HG
Hua Gao
Author with expertise in Cancer Stem Cells and Tumor Metastasis
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
5
(60% Open Access)
Cited by:
594
h-index:
24
/
i10-index:
37
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Coupling multiplex pre-amplification and droplet digital PCR for longitudinal monitoring of ESR1 and PIK3CA mutations from plasma cell-free DNA

Hanhan Yao et al.Apr 5, 2019
Here we report on the development of a sensitive and cost effective method to longitudinally track ESR1 and PIK3CA mutations from cfDNA in patients with metastatic breast cancer (MBC) using a streamlined and decentralized workflow. Hotspot mutations in ESR1 have been shown to cause resistance to aromatase inhibitor based and antiestrogenic therapies, while PIK3CA mutations have high prevalence in MBC. As a result, their utility as circulating biomarkers to predict or monitor response in the clinical development of investigational compounds has been the focus of many studies. Six regions in ESR1 and PIK3CA genes containing 20 hotspot mutations were pre-amplified, followed by optimized singleplex ddPCR assays to detect allele frequencies of individual mutations. Without preamplification, the limit of detection (LOD) and limit of linearity (LOL) of individual ddPCR assays were at 0.05-0.1% and 0.25% level, respectively. With preamplification, the LOD and LOL were slightly elevated at 0.1 to 0.25% and 0.25 to 0.5% levels, respectively. High concordance was achieved to the BEAMing assay (Sysmex Inostics) for mutation positive assays (r=0.98, P<0.0001). In conclusion, coupling preamplification and ddPCR assays allowed us for the detection of up to 20 hot spot mutations in ESR1 and PIK3CA with high sensitivity and reproducibility.