Head and neck (H&N) cancers are a heterogeneous group of malignancies, affecting various sites, with different prognoses. The aims of this study are to analyse survival for patients with H&N cancers in relation to tumour location, to assess the change in survival between European countries, and to investigate whether survival improved over time.We analysed about 250,000 H&N cancer cases from 86 cancer registries (CRs). Relative survival (RS) was estimated by sex, age, country and stage. We described survival time trends over 1999-2007, using the period approach. Model based survival estimates of relative excess risks (RERs) of death were also provided by country, after adjusting for sex, age and sub-site.Five-year RS was the poorest for hypopharynx (25%) and the highest for larynx (59%). Outcome was significantly better in female than in male patients. In Europe, age-standardised 5-year survival remained stable from 1999-2001 to 2005-2007 for laryngeal cancer, while it increased for all the other H&N cancers. Five-year age-standardised RS was low in Eastern countries, 47% for larynx and 28% for all the other H&N cancers combined, and high in Ireland and the United Kingdom (UK), and Northern Europe (62% and 46%). Adjustment for sub-site narrowed the difference between countries. Fifty-four percent of patients was diagnosed at advanced stage (regional or metastatic). Five-year RS for localised cases ranged between 42% (hypopharynx) and 74% (larynx).This study shows survival progresses during the study period. However, slightly more than half of patients were diagnosed with regional or metastatic disease at diagnosis. Early diagnosis and timely start of treatment are crucial to reduce the European gap to further improve H&N cancers outcome.

Translation termination at premature termination codons (PTCs) triggers degradation of the aberrant mRNA, but the mechanism by which a termination event is defined as premature is still unclear. Here we show that the physical distance between the termination codon and the poly(A)-binding protein PABPC1 is a crucial determinant for PTC recognition in human cells. “Normal” termination codons can trigger nonsense-mediated mRNA decay (NMD) when this distance is extended; and vice versa, NMD can be suppressed by folding the poly(A) tail into proximity of a PTC or by tethering of PABPC1 nearby a PTC, indicating an evolutionarily conserved function of PABPC1 in promoting correct translation termination and antagonizing activation of NMD. Most importantly, our results demonstrate that spatial rearrangements of the 3′ untranslated region can modulate the NMD pathway and thereby provide a novel mechanism for posttranscriptional gene regulation.

Fear of recurrence (FoR) is a widespread problem among breast cancer survivors. So far, little is known about prevalence, determinants, and consequences of FoR specifically in long-term breast cancer survivors, even though it was found to be one of the most important concerns in this group.Analyses are based on data of several population-based cohorts of long-term breast cancer survivors, recruited by six German cancer registries. Overall, 2671 women were included in the analyses. FoR was assessed using the short form of the Fear of Progression Questionnaire. Potential determinants of moderate/high FoR and the association with depression and quality of life (QoL) were explored via multiple logistic and linear regression.Even though the majority of women reported low levels of FoR (82%), a substantial percentage experienced moderate (11%) and high (6%) FoR. Younger age (odds ratio = 3.00, confidence intervals = 1.91-4.73 for women below age 55 years) and considering oneself as a tumor patient (odds ratio = 3.36, confidence intervals = 2.66-4.25) were found to exhibit the strongest associations with moderate/high FoR. Overall, psychosocial and sociodemographic factors played a far bigger role in FoR than clinical factors. Higher FoR was associated with higher depression and lower QoL.Fear of recurrence (mostly low levels) is highly prevalent among long-term breast cancer survivors and can negatively affect QoL and well-being. Therefore, it should be given appropriate consideration in research and clinical practice. As specifically younger women tended to be impacted by FoR, it is crucial to be particularly attentive to specific needs of younger survivors.

Abstract Mutations in the RNA-binding protein FUS cause amyotrophic lateral sclerosis (ALS), a devastating neurodegenerative disease in which the loss of motor neurons induces progressive weakness and death from respiratory failure, typically only 3-5 years after onset. FUS plays a role in numerous aspects of RNA metabolism, including mRNA splicing. However, the impact of ALS-causative mutations on splicing has not been fully characterised, as most disease models have been based on FUS overexpression, which in itself alters its RNA processing functions. To overcome this, we and others have recently created knock-in models, and have generated high depth RNA-sequencing data on FUS mutants in parallel to FUS knockout. We combined three independent datasets with a joint modelling approach, allowing us to compare the mutation-induced changes to genuine loss of function. We find that FUS ALS-mutations induce a widespread loss of function on expression and splicing, with a preferential effect on RNA binding proteins. Mutant FUS induces intron retention changes through RNA binding, and we identify an intron retention event in FUS itself that is associated with its autoregulation. Altered FUS regulation has been linked to disease, and intriguingly, we find FUS autoregulation to be altered not only by FUS mutations, but also in other genetic forms of ALS, including those caused by TDP-43, VCP and SOD1 mutations, supporting the concept that multiple ALS genes interact in a regulatory network.

Abstract Background Generating synthetic patient data is crucial for medical research, but common approaches build up on black-box models which do not allow for expert verification or intervention. We propose a highly available method which enables synthetic data generation from real patient records in a privacy preserving and compliant fashion, is interpretable and allows for expert intervention. Methods Our approach ties together two established tools in medical informatics, namely OMOP as a data standard for electronic health records and Synthea as a data synthetization method. For this study, data pipelines were built which extract data from OMOP, convert them into time series format, learn temporal rules by 2 statistical algorithms (Markov chain, TARM) and 3 algorithms of causal discovery (DYNOTEARS, J-PCMCI+, LiNGAM) and map the outputs into Synthea graphs. The graphs are evaluated quantitatively by their individual and relative complexity and qualitatively by medical experts. Results The algorithms were found to learn qualitatively and quantitatively different graph representations. Whereas the Markov chain results in extremely large graphs, TARM, DYNOTEARS, and J-PCMCI+ were found to reduce the data dimension during learning. The MultiGroupDirect LiNGAM algorithm was found to not be applicable to the problem statement at hand. Conclusion Only TARM and DYNOTEARS are practical algorithms for real-world data in this use case. As causal discovery is a method to debias purely statistical relationships, the gradient-based causal discovery algorithm DYNOTEARS was found to be most suitable.

Abstract The RNA helicase UPF1 is best known for its key role in mRNA surveillance but has been implicated in additional cellular processes both in the nucleus and in the cytoplasm. In human cells, the vast majority of UPF1 resides in the cytoplasm and only small amounts can be detected in the nucleus at steady state. It was previously shown that its export from the nucleus to the cytoplasm is Crm1-dependent, yet neither the nuclear export signal (NES) nor the nuclear localization signal (NLS) has been identified. Here, we provide evidence for a noncanonical NLS in UPF1, map the NES to amino acids 89-105 and show that L103 and F105 are essential for UPF1’s export to the cytoplasm. Examination of additional UPF1 mutants revealed that a functional helicase domain but not the association with RNA is crucial for the shuttling capacity of UPF1.