Mitochondrial DNA (mtDNA) copy number is a critical component of overall mitochondrial health. In this chapter, we describe methods for isolation of both mtDNA and nuclear DNA (nucDNA) and measurement of their respective copy numbers using quantitative PCR. Methods differ depending on the species and cell type of the starting material and availability of specific PCR reagents.

PURPOSE Patients with hereditary cancer syndromes (HCS) have a high lifetime risk of developing cancer. Historically underserved populations have lower rates of genetic evaluation. We sought to characterize demographic factors that are associated with undergoing HCS evaluation in an urban safety-net patient population. METHODS All patients who met inclusion criteria for this study from 2016 to 2021 at an urban safety-net hospital were included in this analysis. Inclusion criteria were pathologically confirmed breast, ovarian/fallopian tube, colon, pancreatic, and prostate cancers. Patients also qualified for hereditary breast and ovarian cancers or Lynch syndrome on the basis of National Comprehensive Cancer Network guidelines. Institutional review board approval was obtained. Demographic and oncologic data were collected through retrospective chart review. Univariable and multivariable logistic regression models were constructed. RESULTS Of the 637 patients included, 40% underwent genetic testing. Variables associated with receiving genetic testing on univariable analysis included patients living at the time of data collection, female sex, Latinx ethnicity, Spanish language, family history of cancer, and referral for genetic testing. Patients identifying as Black, having Medicare, having pancreatic or prostate cancer, having stage IV disease, having Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG) prognostic score ≥1, having medium or high Charlson comorbidity index, with current or previous cigarette use, and with previous alcohol use were negatively associated with testing. On multivariable modeling, family history of cancer was positively associated with testing. Patients identifying as Black, having colon or prostate cancer, and having ECOG score of 2 had significantly lower association with genetic testing. CONCLUSION Uptake of HCS was lower in patients identifying as Black, those with colon or prostate cancer, and those with an ECOG score of 2. Efforts to increase HCS testing in these patients will be important to advance equitable cancer care.

Background Chimeric antigen receptor (CAR) T-cell therapy has improved the historically poor outcomes for relapsed and refractory (R/R) large B-cell non-Hodgkin's lymphoma (LBCL). However, nearly 60% of patients will either fail to respond or relapse after CAR T-cell therapy. Currently, PET/CT scans are used to assess response. Cell-free circulating tumor DNA (ctDNA) is released by tumor cells into the peripheral blood and can be measured for minimal residual disease (MRD) assessment. Methods In this retrospective, IRB approved pilot study, archived lymphoma tissues and ctDNA from peripheral blood samples on day 0, 14, 28, 56, 90, 180, and 365 after CAR T-cell infusion from 10 patients with R/R NHL were collected for next-generation sequencing (NGS) of clonal variable-diversity-joining (VDJ) rearrangements [Adaptive biotechnologies (Seattle, WA)]. Response was assessed by PET/CT on days 90 and 365 and graded according to the Lugano 2014 criteria. The primary endpoint was to determine the feasibility of detecting ctDNA to monitor disease response after anti-CD19 CAR T-cell therapy. The secondary endpoint was to compare the sensitivity/specificity of MRD assessment from ctDNA to PET/CT imaging. Results Nine out of 10 patients with a trackable sequence [median age 69 (range: 56-76); 55.6% male; median LDH 224], were included in this study. Each received tisagenlecleucel (tisa-cel) CAR T-cell therapy after median two prior treatments (range: 2-4). 7/9 patients had R/R diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL), and 2/9 had transformed follicular lymphoma. At a median follow up of 12.7 months (range: 1.5-30 months), four patients were alive. By day 90, three patients (33.3%) achieved a radiographic complete response (CR) whilst six patients (66.6%) had progressive disease (PD). Detectable MRD on day 14 or day 28 had 83% sensitivity and 100% specificity for radiographic progression at any time before one year. For patients with PD, the median (interquartile range) MRD at day 0, 14, and 28 were 17.31 (1.01, 96.84), 9.12 (0.30, 18.8), and 23.77 (8.01, 137.53) copies per milliliter (mL), respectively. For patients with detectable MRD at day 28, mOS and mPFS were 6.7 and 1.3 months, respectively. Micro Abstract Background: Chimeric antigen receptor (CAR) T-cell therapy has improved outcomes for relapsed/refractory (R/R) large B-cell lymphoma (LBCL). Currently, PET/CT is used to assess response. Cell-free circulating tumor DNA (ctDNA) can be measured to assess minimal residual disease (MRD)., Methods: Archived lymphoma tissue prior to CAR T-cell therapy and ctDNA from serum samples after CAR T-cell infusion from patients with R/R LBCL were collected for next-generation sequencing (NGS) of clonal variable-diversity-joining (VDJ) rearrangements [Adaptive Biotechnologies (Seattle, WA)]. Response was assessed by PET/CT on days 90 and 365., Results: Nine out of 10 patients with trackable clonotypes [median age 69 (range: 56-76)], were included in this study. Each received tisagenlecleucel (tisa-cel) CAR T-cell therapy after median two prior treatments (range: 2-4). By day 90, three patients (33.3%) achieved a radiographic complete response (CR) whilst six patients (66.6%) had progressive disease (PD). Detectable MRD on day 14 and 28 had 83% and 100% sensitivity, respectively, and 100% specificity for progression. For the 5 patients with detectable MRD by day 28, mOS and mPFS were 6.7 and 1.3 months, respectively., Conclusion: Monitoring MRD was a sensitive and specific method to detect poor response to tisa-cel. Additional studies evaluating MRD more frequently and with different products are warranted.