NL
Ning Li
Author with expertise in Genomic Studies and Association Analyses
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
8
(63% Open Access)
Cited by:
1,134
h-index:
23
/
i10-index:
45
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Whole-genome sequence variation, population structure and demographic history of the Dutch population

Laurent Beaugerie et al.Jun 29, 2014
Paul de Bakker, Cisca Wijmenga and colleagues report on The Genome of the Netherlands Project, including whole-genome sequencing of 769 individuals of Dutch ancestry from 250 parent-offspring families and construction of a phased haplotype map. Their intermediate-coverage population sequencing data set provides a complementary resource to other publicly available data sets, including the 1000 Genomes Project. Whole-genome sequencing enables complete characterization of genetic variation, but geographic clustering of rare alleles demands many diverse populations be studied. Here we describe the Genome of the Netherlands (GoNL) Project, in which we sequenced the whole genomes of 250 Dutch parent-offspring families and constructed a haplotype map of 20.4 million single-nucleotide variants and 1.2 million insertions and deletions. The intermediate coverage (∼13×) and trio design enabled extensive characterization of structural variation, including midsize events (30–500 bp) previously poorly catalogued and de novo mutations. We demonstrate that the quality of the haplotypes boosts imputation accuracy in independent samples, especially for lower frequency alleles. Population genetic analyses demonstrate fine-scale structure across the country and support multiple ancient migrations, consistent with historical changes in sea level and flooding. The GoNL Project illustrates how single-population whole-genome sequencing can provide detailed characterization of genetic variation and may guide the design of future population studies.
0
Citation672
0
Save
0

The Genome of the Netherlands: design, and project goals

Dorret Boomsma et al.May 29, 2013
Within the Netherlands a national network of biobanks has been established (Biobanking and Biomolecular Research Infrastructure-Netherlands (BBMRI-NL)) as a national node of the European BBMRI. One of the aims of BBMRI-NL is to enrich biobanks with different types of molecular and phenotype data. Here, we describe the Genome of the Netherlands (GoNL), one of the projects within BBMRI-NL. GoNL is a whole-genome-sequencing project in a representative sample consisting of 250 trio-families from all provinces in the Netherlands, which aims to characterize DNA sequence variation in the Dutch population. The parent–offspring trios include adult individuals ranging in age from 19 to 87 years (mean=53 years; SD=16 years) from birth cohorts 1910–1994. Sequencing was done on blood-derived DNA from uncultured cells and accomplished coverage was 14–15x. The family-based design represents a unique resource to assess the frequency of regional variants, accurately reconstruct haplotypes by family-based phasing, characterize short indels and complex structural variants, and establish the rate of de novo mutational events. GoNL will also serve as a reference panel for imputation in the available genome-wide association studies in Dutch and other cohorts to refine association signals and uncover population-specific variants. GoNL will create a catalog of human genetic variation in this sample that is uniquely characterized with respect to micro-geographic location and a wide range of phenotypes. The resource will be made available to the research and medical community to guide the interpretation of sequencing projects. The present paper summarizes the global characteristics of the project.
0
Citation266
0
Save
0

Recombinase system-dependent copackaging strategy for highly efficient neurocircuit tracing

Pei Sun et al.Jul 17, 2019
Despite significant progresses in dissecting neural circuits with recombinant adeno-associated viruses (rAAVs), compatible and efficient gene expressions of multiple vectors within the same cell still remains challenging. Here, we developed MAP-ENVIVIDERS, a recombinase system-dependent (including Cre-lox/Flp-FRT recombinase systems) viral copackaging strategy to ameliorate mutual suppression and enhance compatibility among different rAAVs to improve neurocircuit tracing. For neuron labeling with wild-type and Cre-driver line mice, MAP-ENVIVIDERS was ~5-fold and over 10-fold more sensitive than the mixture of independently packaged rAAVs, respectively, enabling us to identify new type of neurons and capture massive morphological details of individual neurons (for example, a cholinergic neuron with 9,500+ axonal branches). For trans-monosynaptic retrograde tracing with rabies virus-mediated systems, MAP-ENVIVIDERS achieved 10- to 70-fold enhancement of tracing efficiency in 40% of all input brain regions compared with the previous strategies. Therefore, MAP-ENVIVIDERS provides powerful tools for elucidating morphological detail and organization of neurocircuits.
0

Genetic and functional evidence relates a missense variant in B4GALT1 to lower LDL-C and fibrinogen

May Montasser et al.Aug 1, 2019
Increased LDL-cholesterol (LDL-C) and fibrinogen are independent risk factors for cardiovascular disease (CVD). We identified novel associations between an Amish-enriched missense variant (p.Asn352Ser) in a functional domain of beta-1,4-galactosyltransferase 1 (B4GALT1) and 13.5 mg/dl lower LDL-C (p=1.6E-15), and 26 mg/dl lower plasma fibrinogen (p= 9.8E-05). N-linked glycan profiling found p.Asn352Ser to be associated (p-values from 1.4E-06 to 1.0E-17) with decreased glycosylation of glycoproteins including: fibrinogen, ApoB100, immunoglobulin G (IgG), and transferrin. In vitro assays found that the mutant (352Ser) protein had 50% lower galactosyltransferase activity compared to wild type (352Asn) protein. Knockdown of b4galt1 in zebrafish embryos resulted in significantly lower LDL-C compared to control, which was fully rescued by co-expression of 352Asn human B4GALT1 mRNA but only partially rescued by co-expression of 352Ser human B4GALT1 mRNA. Our findings establish B4GALT1 as a novel gene associated with lower LDL-C and fibrinogen and suggest that targeted modulation of protein glycosylation may represent a therapeutic approach to decrease CVD risk.