SS
Sheena Sullivan
Author with expertise in Influenza Virus Research and Epidemiology
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
12
(92% Open Access)
Cited by:
2,784
h-index:
45
/
i10-index:
120
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Decreased Influenza Activity During the COVID-19 Pandemic — United States, Australia, Chile, and South Africa, 2020

Sonja Olsen et al.Sep 17, 2020
After recognition of widespread community transmission of SARS-CoV-2, the virus that causes coronavirus disease 2019 (COVID-19), by mid- to late February 2020, indicators of influenza activity began to decline in the Northern Hemisphere. These changes were attributed to both artifactual changes related to declines in routine health seeking for respiratory illness as well as real changes in influenza virus circulation because of widespread implementation of measures to mitigate transmission of SARS-CoV-2. Data from clinical laboratories in the United States indicated a 61% decrease in the number of specimens submitted (from a median of 49,696 per week during September 29, 2019-February 29, 2020, to 19,537 during March 1-May 16, 2020) and a 98% decrease in influenza activity as measured by percentage of submitted specimens testing positive (from a median of 19.34% to 0.33%). Interseasonal (i.e., summer) circulation of influenza in the United States (May 17-August 8, 2020) is currently at historical lows (median = 0.20% tests positive in 2020 versus 2.35% in 2019, 1.04% in 2018, and 2.36% in 2017). Influenza data reported to the World Health Organization's (WHO's) FluNet platform from three Southern Hemisphere countries that serve as robust sentinel sites for influenza from Oceania (Australia), South America (Chile), and Southern Africa (South Africa) showed very low influenza activity during June-August 2020, the months that constitute the typical Southern Hemisphere influenza season. In countries or jurisdictions where extensive community mitigation measures are maintained (e.g., face masks, social distancing, school closures, and teleworking), those locations might have little influenza circulation during the upcoming 2020-21 Northern Hemisphere influenza season. The use of community mitigation measures for the COVID-19 pandemic, plus influenza vaccination, are likely to be effective in reducing the incidence and impact of influenza, and some of these mitigation measures could have a role in preventing influenza in future seasons. However, given the novelty of the COVID-19 pandemic and the uncertainty of continued community mitigation measures, it is important to plan for seasonal influenza circulation in the United States this fall and winter. Influenza vaccination of all persons aged ≥6 months remains the best method for influenza prevention and is especially important this season when SARS-CoV-2 and influenza virus might cocirculate (1).
0
Paper
Citation475
0
Save
0

Decreased influenza activity during the COVID-19 pandemic—United States, Australia, Chile, and South Africa, 2020

Sonja Olsen et al.Dec 1, 2020
Transplant recipients are among the groups for whom the updated recommendations for 2020–2021 influenza vaccination should generally be considered essential, notably in the face of the COVID-19 pandemic. Transplant recipients are among the groups for whom the updated recommendations for 2020–2021 influenza vaccination should generally be considered essential, notably in the face of the COVID-19 pandemic. After recognition of widespread community transmission of SARS-CoV-2, the virus that causes coronavirus disease 2019 (COVID-19), by mid- to late-February 2020, indicators of influenza activity began to decline in the Northern Hemisphere. These changes were attributed to both artifactual changes related to declines in routine health seeking for respiratory illness as well as real changes in influenza virus circulation because of widespread implementation of measures to mitigate transmission of SARS-CoV-2. Data from clinical laboratories in the United States indicated a 61% decrease in the number of specimens submitted (from a median of 49 696 per week during September 29, 2019–February 29, 2020, to 19 537 during March 1–May 16, 2020) and a 98% decrease in influenza activity as measured by percentage of submitted specimens testing positive (from a median of 19.34% to 0.33%). Interseasonal (i.e., summer) circulation of influenza in the United States (May 17–August 8, 2020) is currently at historical lows (median =0.20% tests positive in 2020 vs. 2.35% in 2019, 1.04% in 2018, and 2.36% in 2017). Influenza data reported to the World Health Organization's (WHO's) FluNet platform from three Southern Hemisphere countries that serve as robust sentinel sites for influenza from Oceania (Australia), South America (Chile), and Southern Africa (South Africa) showed very low influenza activity during June–August 2020, the months that constitute the typical Southern Hemisphere influenza season. In countries or jurisdictions where extensive community mitigation measures are maintained (e.g., face masks, social distancing, school closures, and teleworking), those locations might have little influenza circulation during the upcoming 2020–21 Northern Hemisphere influenza season. The use of community mitigation measures for the COVID-19 pandemic, plus influenza vaccination, are likely to be effective in reducing the incidence and impact of influenza, and some of these mitigation measures could have a role in preventing influenza in future seasons. However, given the novelty of the COVID-19 pandemic and the uncertainty of continued community mitigation measures, it is important to plan for seasonal influenza circulation in the United States this fall and winter. Influenza vaccination of all persons aged ≥6 months remains the best method for influenza prevention and is especially important this season when SARS-CoV-2 and influenza virus might cocirculate.1Grohskopf LA Alyanak E Broder KR et al.Prevention and control of seasonal influenza with vaccines: recommendations of the Advisory Committee on Immunization Practices—United States, 2020–21 influenza season.MMWR Recomm Rep. 2020; 69: 1-24Crossref PubMed Google Scholar Data from approximately 300 US clinical laboratories located throughout all 50 states, Puerto Rico, Guam, and the District of Columbia that participate in virologic surveillance for influenza through either the US WHO Collaborating Laboratories System or the National Respiratory and Enteric Virus Surveillance System1 were used for this analysis. Clinical laboratories primarily test respiratory specimens for diagnostic purposes, and data from these laboratories provide useful information on the timing and intensity of influenza activity. The median number of specimens tested per week and the median percentage of samples testing positive for influenza during September 29, 2019–February 29, 2020 (surveillance weeks 40–9, the period before the March 1, 2020 declaration of a national emergency related to COVID-192) were compared with those tested during March 1–May 16, 2020 (weeks 10–20 after the declaration); data from three previous influenza seasons are presented as a comparison. To assess influenza virus activity in the Southern Hemisphere, influenza laboratory data from clinical and surveillance platforms reported from Australia, Chile, and South Africa to WHO's FluNet3platform were analyzed. For each country, the percentage of samples testing positive for influenza for April–July (weeks 14–31) for four seasons (2017–2020) are presented. Selected measures implemented to respond to COVID-19 in these countries were ascertained from government websites. All data used were in the public domain. In the United States, influenza activity (measured by percentage of respiratory specimens submitted for influenza testing that yielded positive results) began to increase in early November 2019, and >20% of specimens were positive during December 15, 2019–March 7, 2020 (weeks 51–10), after which activity declined sharply (Figure 1). Percent positivity peaked on week 6 at 30.25% and decreased 14.90% by week 9, compared with an 89.77% decrease during weeks 10–13. By the week of March 22, 2020 (week 13), when the number of samples tested remained very high, percent positivity dropped to 2.3%, and since the week of April 5, 2020 (week 15), has remained <1%. The median number of specimens tested for influenza each week decreased from 49 696 during September 29, 2019–February 29, 2020 (weeks 40–9), to 19 537 during March 1–May 16, 2020 (weeks 10–20), representing a 61% decrease. During these same two periods, influenza activity decreased 98%, from a median of 19.34% to 0.33% of submitted respiratory specimens testing positive for influenza. Interseasonal circulation of influenza in the United States (May 17–August 8, 2020; weeks 21–32) is now at historical lows (weekly median 0.20% of samples testing positive in 2020 vs. 2.35% in 2019, 1.04% in 2018 and 2.36% in 2017).SummaryWhat is already known about this topic?•Influenza activity is currently low in the United States and globally.What is added by this report?•Following widespread adoption of community mitigation measures to reduce transmission of SARS-CoV-2, the virus that causes COVID-19, the percentage of US respiratory specimens submitted for influenza testing that tested positive decreased from >20% to 2.3% and has remained at historically low interseasonal levels (0.2% vs. 1%–2%). Data from Southern Hemisphere countries also indicate little influenza activity.What are the implications for public health practice?•Interventions aimed against SARS-CoV-2 transmission, plus influenza vaccination, could substantially reduce influenza incidence and impact in the 2020–21 Northern Hemisphere season. Some mitigation measures might have a role in reducing transmission in future influenza seasons. •Influenza activity is currently low in the United States and globally. •Following widespread adoption of community mitigation measures to reduce transmission of SARS-CoV-2, the virus that causes COVID-19, the percentage of US respiratory specimens submitted for influenza testing that tested positive decreased from >20% to 2.3% and has remained at historically low interseasonal levels (0.2% vs. 1%–2%). Data from Southern Hemisphere countries also indicate little influenza activity. •Interventions aimed against SARS-CoV-2 transmission, plus influenza vaccination, could substantially reduce influenza incidence and impact in the 2020–21 Northern Hemisphere season. Some mitigation measures might have a role in reducing transmission in future influenza seasons. In the Southern Hemisphere countries of Australia, Chile, and South Africa, only 33 influenza positive test results were detected among 60 031 specimens tested in Australia, 12 among 21 178 specimens tested in Chile, and six among 2098 specimens tested in South Africa, for a total of 51 influenza positive specimens (0.06%, 95% confidence interval [CI] =0.04%–0.08%) among 83 307 tested in these three countries during April–July 2020 (weeks 14–31). In contrast, during April–July in 2017–2019, 24 512 specimens tested positive for influenza (13.7%, 95% CI =13.6%–13.9%) among 178 690 tested in these three countries (Figure 2). In the United States, the COVID-19 national emergency was declared on March 1, 2020, but states began implementing a range of COVID-19 mitigation measures in late February, including school closures, bans on mass gatherings, and stay-at-home orders.2Lasry A Kidder D Hast M et al.Timing of community mitigation and changes in reported COVID-19 and community mobility—four U.S. metropolitan areas, February 26–April 1, 2020.MMWR Morb Mortal Wkly Rep. 2020; 69: 451-457Crossref PubMed Google Scholar In addition, some emphasis was placed on individual measures, such as mask wearing, staying home while sick, and social distancing. In Australia, a 14-day mandatory hotel quarantine was introduced for all returned travelers on March 29; regional lockdowns began in early April, followed by a stay-at-home recommendation and bans on gatherings in mid-April. Some easing of measures began in late April.4 In Chile, the president declared a state of emergency on March 18, which remains in effect into September. In addition, in mid-March an overnight curfew and a nationwide lockdown were implemented. Since then, the lockdown has been lifted regionally, based on disease activity; however, recommendations to stay at home and socially distance, as well as mandatory use of masks are all still in place.5 In South Africa, a total lockdown was imposed on April 9, with some easing of measures starting on May 1.6 The community mitigation strategies implemented to prevent the spread of COVID-19, including both community and individual-level measures, appear to have substantially reduced transmission of influenza in all these countries. In the United States, influenza virus circulation declined sharply within 2 weeks of the COVID-19 emergency declaration and widespread implementation of community mitigation measures, including school closures, social distancing, and mask wearing, although the exact timing varied by location.2Lasry A Kidder D Hast M et al.Timing of community mitigation and changes in reported COVID-19 and community mobility—four U.S. metropolitan areas, February 26–April 1, 2020.MMWR Morb Mortal Wkly Rep. 2020; 69: 451-457Crossref PubMed Google Scholar The decline in influenza virus circulation observed in the United States also occurred in other Northern Hemisphere countries3Kuo SC Shih SM Chien LH Hsiung CA. Collateral benefit of COVID-19 control measures on influenza activity, Taiwan.Emerg Infect Dis. 2020; 26: 1928-1930Crossref PubMed Scopus (80) Google Scholar,4Lee H, Lee H, Song K-H, et al. Impact of public health interventions on seasonal influenza activity during the SARS-CoV-2 outbreak in Korea. Clin Infect Dis. 2020:ciaa672.Google Scholar and the tropics,5Cowling BJ Ali ST Ng TWY et al.Impact assessment of non-pharmaceutical interventions against coronavirus disease 2019 and influenza in Hong Kong: an observational study.Lancet Public Health. 2020; 5: e279-e288Abstract Full Text Full Text PDF PubMed Scopus (669) Google Scholar,6Soo RJJ Chiew CJ Ma S Pung R Lee V. Decreased influenza incidence under COVID-19 control measures, Singapore.Emerg Infect Dis. 2020; 26: 1933-1935Crossref PubMed Scopus (177) Google Scholar and the Southern Hemisphere temperate climates have had virtually no influenza circulation. Although causality cannot be inferred from these ecological comparisons, the consistent trends over time and place are compelling and biologically plausible. Like SARS-CoV-2, influenza viruses are spread primarily by droplet transmission; the lower transmissibility of seasonal influenza virus (R0 = 1.28) compared with that of SARS-CoV-2 (R0 = 2–3.5)7Biggerstaff M Cauchemez S Reed C Gambhir M Finelli L. Estimates of the reproduction number for seasonal, pandemic, and zoonotic influenza: a systematic review of the literature.BMC Infect Dis. 2014; 14: 480Crossref PubMed Scopus (301) Google Scholar likely contributed to a more substantial interruption in influenza transmission. These findings suggest that certain community mitigation measures might be useful adjuncts to influenza vaccination during influenza seasons, particularly for populations at highest risk for developing severe disease or complications. Initially, declines in influenza virus activity were attributed to decreased testing, because persons with respiratory symptoms were often preferentially referred for SARS-CoV-2 assessment and testing. However, renewed efforts by public health officials and clinicians to test samples for influenza resulted in adequate numbers tested and detection of little to no influenza virus. Furthermore, some countries, such as Australia, had less stringent criteria for testing respiratory specimens than in previous seasons and tested markedly more specimens for influenza but still detected few with positive results during months when Southern Hemisphere influenza epidemics typically peak. A new Food and Drug Administration–approved multiplex diagnostic assay for detection of both SARS-CoV-2 and influenza viruses could improve future surveillance efforts (https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/multiplex.html). It is difficult to separate the effect that individual community mitigation measures might have had on influenza transmission this season. Although school-aged children can drive the spread of influenza, the effectiveness of school closures alone is not clear because adults have other exposures.8Cauchemez S Valleron AJ Boëlle PY Flahault A Ferguson NM. Estimating the impact of school closure on influenza transmission from Sentinel data.Nature. 2008; 452: 750-754Crossref PubMed Scopus (471) Google Scholar There is evidence to support the use of face masks by infected persons to reduce transmission of viral respiratory illnesses to others and growing evidence to support their use (in the health care setting, in households, and in the community) to protect the healthy wearer from acquiring infection. More data are needed to assess effectiveness of different types of masks in different settings.9Liang M Gao L Cheng CE et al.Efficacy of face mask in preventing respiratory virus transmission: a systematic review and meta-analysis.Travel Med Infect Dis. 2020; 36: 101751Crossref PubMed Scopus (234) Google Scholar Data from the current pandemic might help answer critical questions about the effect of community mitigation measures on transmission of influenza or other respiratory diseases. In addition, assessing acceptability of effective measures would be critical, because acceptability is likely to be inversely correlated with the stringency of the measure. The findings in this report are subject to at least four limitations. First, an ecologic analysis cannot demonstrate causality, although the consistency of findings across multiple countries is compelling. Second, other factors, such as the sharp reductions in global travel or increased vaccine use, might have played a role in decreasing influenza spread; however, these were not assessed. Third, viral interference might help explain the lack of influenza during a pandemic caused by another respiratory virus that might outcompete influenza in the respiratory tract.10Schultz-Cherry S. Viral interference: the case of influenza viruses.J Infect Dis. 2015; 212: 1690-1691Crossref PubMed Scopus (42) Google Scholar This possibility is less likely in the United States because influenza activity was already decreasing before SARS-CoV-2 community transmission was widespread in most parts of the nation. Finally, it is possible that the declines observed in the United States were just the natural end to the influenza season. However, the change in the decrease percent positivity after March 1 was dramatic, suggesting other factors were at play. The global decline in influenza virus circulation appears to be real and concurrent with the COVID-19 pandemic and its associated community mitigation measures. Influenza virus circulation continues to be monitored to determine if the low activity levels persist after community mitigation measures are eased. If extensive community mitigation measures continue throughout the fall, influenza activity in the United States might remain low and the season might be blunted or delayed. In the future, some of these community mitigation measures could be implemented during influenza epidemics to reduce transmission, particularly in populations at highest risk for developing severe disease or complications. However, in light of the novelty of the COVID-19 pandemic and the uncertainty of continued community mitigation measures, it is important to plan for seasonal influenza circulation this fall and winter. Influenza vaccination for all persons aged ≥6 months remains the best method for influenza prevention and is especially important this season when SARS-CoV-2 and influenza virus might cocirculate.1Grohskopf LA Alyanak E Broder KR et al.Prevention and control of seasonal influenza with vaccines: recommendations of the Advisory Committee on Immunization Practices—United States, 2020–21 influenza season.MMWR Recomm Rep. 2020; 69: 1-24Crossref PubMed Google Scholar Viviana Sotomayor, Department of Epidemiology, Ministry of Health of Chile, Santiago, Chile; Sibongile Walasza, Jinal Bhiman, Thulisa Mkencele, Amelia Buys, Anne von Gottberg, National Institute for Communicable Diseases, Centre for Respiratory Diseases and Meningitis, Johannesburg, South Africa; Meredith McMorrow, Stefano Tempia, Influenza Division, CDC; MassGenics, Duluth, Georgia; School of Public Health, Faculty of Health Sciences, University of the Witwatersrand, Johannesburg, South Africa; Li Qi, Influenza Division, CDC; Chongqing Municipal Center for Disease Control and Prevention, Chongqinq, China. 1 https://www.cdc.gov/flu/weekly/overview.htm. 2 https://www.whitehouse.gov/presidential-actions/proclamation-declaring-national-emergency-concerning-novel-coronavirus-disease-covid-19-outbreak/. 3 https://www.who.int/influenza/gisrs_laboratory/flunet/en/. 4 https://www.health.gov.au/news/health-alerts/novel-coronavirus-2019-ncov-health-alert/coronavirus-covid-19-restrictions. 5 https://www.gob.cl/coronavirus/plandeaccion. 6 https://sacoronavirus.co.za/; https://www.gov.za/coronavirus/alert-level-2.
0

Theoretical Basis of the Test-Negative Study Design for Assessment of Influenza Vaccine Effectiveness

Sheena Sullivan et al.Aug 31, 2016
Influenza viruses undergo frequent antigenic changes. As a result, the viruses circulating change within and between seasons, and the composition of the influenza vaccine is updated annually. Thus, estimation of the vaccine's effectiveness is not constant across seasons. In order to provide annual estimates of the influenza vaccine's effectiveness, health departments have increasingly adopted the “test-negative design,” using enhanced data from routine surveillance systems. In this design, patients presenting to participating general practitioners with influenza-like illness are swabbed for laboratory testing; those testing positive for influenza virus are defined as cases, and those testing negative form the comparison group. Data on patients' vaccination histories and confounder profiles are also collected. Vaccine effectiveness is estimated from the odds ratio comparing the odds of testing positive for influenza among vaccinated patients and unvaccinated patients, adjusting for confounders. The test-negative design is purported to reduce bias associated with confounding by health-care-seeking behavior and misclassification of cases. In this paper, we use directed acyclic graphs to characterize potential biases in studies of influenza vaccine effectiveness using the test-negative design. We show how studies using this design can avoid or minimize bias and where bias may be introduced with particular study design variations.
0

Off-season RSV epidemics in Australia after easing of COVID-19 restrictions

John‐Sebastian Eden et al.May 24, 2022
Abstract Human respiratory syncytial virus (RSV) is an important cause of acute respiratory infection with the most severe disease in the young and elderly. Non-pharmaceutical interventions and travel restrictions for controlling COVID-19 have impacted the circulation of most respiratory viruses including RSV globally, particularly in Australia, where during 2020 the normal winter epidemics were notably absent. However, in late 2020, unprecedented widespread RSV outbreaks occurred, beginning in spring, and extending into summer across two widely separated regions of the Australian continent, New South Wales (NSW) and Australian Capital Territory (ACT) in the east, and Western Australia. Through genomic sequencing we reveal a major reduction in RSV genetic diversity following COVID-19 emergence with two genetically distinct RSV-A clades circulating cryptically, likely localised for several months prior to an epidemic surge in cases upon relaxation of COVID-19 control measures. The NSW/ACT clade subsequently spread to the neighbouring state of Victoria and to cause extensive outbreaks and hospitalisations in early 2021. These findings highlight the need for continued surveillance and sequencing of RSV and other respiratory viruses during and after the COVID-19 pandemic, as mitigation measures may disrupt seasonal patterns, causing larger or more severe outbreaks.
0
Citation227
0
Save
0

Immunogenicity of concomitant SARS-CoV-2 and influenza vaccination in UK healthcare workers: a prospective longitudinal observational study

Joshua Nazareth et al.Aug 1, 2024
BackgroundCo-administration of inactivated influenza vaccine (IIV) and SARS-CoV-2 vaccine may impact SARS-CoV-2 vaccine induced humoral immune responses. We aimed to compare IIV and SARS-CoV-2 vaccine induced cellular and humoral immune responses in those receiving concomitant vaccination to those receiving these vaccines separately.MethodsWe conducted a cohort study between 29th September 2021 and 5th August 2022 in healthcare workers who worked at the local NHS trust and in the surrounding area that were vaccinated with a mRNA SARS-CoV-2 booster and cell-based IIV. We measured haemagglutination inhibition assay (HAI) titres, SARS-CoV-2 anti-spike antibody and SARS-CoV-2 ELISpot count pre-vaccination, 1-month and 6-months post-vaccination and evaluated differences by vaccine strategy.FindingsWe recruited 420 participants, 234/420 (56%) were vaccinated concomitantly and 186/420 (44%) separately. The 1-month post-vaccination mean fold rise (MFR) in SARS-CoV-2 anti-spike antibodies was lower in those vaccinated concomitantly compared to separately (MFR [95% confidence interval (CI)] 9.7 [8.3, 11.4] vs 12.8 [10.3, 15.9], p = 0.04). After adjustment for age and sex, the adjusted geometric mean ratio (aGMR) remained lower for those vaccinated concomitantly compared to separately (aGMR [95% CI] 0.80 [0.70, 0.92], p = 0.001). At 6-months post-vaccination, we found no statistically significant difference in SARS-CoV-2 anti-spike antibody titres (aGMR [95% CI] 1.09 [0.87, 1.35], p = 0.45). We found no statistically significant correlation between vaccine strategy with SARS-CoV-2 ELISpot count and influenza HAI titres at 1-month and 6-months post-vaccination.InterpretationOur study found that concomitant vaccination with SARS-CoV-2 and IIV has no statistically significant impacts on long-term immunogenicity. Further research is required to understand the underlying mechanisms and assess the clinical significance of reduced anti-spike antibodies in those vaccinated concomitantly.FundingResearch and Innovation (UKRI) through the COVID-19 National Core Studies Immunity (NCSi) programme (MC_PC_20060).
0
Citation1
0
Save
Load More