CL
Chen Li
Author with expertise in Mass Spectrometry Techniques with Proteins
Achievements
Open Access Advocate
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
13
(77% Open Access)
Cited by:
682
h-index:
39
/
i10-index:
114
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Mitochondrial PKM2 regulates oxidative stress-induced apoptosis by stabilizing Bcl2

Liang Ji et al.Dec 30, 2016
Pyruvate kinase M2 isoform (PKM2) catalyzes the last step of glycolysis and plays an important role in tumor cell proliferation. Recent studies have reported that PKM2 also regulates apoptosis. However, the mechanisms underlying such a role of PKM2 remain elusive. Here we show that PKM2 translocates to mitochondria under oxidative stress. In the mitochondria, PKM2 interacts with and phosphorylates Bcl2 at threonine (T) 69. This phosphorylation prevents the binding of Cul3-based E3 ligase to Bcl2 and subsequent degradation of Bcl2. A chaperone protein, HSP90α1, is required for this function of PKM2. HSP90α1's ATPase activity launches a conformational change of PKM2 and facilitates interaction between PKM2 and Bcl2. Replacement of wild-type Bcl2 with phosphorylation-deficient Bcl2 T69A mutant sensitizes glioma cells to oxidative stress-induced apoptosis and impairs brain tumor formation in an orthotopic xenograft model. Notably, a peptide that is composed of the amino acid residues from 389 to 405 of PKM2, through which PKM2 binds to Bcl2, disrupts PKM2-Bcl2 interaction, promotes Bcl2 degradation and impairs brain tumor growth. In addition, levels of Bcl2 T69 phosphorylation, conformation-altered PKM2 and Bcl2 protein correlate with one another in specimens of human glioblastoma patients. Moreover, levels of Bcl2 T69 phosphorylation and conformation-altered PKM2 correlate with both grades and prognosis of glioma malignancy. Our findings uncover a novel mechanism through which mitochondrial PKM2 phosphorylates Bcl2 and inhibits apoptosis directly, highlight the essential role of PKM2 in ROS adaptation of cancer cells, and implicate HSP90-PKM2-Bcl2 axis as a potential target for therapeutic intervention in glioblastoma.
1

An ultra-sensitive and easy-to-use multiplexed single-cell proteomic analysis

Liyi Gu et al.Jan 2, 2022
Abstract Proteins analysis from an average cell population often overlooks the cellular heterogeneity of expressed effector molecules, and knowledge about the regulations of key biological processes may remain obscure. Therefore, the necessity of single-cell proteomics (SCP) technologies arises. Without microfluidic chip, expensive ultrasonic equipment, or reformed liquid chromatogram (LC) system, we established an Ultra-sensitive and Easy-to-use multiplexed Single-Cell Proteomic workflow (UE-SCP). Specifically, the flexible sorting system ensured outstanding cell activity, high accuracy, remarkable efficiency, and robustness during single-cell isolation. Multiplex isobaric labeling realized the high-throughput analysis in trapped ion mobility spectrometry coupled with quadrupole time-of-flight mass spectrometry (timsTOF MS). Using this pipeline, we achieved single-cell protein quantities to a depth of over 2,000 protein groups in two human cell lines, Hela and HEK-293T. A small batch experiment can identify and quantify more than 3200 protein groups in 32 single cells, while a large batch experiment can identify and quantify about 4000 protein groups in 96 single cells. All the 128 single cells from different cell lines could been unsupervised clustered based on their proteomes. After the integration of data quality control, data cleaning, and data analysis, we are confident that our UE-SCP platform will be easy-to-marketing popularization and will promote biological applications of single-cell proteomics.
1
Citation8
0
Save
2

Increasing the sensitivity, recovery, and integrality of spatially resolved proteomics by LCM-MTA

Lei Gu et al.Aug 22, 2022
Abstract Conventional proteomic approaches neglect tissue heterogeneity and spatial localization information. Laser capture microdissection (LCM) can isolate specific cell populations or histological areas from heterogeneous tissue specimens while preserving spatial localization information. Formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) is currently a standardized method for long-term stable preservation of clinical tissue specimens. However, spatially resolved proteomics (SRP) studies of FFPE tissues by combined LCM and mass spectrometry (MS)-based proteomics face challenges, such as formalin-induced protein crosslinking limits protein extraction and digestion, protein loss during sample preparation, and the detectability of MS for trace tissues. Therefore, it is necessary to specifically develop SRP sample preparation methods and MS methods suitable for trace FFPE tissues. Here, we provide an SRP method suitable for trace FFPE tissues produced by LCM, termed LCM-Magnetic Trace Analysis (LCM-MTA), which can significantly increase the sensitivity, recovery, and integrality of SRP. The starting material has been reduced to about 15 cells, which resolution is comparable to existing spatially resolved transcriptome (SRT). We also apply our LCM-MTA into SRP studies on clinical colorectal cancer (CRC) tissues and accurately distinguish the functional differences of different cell types. In conclusion, LCM-MTA is a convenient, universal, and scalable method for SRP of trace FFPE tissues, which can be widely used in clinical and non-clinical research fields.
2
Citation2
0
Save
0

Response of Topsoil Organic Carbon in the Forests of Northeast China Under Future Climate Scenarios

Shuai Wang et al.Dec 4, 2024
Soil organic carbon (SOC) serves as a highly sensitive indicator of climate change and plays a crucial role in terrestrial carbon cycles. Evaluating the impact of regional land use changes on SOC stocks is essential for assessing ecological and environmental effects. In this study, we utilized 157 soil samples and 11 environmental variables—including soil properties, topographic factors, and climatic conditions—to develop boosted regression tree (BRT) and random forest (RF) models to estimate topsoil SOC stocks for the year 2015. We used a 10-fold cross-validation approach, along with four validation metrics, to assess model performance. The BRT model demonstrated superior accuracy, with a higher R2 and Lin’s consistency correlation coefficient and a lower mean absolute error and root mean square error compared to the RF model. The key environmental factors influencing SOC stock variability in the BRT model included mean annual temperature, elevation, mean annual precipitation, the topographic wetness index (TWI), and catchment area. Based on this, we employed the space-for-time substitution approach and BRT model to forecast the spatial distribution of soil organic carbon (SOC) stocks in Northeast China’s forested regions under future climate scenarios for the 2050s and 2090s. Our findings indicate that, compared to the 2015 levels, the forecast indicates that SOC stocks will decrease by 122 Tg carbon and 123 Tg carbon under two different future scenarios, SSP245 and SSP585, respectively, by the 2050s. By the 2090s, these figures are expected to decrease further by 127 Tg C and 126 Tg C, respectively. Throughout both future periods, SOC stocks will predominantly be concentrated in the northwest region. This research highlights the necessity of thoroughly considering climatic factors in future studies of regional SOC stock dynamics. Moreover, the high-resolution maps produced in this study offer a scientific foundation for enhancing the implementation of ecological management practices in the forested regions of Northeast China, fostering environmental improvement and bolstering SOC and soil management strategies in response to future climate change.
0
0
Save
0

Ultrasound-assisted glycosylation of ovalbumin and dextran conjugate carrier for anthocyanins and their stability evaluation

Boyu Chen et al.Aug 10, 2024
Anthocyanins (AC) are vulnerable to degradation when affected by external factors. The present study employed ultrasound-assisted glycosylation of ovalbumin (OVA) and dextran (Dex) to generate conjugate carrier for AC to improve its stability. The results showed that sonication significantly improved the progression of Maillard reaction to OVA. Compared to traditional glycosylation, ultrasound treatment showed a higher degree of grafting, a lower number of free-SH, and smaller particle size and uniform distribution. The SDS-PAGE results indicated covalent interaction. Intrinsic fluorescence (INF), Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR), and Circular dichroism (CD) analysis results suggested that ultrasound-assisted glycosylation altered the OVA structure. The scanning electron microscope (SEM) and X-ray diffractometer (XRD) observed that the ultrasound-assisted complex had a more compact and smoother structure and protein unfolding were better. The protein solubility increased significantly after glycosylation. Thermal gravimetric analysis (TGA) and Differential scanning calorimetry (DSC) indicated that the glycosylated conjugates can significantly improve the thermal stability of AC In addition, the AC showed an improved processing and storage stability when conjugated with glycosylated carrier. The glycosylated protein-anthocyanins complex may help provide new ideas and scientific basis for the development of naturally sourced anthocyanins-relevant products in pharmaceutical and food industry applications.
Load More