Melon ( Cucumis melo L.) is one of the most extensively grown horticulture crops of the world. Based on the morphological characters, melon was formerly divided into two subspecies, Cucumis melo ssp. melo and C. melo ssp. agrestis . However, the present methods are still inadequate to distinguish between them. The phylogenetic analysis based on chloroplast genome sequences could provide essential evidence for the classification of melon varieties. We sequenced the chloroplast genomes of nine different melon varieties by the Illumina Hiseq and performed bioinformatic analyses including repeat element analysis, genome comparison and phylogenetic analysis. The results showed that the melon chloroplast genome has a typical quadripartite structure that was conserved across the analyzed sequences. Its length ranges between 155, 558 and 156, 569 bp, with a total GC content varying from 36.7% to 37%. We found 127–132 genes in melon chloroplast genomes, including 85–87 protein-coding regions, 34–37 tRNA and 6-8 rRNA genes. The molecular structure, gene order, content, codon usage, long repeats, and simple sequence repeats (SSRs) were mostly conserved among the nine sequenced genomes. Phylogenetic analysis showed that the chloroplast genome could clearly distinguish between C. melo ssp . melo and C. melo ssp . agrestis . This study not only provides valuable knowledge on melon chloroplasts, but also offers a theoretical basis and technical support for the genetic breeding of melons.

The graveyard of the Haihun Marquis in Nanchang is the largest and best-preserved Han Dynasty mausoleum discovered in China. Within the tomb's beam bank (M1), archaeologists have uncovered a variety of plant remains, such as melon seeds, the traits and origins of which warrant timely investigation. Cucumis melo L. has a long history of being cultivated and consumed in China. In this study, macroscopic identification techniques, scanning electron microscopy, and cluster analyses of the seeds of ancient C. melo and 16 varieties of modern melons (9 with thick skin, 6 with thin skin, and 1 thick/thin-skinned hybrid) were performed to compare their morphological trait indexes and seed coat ultrastructures. Through the measurement of various morphological parameters (length, width, upper one-third width, lower one-third width, thickness, and surface area) of each type of melon seed and subsequent cluster analysis of the morphological data, the ancient melon was determined to belong to the same cluster as the C. melo varieties "Lvbao", "Huangpi", "Boyang No. 9", "Malianzhuang", "Yangjiaomi", and "Zhimami", exhibiting the closest affinity to the thin-skinned types, particularly "Huangpi", "Malianzhuang", and "Zhimami". Scanning electron microscopy analysis of the epidermal ultrastructure revealed that the reticulated morphology of the seed coat of the ancient melon closely resembled that of the thin-skinned melon. Consequently, we hypothesize that the melon seeds excavated from the graveyard of the Haihun Marquis belong to the thin-skinned type of melon.