4026 Background: Hepatocellular carcinoma (HCC) has rising incidence and mortality rates. Tumor hypoxia is important in HCC pathogenesis but has not been effectively translated into practice. We studied whether an RNA expression-based hypoxia score (HS) can serve as a prognostic and predictive biomarker in HCC. Methods: Solid tumors across a range of tissues (N=91516) were tested at Caris Life Sciences (Phoenix, AZ) with NextGen Sequencing of DNA (592-gene or whole exome) and RNA (whole transcriptome), including 432 HCC. Mutation prevalence (Mt) was calculated for pathogenic SNVs/indels. PD-L1 expression (SP142; +: ≥2+, ≥5%) was tested by IHC. HS based on RNA expression of 15 genes and normalized across a range of solid tumors was implemented as previously described (Bhandari et al, 2019). Tumors were defined as HS high (-H), medium (-M) and low (-L) by hierarchical clustering. A transcriptomic signature associated with immunotherapy response (T-cell inflamed score) was applied. Fisher’s Exact/χ 2 tests were applied as appropriate with p-values adjusted for multiple comparisons ( p < 0.05). Real-world overall survival (OS) data was obtained from insurance claims and log-rank estimates were calculated for molecularly defined subpopulations. Results: Of 432 HCC, 5% were classified as HS-H, 36% HS-M and 59% HS-L. Median age was 67 years (HS-H:70, -M:67, -L:67, p = 0.45), and 77% were male (HS-H: 68%, -M: 75, -L: 79, p= 0.43). The proportion of metastatic tumors did not significantly differ across the three HS groups (%; -H: 36, -M: 29, -L: 23, p= 0.16) nor did the score vary across metastatic sites (% HS-L; Adrenal gland: 46, Bone: 66, Lymph: 52, Misc.: 46, p= 0.49). Prevalence of TP53-Mt in HS-H (72.7%) was higher than in -M (39.5%) and -L (29.1%, p< 0.01). HS-H had higher prevalence of PD-L1+ and T cell-inflamed tumors as compared to -M and -L (PD-L1+ (%): 28.6 v 6.2 v 3.9, p< 0.01; T cell-inflamed (%): 86 v 46 v 17, p< 0.001). HS-H tumors had significantly shorter OS from date of collection (166 days [D]) v -M (396.5 D) and -L (513 D, p< 0.001). Yet, no significant difference in survival since start of treatment (SSOT) was observed in the patient subset that received Atezolizumab (Atezo) (-H: 210 D, -M: 355 D, -L: 386 D, p= 0.54). In HS-M tumors alone, SSOT was similar across investigated therapeutics (Atezo 322 D, Lenvatinib (Lenvat) 366.5 D, Sorafenib (Soraf) 289 D, p= 0.34). In HS-L tumors, patients treated with Soraf (1341 D) had significantly longer SSOT than with Lenvat (444 D) or with Atezo (281.5 D, p= 0.002). Conclusions: In HCC, RNA expression-based HS is associated with TP53 mutations and an immunosuppressive microenvironment. HS-H tumors has worse OS that may be improved with Atezo, whereas HS-L tumors may respond better to Soraf. HS is a potential prognostic and predictive biomarker in HCC that deserves validation in orthogonal data sets and prospective studies.

4127 Background: HPV is an infectious cause of several malignancies. Neuroendocrine neoplasms (NEN) are highly heterogeneous, ranging from low-grade indolent tumors to high-grade clinically aggressive carcinomas. Aside from cervical NENs, most have not traditionally been associated with HPV, but our initial studies uncovered a subset of NENs that are HPV 16/18 positive. To identify actionable differences between HPV+ NEN and non-NENs, genomic and transcriptomic landscapes were investigated. Methods: 101343 solid tumors were sequenced at Caris Life Sciences (Phoenix, AZ) with NextGen Sequencing of DNA (whole or hybrid exome) and RNA (whole or hybrid transcriptome) and assayed for HPV16/18 positivity (HPV+) via DNA sequencing. Mutation prevalence for pathogenic SNVs/indels (-Mt) and copy number amplification (CNA) were calculated. Expression of Ki-67 mRNA ( MKI67) was used to infer high grade vs low grade NEN. Gene expression profiles were analyzed for a transcriptional signature predictive of response to immunotherapy, interferon 𝛾">γ score (IFN). Differentially regulated pathways were assessed by gene set enrichment analysis (GSEA). Fisher’s exact/χ2 tests were applied as appropriate with p-values adjusted for multiple comparisons ( p < .05). Results: Among all solid tumor types, rates of HPV+ were highest in cervical carcinomas (70%, 1200/1716), followed by vulvar squamous cell carcinoma (31%, 126/410) and head and neck (HN) carcinomas (28%, 668/2413), with HPV+ tumors also found in NENs (6%, 96/1620). Within NENs, the highest HPV+ rates were observed for those with a tumor origin of cervical (76%, 55/58), anorectal (AR, 27%, 29/106), female genitourinary tract (23%, 12/52) and HN (19%, 7/36). Amongst HPV+ NEN, 93% were high grade compared to 54% of HPV- NEN (p < .001). Focusing on AR, cervical and HN primary sites, significant differences in the genomic landscape were observed between non-NEN v NEN tumors (Table 1). Non-NEN tumors had a significantly higher IFN compared to NEN across sites (Cervical: -0.20 v -0.61, AR: -0.33 v -0.58, HN: -0.16 v -0.54 arbitrary units, p < .001 all). Non-NEN tumors at AR, cervical and HN sites were significantly enriched for several genes sets related to immune response (Interferon α/γ, TNFα/NF-κβ, IL6/JAK/STAT3 and inflammatory response). Conclusions: Our data suggest that non-NEN HPV+ tumors are enriched for gene sets related to immunotherapy response, and that HPV+ NENs have alterations that vary by anatomic site. We uncover a category of HPV+ NENs with distinct genomic and transcriptomic landscapes compared to non-NEN tumors. [Table: see text]

8526 Background: Estrogen receptor (ER) can activate MAPK signaling but the contribution of the two classical receptors—ER-alpha ( ESR1) and ER-beta ( ESR2) is unclear. Past trials targeting ER and EGFR in NSCLC lacked efficacy. We evaluated the association of ESR1& 2 expression with the genomic landscape and overall survival (OS) in NSCLC. Methods: NSCLC tumors (N = 21603) were tested at Caris Life Sciences (Phoenix, AZ) with NextGen Sequencing of DNA (592-gene or whole exome) and RNA (whole transcriptome). Mutation prevalence (-Mt) was calculated for pathogenic SNVs/indels. ESR1& 2 expression was split into quartiles (transcripts per million, top (-H) and bottom (-L) quartiles were compared). A transcriptomic signature associated with MAPK activation (MPAS, arbitrary units: AU) was applied. The X 2 test was applied, p-value was adjusted for multiple comparisons ( p < .05). Real-world OS was obtained from insurance claims and Kaplan-Meier estimates were calculated. Results: There was a greater proportion of females in ESR1-H (53%) versus (v) -L (45%, p < .05) but not in ESR2-H v -L (50% v 50%). There was a greater proportion of adenocarcinoma (AD) in ESR1-H (65%) v -L (44%) and a greater proportion of squamous (SCC) tumors in ESR2-H (27%) v -L (15%) ( p < .001 all). The prevalence of EGFR-Mt and KRAS-Mt was greater in ESR1-H v -L and smaller in ESR2-H v -L. (Table) Of all KRAS-Mt, there was a greater percent of KRAS G12C-Mt in ESR1-H (44%) v -L (39%, p = .001). In EGFR-Mt, ESR1-H/ ESR2-H had a higher MPAS (1.4 AU) than ESR1-H/ ESR2-L (.52), ESR1-L/ ESR2-H (.59) or ESR1-L/ ESR2-L (-1.6, p < .05). In KRAS-Mt, ESR1-H/ ESR2-H (1.7 AU) and ESR1-L/ ESR2-H (1.8) had a higher MPAS than ESR1-H/ ESR2-L (.7) or ESR1-L/ ESR2-L (-.7, p < .001). ESR1-H had longer median OS v -L (22 months (m) v 16 m, p < .001) as did ESR2-H v -L (23 m v 15 m p< .001). ESR1-H/ ESR2-H had the longest OS (25 m) followed by ESR1-H/ ESR2-L (18 m), ESR1-L/ ESR2-H (16 m) and ESR1-L/ ESR2-L (14 m, p < .001). In EGFR-Mt, a significant difference in survival since treatment (SST) with osimertinib was seen for ESR1-L/ ESR2-H (40 m, N = 13), ESR1-H/ ESR2-L (36 m, N = 62), ESR1-H/ ESR2-H (34 m, N = 161) and ESR1-L/ ESR2-L (30 m, N = 138, p = .03). In KRAS G12C-Mt, a significant difference in SST was seen with sotorasib; ESR1-H/ ESR2-H had the longest SST (median not reached, N = 17), followed by ESR1-H/ ESR2-L (17 m, N = 17), ESR1-L/ ESR2-L (13 m, N = 34) and ESR1-L/ ESR2-H (1 m, N = 1, p = .002). Conclusions: ESR1-H had a higher percentage of females, AD, and EGFR/ KRAS-mt v ESR1-L while ESR2-H had no sex difference, more SCC, and fewer EGFR/ KRAS-mt v ESR2-L. ESR1-H/ ESR2-H tumors had the highest MPAS and longest OS and there were SST differences with EGFR and KRAS G12C inhibition. ESR1& 2 may play key roles in activating the MAPK pathway and future trials could consider targeted therapy combined with ER inhibition based on ESR1&2 expression. [Table: see text]

Olfactory neuroblastoma (ONB), sinonasal undifferentiated carcinoma (SNUC), and sinonasal neuroendocrine carcinoma (SNEC) are rare malignancies arising from the sinonasal tract with limited therapeutic options. The expression of the somatostatin receptor 2 gene (

e14655 Background: ONB is a rare sinonasal cancer with limited therapeutic options. Increased expression and up-regulation of EZH2, a core protein of the epigenetic modifier methyltransferase Polycomb repressive complex 2, have been associated with worse prognosis in several cancer types. EZH2 inhibitors are currently approved in Epithelioid Sarcoma (ES) and Follicular Lymphoma. We examined the expression and activity of EZH2 in ONB, as compared to ES (where EZH2 inhibition is standard-of-care), and its impact on the immune microenvironment. Methods: ONB (N = 35) and ES (N = 78) were tested at Caris Life Sciences (Phoenix, AZ) with NextGen Sequencing of DNA (592 genes or whole exome) and RNA (whole transcriptome). PD-L1 expression (22C3; Positive (+): TPS ≥1%) was assessed by IHC. Transcriptomic signatures predictive of immunotherapy response (T-cell inflamed [TCI] score) and MAPK pathway activation (MPAS) were applied. Immune cell fractions were estimated using quanTIseq. A transcriptional ‘ EZH2 Repression Score' (ERS, arbitrary units: AU) was examined, with high ERS suggestive of lower EZH2 activity (Morel et al, {2021}). ONB were stratified by their median ERS (high -H, N=17 v low -L, N=18). Three additional score variants were applied (equally weighted, immune regulatory genes excluded, or both) and all produced similar results. ONB were stratified by the median EZH2 transcripts per million (TPM, -H v -L). Mann-Whitney U, Fisher’s Exact/χ 2 tests were applied as appropriate with p-values adjusted for multiple comparisons ( p <.05). Results: No pathogenic EZH2 mutations were observed in ONB; EZH2 expression was higher compared to ES (44.4 v 14.1 TPM, p < 0.001), yet ERS was not significantly different (5111 v 5143 AU, p = 0.76). There was no association between EZH2 expression and ERS (Pearson’s correlation = .1). In ONB, there was no difference in the prevalence of PD-L1+ between ERS-H v -L (20% v 20%). ERS-H were associated with increased expression of β2M (2110 v 1019 TPM, p = .01) and immune checkpoint genes: CTLA4 (1.4 v 0.5, p = .03), PD-1 (1.1 v 0.3, p = .04), PD-L1 (4.7 v 1.6, p < .001) and VISTA (22.1 v 6.5, p < .001). ERS-H was associated with increased M2 macrophage infiltrate (5.0 v 2.5%, p < .001). ERS-H had increased MPAS (1.99 v -.42 AU, p < .001) and increased prevalence TCI tumors (29 v 0%, p < .001), while EZH2-H tumors were not associated with differences in immune infiltrate, TCI, MPAS, nor with immune checkpoint gene expression compared to EZH2-L. Conclusions: EZH2 mutations were not detected in ONB or ES, though similar EZH2 activity (by ERS) was observed in both cohorts, thus making ONB an intriguing candidate for EZH2 modulating therapies. High ERS in ONB was associated with expression of immune checkpoint genes suggesting that inhibiting EZH2 activity could enhance the susceptibility of ONB to immune checkpoint blockade.

5561 Background: Targeted therapy in folate receptor alpha (FOLR1)-positive high grade serous ovarian carcinoma (HG) is now a mainstay for platinum-resistant disease, though the rate of FOLR1-positivity in low grade serous ovarian carcinoma (LG) is unknown. We compared the genomic and transcriptomic landscapes in FOLR1-positive/negative LG in comparison to its HG counterpart. Methods: LG (N = 281) and HG (N = 5086) tumors were tested at Caris Life Sciences (Phoenix, AZ) with NextGen Sequencing on DNA (592 genes or whole exome) and RNA (whole transcriptome). PD-L1+ (22C3, TPS > 1%) and FOLR1 (Positive [F+], ⩾ 2+, ⩾75%) expression was assessed by IHC. Mutations were defined as pathogenic SNVs/indels (-Mt). Transcriptomic signatures associated with response to immunotherapy (T cell-inflamed) or with MAPK pathway activation (MPAS) were applied. Fisher’s exact/χ 2 and Mann-Whitney U tests were applied as appropriate ( p < .05, adjusted for multiple comparisons). Real-world overall survival (OS) was obtained from insurance claims and Kaplan-Meier estimates were calculated for molecularly defined patients. This study was reviewed by the Johns Hopkins Medicine IRB and determined to qualify as exempt human subjects research. Results: HG tumors had a higher prevalence of F+ tumors (43.5%) as compared to LG (24.6%). HG tumors had a higher prevalence of TP53-Mt compared to LG (LG F+: 11.1%, LG F-: 4.1, HG F+: 97.1, HG F-: 95.6, p < .001). Conversely, KRAS-Mt and NRAS-Mt were enriched in LG tumors (KRAS [LG F+: 22.2%, LG F-: 21.6, HG F+: 0.4, HG F-: 3.3, p < .001], NRAS [LG F+: 0%, LG F-: 10.2, HG F+: 0.2, HG F-: 0.1, p < .001]). BRAF-Mt were also almost exclusively present in LG tumors although more prevalent in LG F- as compared to LG F+ (LG F+: 7.4%, LG F-: 14.3, HG F+: 0.2, HG F-: 0.3, p < .001). There was a higher prevalence of PDL1+ tumors in HG vs LG (LG F+: 39.3%, LG F-: 35.9, HG F+: 70.0, HG F-: 72.4, p < .001). LG tumors had a significantly higher MPAS than HG tumors (LG F+: 1.38 arbitrary units, LG F-: 1.66, HG F+: -0.35, HG F-: -0.25, p < .001). LG F- and HG F- tumors had a similar proportion of T cell-inflamed tumors (LG F-: 36 vs HG F-: 33, p > .05), whereas LG F+ tumors have a significantly lower proportion of T cell-inflamed tumors as compared to HG F+ (LG F+: 18% vs HG F+: 42, p < .001). Amongst tumors that had not received mirvetuximab soravtansine, no difference in OS was observed between HG F- v HG F+ (HR 1.3, p = .072; median OS HG F-: 87 months [N = 1092], HG F+: 98 [N = 756]). No difference in OS was observed when comparing LG F- vs LG F+ (HR 1.0 , p = .93; median OS LG F-: 98 months [N = 116], LG F+: not reached [N = 37]). Conclusions: A notable portion of LG tumors were FOLR1+, which suggests that FOLR1 expression in LG could be a viable target for this rare histology, particularly in the recurrent setting. MAPK activation was significantly higher in LG tumors when compared to HG, yet no difference between LG F+ and F- tumors was observed.

10563 Background: Sickle cell disease (SCD) is the most common inherited blood disorder in the United States and is caused by a mutation of β-globin ( HBB-Mt). The risk of developing solid malignancies in this population remains controversial, with research showing increased rates of some solid tumors (colon, kidney, and thyroid) and decreased rates of others (breast and male genitourinary). We report the prevalence of HBB mutations across a cohort of solid tumors and clinical outcomes between HBB-Wild type (-Wt) v Mutant (-Mt) tumors. Methods: Non-small cell lung cancer (NSCLC, N = 3307), breast (BC, N = 1960), colorectal (CRC, N = 2161), prostate (N = 899), and gynecologic cancers (N = 2,805) in persons of African descentwere tested at Caris Life Sciences (Phoenix, AZ) with NextGen Sequencing of DNA (whole exome) and RNA (whole transcriptome). Her2/Neu (+: ≥3+ and >10%) and HR (ER or PR+: ≥1+ and ≥1%) expression was tested by immunohistochemistry. Tumors were assessed for single nucleotide variations (SNVs) and insertions/deletions (indels) in HBB associated with a sickle cell phenotype. Mutation prevalence for all other genes was calculated for pathogenic SNVs/indels. Differentially regulated pathways were assessed by gene set enrichment analysis (GSEA). Fisher’s Exact/χ 2 tests were applied as appropriate with p-values adjusted for multiple comparisons ( p < .05). Real-world overall survival (OS) and ethnicity data was obtained from insurance claims and log-rank estimates were calculated for molecularly defined subpopulations. Results: Amongst persons of African descent, uterine sarcoma had the highest prevalence of HBB-Mt (17.1%, 43/251) followed by uterine serous carcinoma (9.1, 70/768) and endometrial carcinoma (7.8, 55/708). Tumors with the highest absolute number of HBB-Mt tumors were NSCLC (7.0, 230/3307), CRC (8.1, 176/2161) and BC (6.7, 131/1960). In CRC, there was no significant difference in the prevalence of right-sided tumors between HBB-Wt v Mt (42% v 51, p = .06), nor in the prevalence of HBB-Mt by consensus molecular subtype ( p = .34). No significant enrichment of HBB-Mt across BC subtypes was observed (HR- HER2-: 7.8%, HR-HER2+: 9.7, HR+/HER2-:5.8, HR+/HER2+: 8.1, p = .34). No difference in the prevalence of pathogenic alterations was observed between HBB-Mt vs -Wt across NSCLC, CRC, and BC ( p > .05). HBB-Mt NSCLC were significantly enriched (GSEA) for genes related interferon /, inflammatory response and IL6/JAK/STAT3. No significant difference in OS was observed in CRC (median survival HBB-Wt: 957 days v -Mt: 1034, p = .43), NSCLC (-Wt: 591 v -Mt: 648, p = .59) or BC (-Wt: 924 v -Mt: 922, p = .61). Conclusions: No significant differences in the genomic landscape nor in OS of HBB-Mt vs HBB-Wt NSCLC, CRC or BC were observed. NSCLC HBB-Mt was enriched with inflammatory response genes. Future work should focus on potential role HBB-Mt plays in NSCLC.