YL
Yang Liu
Author with expertise in Mitochondrial Dynamics and Reactive Oxygen Species Regulation
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
4
(100% Open Access)
Cited by:
0
h-index:
11
/
i10-index:
12
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

A phosphorylation-dependent switch of the lysosomal V-ATPase assembly regulates α-synuclein clearance in glia

Shiping Zhang et al.Dec 8, 2023
Abstract Glia serve as double-edged swords to modulate neuropathology in Parkinson’s disease (PD), but how they react opposingly to be beneficial or detrimental under pathological conditions, like promote or eliminate α-synuclein (α-syn) inclusions, remains elusive. Here we present evidence that the PD risk factor Cyclin G-associated kinase (GAK)/dAuxilin (dAux) regulates the lysosomal degradation of α-syn in glia. In addition to a broad spectrum of parkinsonian symptoms in Drosophila and mice, lack of glial Gak/dAux causes abnormally higher α-syn levels in fly and mouse brains, and further enhances the α-syn preformed fibril levels in mouse brains. dAux phosphorylates at the serine 543 of Vha44, the V1C subunit of the vacuolar H + -ATPase (V-ATPase), regulates the V-ATPase assembly, and controls the lysosomal acidification and hydrolase activity to set an acidic milieu for α-syn degradation in glia. Importantly, blocking Vha44 serine 543 phosphorylation disrupts V-ATPase assembly, lysosome acidification, and hydrolase activity, leading to DA neurodegeneration and locomotor deficits in flies. Our findings identify a phosphorylation-dependent switch controlling the V-ATPase assembly for lysosomal α-syn degradation in glia. Targeting the clearance of glial α-syn inclusions via this lysosomal pathway could potentially be a therapeutical approach to ameliorate the disease progression in PD.
0

Biogeographical distribution and community assembly of Myxococcota in mangrove sediments

Dayu Zou et al.Jul 13, 2024
Abstract Background Myxococcota, characterized by their distinct social lifestyles, are widely distributed micro-predators in global sediments. They can feed on a wide range of bacterial, archaeal, and fungal prey. Myxococcota are capable of producing diverse secondary metabolites, playing key roles in microbial food webs, and regulating the microbial community structures in different ecosystems. However, Myxococcota are rarely pure cultured due to the challenging and stringent culturing conditions. Their natural distribution, niche differentiation, and predator–prey relationships in a specific habitat are poorly understood. Results In this study, we conducted a comprehensive analysis of the 16S rRNA gene sequence data from public databases and our collection. We compared the abundance, diversity, and distribution patterns of Myxococcota in various habitats, with a specific focus on mangroves. We found that Myxococcota accounted for 1.45% of the total prokaryotes in global sediments based on the abundance of 16S rRNA genes. Myxococcota are abundant and diverse in mangrove sediments. They tend to be more generalistic in mangroves than in other habitats due to their wide niche breadth. Besides, the deterministic processes (variable selection) influenced the assembly of mangrove Myxococcota communities significantly more than stochastic processes. Further, we determined that environmental factors explained a greater amount of total community variation in mangrove Myxococcota than geographical variables (latitude and sediment depth). In the end, through the analysis of microbial co-occurrence networks, Myxococcota emerges as a key component and functions as a connector in the mangrove microbial community. Conclusions Our study enhances comprehension of mangrove Myxococcota's biogeography, assembly patterns, driving factors, and co-occurrence relationships, as well as highlights their unique niche and ecological importance in mangrove sediments.
0

Dietary restriction of individual amino acids stimulates unique molecular responses in mouse liver

Spencer Haws et al.Dec 7, 2023
Dietary protein and essential amino acid (EAA) restriction promotes favorable metabolic reprogramming, ultimately resulting in improvements to both health and lifespan. However, as individual EAAs have distinct catabolites and engage diverse downstream signaling pathways, it remains unclear to what extent shared or AA-specific molecular mechanisms promote diet-associated phenotypes. Here, we investigated the physiological and molecular effects of restricting either dietary methionine, leucine, or isoleucine (Met-R, Leu-R, and Ile-R) for 3 weeks in C57BL/6J male mice. While all 3 AA-depleted diets promoted fat and lean mass loss and slightly improved glucose tolerance, the molecular responses were more diverse; while hepatic metabolites altered by Met-R and Leu-R were highly similar, Ile-R led to dramatic changes in metabolites, including a 3-fold reduction in the oncometabolite 2-hydroxyglutarate. Pathways regulated in an EAA-specific manner included glycolysis, the pentose phosphate pathway (PPP), nucleotide metabolism, the TCA cycle and amino acid metabolism. Transcriptiome analysis and global profiling of histone post-translational modifications (PTMs) revealed different patterns of responses to each diet, although Met-R and Leu-R again shared similar transcriptional responses. While the pattern of global histone PTMs were largely unique for each dietary intervention, Met-R and Ile-R had similar changes in histone-3 methylation/acetylation PTMs at lysine-9. Few similarities were observed between the physiological or molecular responses to EAA restriction and treatment with rapamycin, an inhibitor of the mTORC1 AA-responsive protein kinase, indicating the response to EAA restriction may be largely independent of mTORC1. Together, these results demonstrate that dietary restriction of individual EAAs has unique, EAA-specific effects on the hepatic metabolome, epigenome, and transcriptome, and suggests that the specific EAAs present in dietary protein may play a key role at regulating health at the molecular level.
0

Modulation of the Nernst Thermoelectrics by Regulating the Anomalous Hall and Nernst Angles

Meng Lyu et al.Nov 21, 2024
Abstract The large anomalous Nernst effect in magnetic Weyl semimetals is one of the most intriguing transport phenomena, which draws significant attention for its potential applications in topological thermoelectrics. Despite frequent reports of substantial anomalous Nernst conductivity (ANC), methods to optimize Nernst thermoelectrics remain limited. The research reveals that the magnitude of the ANC is directly related to the sum of the anomalous Nernst and Hall angles. While the sign of the anomalous Hall angle is relatively stable in a certain material, the sign of the anomalous Nernst angle can be intrinsically tuned. Therefore, the ANC can be effectively optimized by regulating these angles to work in concert. This finding is verified by experimental modulation from iron‐doped magnetic topological material Co 3 Sn 2 S 2 . Additionally, a robust T ln T scaling law of the ANC over the temperature range of 40 to 140 K is observed in all studied samples, suggesting an intrinsic origin of the ANC. Considering the common opposite sign of the anomalous Nernst and Hall angles in many magnetic topological materials, the research offers an applicable scheme for optimizing the Nernst thermoelectrics.