The size and complexity of conifer genomes has, until now, prevented full genome sequencing and assembly. The large research community and economic importance of loblolly pine, Pinus taeda L., made it an early candidate for reference sequence determination. We develop a novel strategy to sequence the genome of loblolly pine that combines unique aspects of pine reproductive biology and genome assembly methodology. We use a whole genome shotgun approach relying primarily on next generation sequence generated from a single haploid seed megagametophyte from a loblolly pine tree, 20-1010, that has been used in industrial forest tree breeding. The resulting sequence and assembly was used to generate a draft genome spanning 23.2 Gbp and containing 20.1 Gbp with an N50 scaffold size of 66.9 kbp, making it a significant improvement over available conifer genomes. The long scaffold lengths allow the annotation of 50,172 gene models with intron lengths averaging over 2.7 kbp and sometimes exceeding 100 kbp in length. Analysis of orthologous gene sets identifies gene families that may be unique to conifers. We further characterize and expand the existing repeat library based on the de novo analysis of the repetitive content, estimated to encompass 82% of the genome. In addition to its value as a resource for researchers and breeders, the loblolly pine genome sequence and assembly reported here demonstrates a novel approach to sequencing the large and complex genomes of this important group of plants that can now be widely applied.

2565 Background: Mesothelin (MSLN) is overexpressed in mesothelioma and other solid tumors making it the focus of multiple targeted therapies, including antibody drug conjugates (ADCs), T cell receptor (TCR) fusion constructs, and chimeric antigen receptor T-cell (CAR-T) products. However, the clinical efficacy of these treatments remains limited. We hypothesize that soluble MSLN (sMSLN) in the plasma binds to MSLN-targeted therapies before reaching the tumor. Our study aimed to evaluate the effects of sMSLN on a MSLN-targeting antibody, anetumab, and explore methods to reduce sMSLN. Methods: Exploratory analysis in NCT03126630: sMSLN testing was performed on blood samples from participants enrolled in NCT03126630 at the Molecular Targets Core Lab, National Cancer Institute. The median was used to categorize high and low levels of sMSLN. Survival was estimated with the Kaplan-Meier method and compared between groups with the log rank test. Anetumab immunoprecipitation: Anetumab was covalently coupled to Dynabeads at 5 µg per mg of beads to immunoprecipitate MSLN from two plasma samples. Assays were performed in duplicate. Therapeutics plasma exchange (TPE):Whole blood samples were collected before and after one plasma volume of TPE with albumin as the replacement fluid in patients undergoing routine TPE for various medical conditions, such as autoimmune diseases and hyperviscosity syndromes. Plasma levels of sMSLN were measured with an ELISA assay in matched pre- and post-TPE plasma samples. Results: We obtained sMSLN levels from 40 patients enrolled in NCT03126630. For patients treated with both anetumab ravtansine and pembrolizumab, median progression free survival (PFS) was shorter in the high sMSLN group (5 months) vs the low sMSLN group (12 months). For patients treated with pembrolizumab alone, PFS was similar for patients with high and low sMSLN (4 vs 3.4 months). Anetumab significantly reduced the concentration of sMSLN in plasma samples as detected by MSLN ELISA (p<0.05), demonstrating that sMSLN can bind to and sequester anetumab. Next, we evaluated TPE as a mechanism to reduce sMSLN. We obtained pre- and post-TPE plasma samples from 15 patients undergoing routine TPE for various medical conditions. TPE consistently reduced sMSLN (p<0.05) with an average decrease of 43.6% or 15.4 ng/mL. Conclusions: We found that high sMSLN levels are associated with shorter PFS for anetumab ravtansine, but not pembrolizumab. Additionally, anetumab binds to sMSLN in the plasma, which suggests that sMSLN can sequester anti-MSLN antibodies and may limit the efficacy of MSLN-targeted therapies. High levels of sMSLN could potentially be used as a biomarker to select which patients should not receive MSLN-targeting therapies. Furthermore, our results indicate that sMSLN reduction is feasible with TPE. Decreasing sMSLN could restore the activity of MSLN-targeted therapies.

8071 Background: Data from the PACIFIC study demonstrated a 5-yr median progression free survival (PFS) and overall survival (OS) of 16.9 and 47.5 months respectively for patients with stage 3A and stage 3B NSCLC demonstrating a high risk of relapse. The 8 th ed. of the IASLC staging project reports that the 60-month OS for stage 3A, B and C disease is 41%, 24% and 12% respectively, indicating that improved treatment options are needed for this patient population. Induction chemo-IO (ID chemo-IO) followed by concurrent chemo-radiation (CRT) has not been fully investigated due to concerns regarding the toxicity profile, but this may representant an important unexplored avenue for research. We aim to describe the outcomes of patients who received ID chemo-IO followed by CRT with or without maintenance IO. Methods: We conducted a retrospective study across all Mayo Clinic sites. Patients were included if they were diagnosed with Stage 3 NSCLC deemed ineligible for resection and/or requiring raditation over a large-field ] by a multidisciplinary team with plans for ID chemo-IO prior to CRT and maintenance IO. A total of 927 cases of stage 3 NSCLC patients were screened and those receiving ID chemo-IO followed by CRT were extracted (n = 36). Clinical endpoints are PFS, OS, overall response rate (ORR) and treatment related adverse events (TrAE) defined using CTCAE 5.0. Results: The median age was 67 years, 52.8% were female, all patients were past smokers and 97.2% identified as white. The tumor histologies were adenocarcinoma (66.67%), squamous (27.8%), mucinous adenocarcinoma (2.8%) and sarcomatoid (2.8%). Majority were Stage 3B (47.2%) followed by 3C (38.9%) and 3A (13.9%). N2 and N3 disease was noted in 36.1% and 55.6% of patients respectively. PD-L1 by IHC was > 1-49% (47.2%), > 50% (22.2%) and < 1% (19.4%). Patients received ID chemo-IO with pembrolizumab (83.3%), nivolumab (11.1%) and atezolizumab (2.78%). Average number of ID chemo-IO cycles were 3.67 cycles. The ORR to ID chemo-IO was 86.11%. The median PFS was 23.67 mths and the median OS was 32.07 months. About 94% of patients received CRT afterwards and 66.67% received maintenance IO with pembrolizumab (53.17%) or durvalumab (45.83%). Any grade TrAE occured in 58.33% of patients. Pneumonitis was the most common event (38.9%). Grade 3 -4 pneumonitis was noted in 28.5% (4/11) patients. Other toxicities included hepatitis (8.3%), colitis (11.1%) and myasthenia gravis (2.8%) and 22% of these TrAE’s were grade 3 or 4. Conclusions: Our results indicate that ID chemo-IO shows promise as a therapeutic approach for patients with unresectable stage III NSCLC, especially for patients deemed ineligible or high risk for upfront radiation. Further investigation is needed through a randomized clinical trial to systematically explore and validate the safety and efficacy of ID chemo-IO.