity. Our data confirm the identification of a hereditary spastic ataxia disease gene with variable age of onset, expanding the clinical spectrum of TUBA4A associated phenotypes.

IntroductionThe UK Longitudinal Linkage Collaboration (UK LLC) is the national Trusted Research Environment (TRE) for the UK's longitudinal research community, supporting the UK's unparalleled collection of Longitudinal Population Studies (LPS). Initially set up as a COVID-19 research resource, UK LLC is now a generic database for any research for the public good. ObjectivesUK LLC supports longitudinal research by providing record linkage and TRE services. MethodsThe UK LLC partnership provides a secure analytics environment, a trusted third-party linkage processor and a comprehensive governance framework to minimise risks to participant confidentiality. UK LLC is ISO 27001 certified and accredited by the UK Statistics Authority as a processor under the Digital Economy Act. The active involvement by members of UK LLC's public involvement programme ensures UK LLC is acceptable to LPS participants and the wider public. All UK LPS are eligible for inclusion. Researchers can apply to access the TRE via an approach that fulfils the needs of the LPS, the linked data owners and includes a review by public contributors. ResultsTwenty-two LPS have so far joined UK LLC. Where permissions allow, participants are linked to their National Health Service (NHS) England, NHS Wales and place-based records, with work ongoing to link to NHS Scotland and non-health administrative records, including Department for Work and Pensions and His Majesty's (HM) Revenue and Customs. UK LLC Explore allows potential researchers to discover the breadth of data available in the TRE. All applications are listed on UK LLC's publicly accessible Data Access Register. ConclusionsUK LLC enables researchers to interrogate pooled LPS participant data that are systematically linked to diverse records. UK LLC remains open to additional LPS joining the partnership and will increase the breadth of data to support the longitudinal research community and attract increasing numbers of researchers across multiple disciplines, government departments and industry.