The implementation of targeted therapies for acute myeloid leukaemia (AML) has been challenging because of the complex mutational patterns within and across patients as well as a dearth of pharmacologic agents for most mutational events. Here we report initial findings from the Beat AML programme on a cohort of 672 tumour specimens collected from 562 patients. We assessed these specimens using whole-exome sequencing, RNA sequencing and analyses of ex vivo drug sensitivity. Our data reveal mutational events that have not previously been detected in AML. We show that the response to drugs is associated with mutational status, including instances of drug sensitivity that are specific to combinatorial mutational events. Integration with RNA sequencing also revealed gene expression signatures, which predict a role for specific gene networks in the drug response. Collectively, we have generated a dataset-accessible through the Beat AML data viewer (Vizome)-that can be leveraged to address clinical, genomic, transcriptomic and functional analyses of the biology of AML.

Abstract Combining venetoclax, a selective BCL2 inhibitor, with low-dose navitoclax, a BCL-XL/BCL2 inhibitor, may allow targeting of both BCL2 and BCL-XL without dose-limiting thrombocytopenia associated with navitoclax monotherapy. The safety and preliminary efficacy of venetoclax with low-dose navitoclax and chemotherapy was assessed in this phase I dose-escalation study (NCT03181126) in pediatric and adult patients with relapsed/refractory (R/R) acute lymphoblastic leukemia or lymphoblastic lymphoma. Forty-seven patients received treatment. A recommended phase II dose of 50 mg navitoclax for adults and 25 mg for patients <45 kg with 400 mg adult-equivalent venetoclax was identified. Delayed hematopoietic recovery was the primary safety finding. The complete remission rate was 60%, including responses in patients who had previously received hematopoietic cell transplantation or immunotherapy. Thirteen patients (28%) proceeded to transplantation or CAR T-cell therapy on study. Venetoclax with navitoclax and chemotherapy was well tolerated and had promising efficacy in this heavily pretreated patient population. Significance: In this phase I study, venetoclax with low-dose navitoclax and chemotherapy was well tolerated and had promising efficacy in patients with relapsed/refractory acute lymphoblastic leukemia or lymphoblastic lymphoma. Responses were observed in patients across histologic and genomic subtypes and in those who failed available therapies including stem cell transplant. See related commentary by Larkin and Byrd, p. 1324. This article is highlighted in the In This Issue feature, p. 1307

6533 Background: Ponatinib, a third-generation BCR::ABL TKI, has potent activity against all clinically relevant BCR::ABL1 variants, including T315I. PhALLCON (NCT03589326), a phase 3 trial comparing frontline TKIs in adults with Ph+ ALL, met its primary endpoint with a higher rate of minimum residual disease–negative (MRD-neg) complete remission (CR) at end of induction (EOI) with ponatinib vs imatinib (34.4%/16.7%; P=0.002). Here, we report response rates of MRD-neg at any time and PFS by age and BCR::ABL1 variant subgroups. Methods: Adults with newly diagnosed Ph+ ALL were randomized 2:1 to ponatinib (30 mg QD reduced to 15 mg QD upon MRD-neg CR at or after EOI) or imatinib (600 mg QD) plus 20 cycles of reduced-intensity chemotherapy (induction: 3 cycles; consolidation: 6 cycles; maintenance: 11 cycles), followed by single-agent ponatinib or imatinib until disease progression or unacceptable toxicity. Hematopoietic stem cell transplant (HSCT) was per investigator’s discretion. Post hoc analyses compared MRD-neg ( BCR:: ABL1 IS ≤0.01%; MR4) at any time and PFS (any-cause death, failure to achieve CR by EOI, relapse from CR, or failure to achieve/loss of MRD-neg) by age (</≥65 y) and BCR:: ABL1 variant (p190/p210). Data cutoff: Aug 12, 2022. Results: In the population of randomized patients (pts) with p190/p210 confirmed by central lab (n=232; 154/78 ponatinib/imatinib; median follow-up 20.1 mo), 68% vs 50% in the ponatinib vs imatinib arms were MRD-neg at any time, with similar benefit of ponatinib across age and variant subgroups (Table). Median PFS was more than twice as long with ponatinib vs imatinib across subgroups (Table). Pts achieving MRD-neg at any time were less likely to have HSCT with ponatinib vs imatinib (32%/56%). Among 107/42 pts without HSCT, exposure was >2-fold longer in the ponatinib vs imatinib arms (median 12.8/5.1 mo) with comparable rates of arterial occlusive (3%/2%) and venous thromboembolic events (11%/12%), and discontinuations due to TEAEs (13%/14%). Conclusions: Ponatinib was superior to imatinib in combination with reduced-intensity chemotherapy for frontline treatment of Ph+ ALL, with higher rates of MRD-neg at any time, substantially longer PFS across age and BCR::ABL1 variant subgroups, and a safety profile comparable to imatinib. Clinical trial information: NCT03589326 . [Table: see text]