Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
JL
Jesse Liu
Author with expertise in Comprehensive Integration of Single-Cell Transcriptomic Data
Achievements
Open Access Advocate
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
6
(50% Open Access)
Cited by:
12
h-index:
11
/
i10-index:
14
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Adjunctive Middle Meningeal Artery Embolization for Subdural Hematoma

Jason Davies et al.Nov 20, 2024
Subacute and chronic subdural hematomas are common and frequently recur after surgical evacuation. The effect of adjunctive middle meningeal artery embolization on the risk of reoperation remains unclear. In a prospective, multicenter, interventional, adaptive-design trial, we randomly assigned patients with symptomatic subacute or chronic subdural hematoma with an indication for surgical evacuation to undergo middle meningeal artery embolization plus surgery (treatment group) or surgery alone (control group). The primary end point was hematoma recurrence or progression that led to repeat surgery within 90 days after the index treatment. The clinical secondary end point was deterioration of neurologic function at 90 days, which was assessed with the modified Rankin scale in a noninferiority analysis (margin for risk difference, 15 percentage points). A total of 197 patients were randomly assigned to the treatment group and 203 to the control group. Surgery occurred before randomization in 136 of 400 patients (34.0%). Hematoma recurrence or progression leading to repeat surgery occurred in 8 patients (4.1%) in the treatment group, as compared with 23 patients (11.3%) in the control group (relative risk, 0.36; 95% confidence interval [CI], 0.11 to 0.80; P = 0.008). Functional deterioration occurred in 11.9% of the patients in the treatment group and in 9.8% of those in the control group (risk difference, 2.1 percentage points; 95% CI, -4.8 to 8.9). Mortality at 90 days was 5.1% in the treatment group and 3.0% in the control group. By 30 days, serious adverse events related to the embolization procedure had occurred in 4 patients (2.0%) in the treatment group, including disabling stroke in 2 patients; no additional events had occurred by 180 days. Among patients with symptomatic subacute or chronic subdural hematoma with an indication for surgical evacuation, middle meningeal artery embolization plus surgery was associated with a lower risk of hematoma recurrence or progression leading to reoperation than surgery alone. Further study is needed to evaluate the safety of middle meningeal artery embolization in the management of subdural hematoma. (Funded by Medtronic; EMBOLISE ClinicalTrials.gov number, NCT04402632.).
0
Paper
Citation9
0
Save
3

Cyclic Microchip Assay for Measurement of Hundreds of Functional Proteins in Single Neurons

Liwei Yang et al.Jun 7, 2021
Abstract Proteins are responsible for nearly all cell functions throughout cellular life. To date, the molecular functions of hundreds of proteins have been studied as they are critical to cellular processes. Those proteins are varied dramatically at different statuses and differential stages of the cells even in the same tissue. The existing single-cell tools can only analyze dozens of proteins and thus have not been able to fully characterize a cell yet. Herein, we present a single-cell cyclic multiplex in situ tagging (CycMIST) technology that affords the comprehensive functional proteome profiling of single cells. It permits multiple, separate rounds of multiplex assays of the same single cells on a microchip where each round detects 40-50 proteins. A decoding process is followed to assign protein identities and quantify protein detection signals. We demonstrate the technology on a neuron cell line by detecting 182 proteins that includes surface makers, neuron function proteins, neurodegeneration markers, signaling pathway proteins and transcription factors. Further study on 5XFAD mouse, an Alzheimer’s Disease (AD) model, cells validate the utility of our technology which reveals the deep heterogeneity of brain cells. Through comparison with control mouse cells, the differentially expressed proteins in the AD mouse model have been detected. The single-cell CycMIST technology can potentially analyze the entire functional proteome spectrum, and thus it may offer new insights into cell machinery and advance many fields including systems biology, drug discovery, molecular diagnostics, and clinical studies.
3
Citation3
0
Save
1

Single-Cell Proteomics Study of Immune Cell Diversity by Quantitating 465 Proteins

Liwei Yang et al.Jan 10, 2022
Abstract The identification and characterization of T cell subpopulations is critical to reveal cell development throughout life and immune responses to environmental factors. Next-generation sequencing technologies have dramatically advanced the single-cell genomics and transcriptomics for T cell classification. However, gene expression is often not correlated with protein expression, and immunotyping is mostly accepted in the protein format. Current single-cell proteomics technologies are either limited in multiplex capacity or not sensitive enough to detect the critical functional proteins. Herein we present a cyclic multiplex in situ tagging (Cyclic MIST) technology to simultaneously measure 465 proteins, a scale of >10 times than similar technologies, in single cells. Such a high multiplexity is achieved by reiterative staining of the single cells coupled with a MIST array for detection. This technology has been thoroughly validated through comparison with flow cytometry and fluorescence immunostaining techniques. Both THP1 and CD4+ T cells are analyzed by the Cyclic MIST technology, and over 300 surface markers have been profiled to classify the subpopulations. This represents the most comprehensive mapping of the diversity of immune cells at the protein level. With additional information from intracellular proteins of the same single cells, our technology can potentially facilitate mechanistic studies of immune responses, particularly cytokine storm that results in sepsis.
1

Spatial MIST Technology for Rapid, Highly Multiplexed Detection of Protein Distribution on Brain Tissue

Revanth Reddy et al.Jan 13, 2022
Abstract Highly multiplexed analysis of biospecimens significantly advances the understanding of biological basics of diseases, but these techniques are limited by the number of multiplexity and the speed of processing. Here, we present a rapid multiplex method for quantitative detection of protein markers on brain sections with the cellular resolution. This spatial multiplex in situ tagging (MIST) technology is built upon a MIST microarray that contains millions of small microbeads carrying barcoded oligonucleotides. Using antibodies tagged with UV cleavable oligonucleotides, the distribution of protein markers on a tissue slice could be “printed” on the MIST microarray with high fidelity. The performance of this technology in detection sensitivity, resolution and signal-to-noise level has been fully characterized by detecting brain cell markers. We showcase the codetection of 31 proteins simultaneously within 2 h which is about 10 times faster than the other immunofluorescence-based approaches of similar multiplexity. A full set of computational toolkits was developed to segment the small regions and identify the regional differences across the entire mouse brain. This technique enables us to rapidly and conveniently detect dozens of biomarkers on a tissue specimen, and it can find broad applications in clinical pathology and disease mechanistic studies.