SK
Susan Kennedy
Author with expertise in Molecular Research on Breast Cancer
Achievements
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
5
(40% Open Access)
Cited by:
1,516
h-index:
63
/
i10-index:
213
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Correlating transcriptional networks to breast cancer survival: a large-scale coexpression analysis

Colin Clarke et al.Jun 5, 2013
Weighted gene coexpression network analysis (WGCNA) is a powerful ‘guilt-by-association’-based method to extract coexpressed groups of genes from large heterogeneous messenger RNA expression data sets. We have utilized WGCNA to identify 11 coregulated gene clusters across 2342 breast cancer samples from 13 microarray-based gene expression studies. A number of these transcriptional modules were found to be correlated to clinicopathological variables (e.g. tumor grade), survival endpoints for breast cancer as a whole (disease-free survival, distant disease-free survival and overall survival) and also its molecular subtypes (luminal A, luminal B, HER2+ and basal-like). Examples of findings arising from this work include the identification of a cluster of proliferation-related genes that when upregulated correlated to increased tumor grade and were associated with poor survival in general. The prognostic potential of novel genes, for example, ubiquitin-conjugating enzyme E2S (UBE2S) within this group was confirmed in an independent data set. In addition, gene clusters were also associated with survival for breast cancer molecular subtypes including a cluster of genes that was found to correlate with prognosis exclusively for basal-like breast cancer. The upregulation of several single genes within this coexpression cluster, for example, the potassium channel, subfamily K, member 5 (KCNK5) was associated with poor outcome for the basal-like molecular subtype. We have developed an online database to allow user-friendly access to the coexpression patterns and the survival analysis outputs uncovered in this study (available at http://glados.ucd.ie/Coexpression/ ).
0
Citation769
0
Save
0

Exposure to substances in the workplace and new-onset asthma: an international prospective population-based study (ECRHS-II)

Manolis Kogevinas et al.Jul 1, 2007
Background The role of exposure to substances in the workplace in new-onset asthma is not well characterised in population-based studies. We therefore aimed to estimate the relative and attributable risks of new-onset asthma in relation to occupations, work-related exposures, and inhalation accidents. Methods We studied prospectively 6837 participants from 13 countries who previously took part in the European Community Respiratory Health Survey (1990–95) and did not report respiratory symptoms or a history of asthma at the time of the first study. Asthma was assessed by methacholine challenge test and by questionnaire data on asthma symptoms. Exposures were defined by high-risk occupations, an asthma-specific job exposure matrix with additional expert judgment, and through self-report of acute inhalation events. Relative risks for new onset asthma were calculated with log-binomial models adjusted for age, sex, smoking, and study centre. Findings A significant excess asthma risk was seen after exposure to substances known to cause occupational asthma (Relative risk=1·6, 95% CI 1·1–2·3, p=0·017). Risks were highest for asthma defined by bronchial hyper-reactivity in addition to symptoms (2·4, 1·3–4·6, p=0·008). Of common occupations, a significant excess risk of asthma was seen for nursing (2·2, 1·3–4·0, p=0·007). Asthma risk was also increased in participants who reported an acute symptomatic inhalation event such as fire, mixing cleaning products, or chemical spills (RR=3·3, 95% CI 1·0–11·1, p=0·051). The population-attributable risk for adult asthma due to occupational exposures ranged from 10% to 25%, equivalent to an incidence of new-onset occupational asthma of 250–300 cases per million people per year. Interpretation Occupational exposures account for a substantial proportion of adult asthma incidence. The increased risk of asthma after inhalation accidents suggests that workers who have such accidents should be monitored closely.
0
Citation390
0
Save