Abstract Background Understanding how genes are expressed and regulated in different tissues is a fundamental and challenging question. However, most of currently available biological databases do not focus on tissue-specific gene regulation. Results The recent development of computational methods for tissue-specific combinational gene regulation, based on transcription factor binding sites, enables us to perform a large-scale analysis of tissue-specific gene regulation in human tissues. The results are stored in a web database called TiGER (Tissue-specific Gene Expression and Regulation). The database contains three types of data including tissue-specific gene expression profiles, combinatorial gene regulations, and cis-regulatory module (CRM) detections. At present the database contains expression profiles for 19,526 UniGene genes, combinatorial regulations for 7,341 transcription factor pairs and 6,232 putative CRMs for 2,130 RefSeq genes. Conclusion We have developed and made publicly available a database, TiGER, which summarizes and provides large scale data sets for tissue-specific gene expression and regulation in a variety of human tissues. This resource is available at [1].

Protein-DNA interactions (PDIs) mediate a broad range of functions essential for cellular differentiation, function, and survival. However, it is still a daunting task to comprehensively identify and profile sequence-specific PDIs in complex genomes. Here, we have used a combined bioinformatics and protein microarray-based strategy to systematically characterize the human protein-DNA interactome. We identified 17,718 PDIs between 460 DNA motifs predicted to regulate transcription and 4,191 human proteins of various functional classes. Among them, we recovered many known PDIs for transcription factors (TFs). We identified a large number of unanticipated PDIs for known TFs, as well as for previously uncharacterized TFs. We also found that over three hundred unconventional DNA-binding proteins (uDBPs)–which include RNA-binding proteins, mitochondrial proteins, and protein kinases–showed sequence-specific PDIs. One such uDBP, ERK2, acts as a transcriptional repressor for interferon gamma-induced genes, suggesting important biological roles for such proteins.

In this study, the genome of Akkermansia muciniphila ONE (designated AKK ONE) was sequenced, assembled, and analyzed. In addition, the safety of this strain was further evaluated by toxicological studies. The results showed that the AKK ONE genome is contained on a single chromosome with a total length of 2,817,524 bp and an average GC content of 55.48%. In total, 2411, 1131, 1168, 1745, and 1402 genes were annotated to the NR, GO, KEGG, COG, and SwissProt database, respectively. Potential resistance genes, adeF, tetW, ANT(3″)-IIa, and aadA1 were detected. AKK ONE was sensitive to ampicillin, ceftriaxone, cefotaxime, meropenem, tetracycline, and chloramphenicol and resistant to moxifloxacin. No potential virulence-related genes were detected. The PathogenFinder database analysis showed that AKK ONE was a non-potential human pathogen. This strain had good gastroenteric fluid tolerance and a weak ability to colonize the gut. No test item-related adverse effects were observed in the acute and subchronic toxicity test. AKK ONE did not display mutagenic activity either. This strain did not change the hematological and clinical biochemical parameters of mice. The weights of the organs were not affected by AKK ONE treatment. These results support that AKK ONE is safe for use as a probiotic at a dose of 8.28 × 109 CFU/kg bw/day.

ABSTRACT We evaluated the diagnostic accuracy of various international guideline criteria for identifying HBeAg‐positive chronic HBV infection patients with no significant liver disease. A total of 1108 HBeAg‐positive CHB patients were retrospectively enrolled. The guidelines assessed included those from the European Association for the Study of the Liver (EASL) 2017, the American Association for the Study of the Liver Disease (AASLD) 2018, the Asian Pacific Association for the Study of the Liver (APASL) 2015 and the Chinese Society of Hepatology (CSH) 2022. The CSH criteria demonstrated a higher proportion of patients with G0‐1 and S0‐1 (82.9%) compared to the EASL (75.9%), AASLD (75.3%) and APASL groups (58.8%). Additionally, the CSH criteria exhibited a significantly higher predictive value (AUC 0.782, 95% CI 0.754–0.809) than the EASL (AUC 0.765, 95% CI 0.737–0.793), AASLD (AUC 0.749, 95% CI 0.720–0.778) and APASL (AUC 0.720, 95% CI 0.690–0.750) criteria for identifying G0‐1 and S0‐1. Adding quantitative HBsAg levels (> 10 4 IU/mL) to the EASL, AASLD and APASL criteria improved diagnostic performance. Consequently, the CSH guideline thresholds showed higher accuracy in identifying Chinese HBeAg‐positive patients with no significant liver disease compared to EASL, AASLD and APASL criteria, emphasising the importance of considering quantitative HBsAg in the evaluation of HBeAg‐positive chronic HBV infection.

BACKGROUND Hydroxyurea, an antimetabolite, is frequently prescribed for various hematological disorders, and its common side effects include gastrointestinal problems, cutaneous or mucosal lesions and pyrexia/fever. CASE SUMMARY This study reports the case of a 67-year-old woman who developed recurrent abdominal pain after 10 years of continuous hydroxyurea therapy for primary thrombocythemia. Colonoscopy revealed an ileocecal ulcer. After discontinuing hydroxyurea therapy for 6 months, follow-up colonoscopy showed a significant reduction in the ulceration. CONCLUSION We consider cecal ulcers as a rare complication of hydroxyurea therapy which typically resolves upon stopping the drug.

Akermansia muciniphila shows promise as a next-generation probiotic, however, its beneficial regulatory effects on mice ulcerative colitis (UC) has not been extensively investigated. We used an Akkermansia muciniphila strain (AKK ONE) isolated from healthy human feces to study its effect on DSS-induced colitis in mice. Our results demonstrate that AKK ONE supplementation significantly improves food intake, weight, colon length, disease activity index (DAI) score, organ index, and tissue damage of colitis mice. AKK ONE notably improved intestinal barrier integrity by significantly enhancing expression of occludin and claudin-1. Additionally, AKK ONE reduced inflammation by down-regulating IL-1β, IL-6, and TNF-α, and up-regulating IL-10. In addition to reducing excessive inflammation, AKK ONE also increased the abundance of Akkermansia and decreased the abundance of Bacteroides. Furthermore, the AKK ONE intervention markedly increased SCFAs in cecal contents. AKK ONE may be a potential therapeutic agent for improving UC, based on the findings of this study.