Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
GY
Galina Yahubyan
Author with expertise in Diagnosis and Management of Endometriosis
Achievements
Open Access Advocate
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
4
(75% Open Access)
Cited by:
370
h-index:
14
/
i10-index:
19
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Reinforcement of silencing at transposons and highly repeated sequences requires the concerted action of two distinct RNA polymerases IV in Arabidopsis

Dominique Pontier et al.Sep 1, 2005
Recent genetic and biochemical studies have revealed the existence in plants of a fourth RNA polymerase, RNAPIV, which mediates siRNA accumulation and DNA methylation-dependent silencing of endogenous repeated sequences. Here, we show that Arabidopsis expresses, in fact, two evolutionarily related forms of RNAPIV, hereafter referred to as RNAPIVa and RNAPIVb. These two forms contain the same second-largest subunit (NRPD2), but differ at least by their largest subunit, termed NRPD1a and NRPD1b. Unlike NRPD1a, NRPD1b possesses a reiterated CTD, a feature that also characterizes the largest subunit of RNAPII. Our data indicate that RNAPIVb is the most abundant form of RNAPIV in Arabidopsis . Selective disruption of either form of RNAPIV indicates that RNAPIVa-dependent siRNA accumulation is not sufficient per se to drive robust silencing at endogenous loci and that high levels of DNA methylation and silencing depend on siRNA that are accumulated through a pathway involving the concerted action of both RNAPIV forms. Taken together, our results imply the existence of a novel two-step mechanism in siRNA synthesis at highly methylated loci, with RNAPIVb being an essential component of a self-reinforcing loop coupling de novo DNA methylation to siRNA production.
0
Citation370
0
Save
0

Aging promotes accumulation of senescent and multiciliated cells in human endometrial epithelium

Marina Suhorutshenko et al.Jan 1, 2024
Abstract STUDY QUESTION What changes occur in the endometrium during aging, and do they impact fertility? SUMMARY ANSWER Both the transcriptome and cellular composition of endometrial samples from women of advanced maternal age (AMA) are significantly different from that of samples from young women, suggesting specific changes in epithelial cells that may affect endometrial receptivity. WHAT IS KNOWN ALREADY Aging is associated with the accumulation of senescent cells in aging tissues. Reproductive aging is mostly attributed to the decline in ovarian reserve and oocyte quality, whereas the endometrium is a unique complex tissue that is monthly renewed under hormonal regulation. Several clinical studies have reported lower implantation and pregnancy rates in oocyte recipients of AMA during IVF. Molecular studies have indicated the presence of specific mutations within the epithelial cells of AMA endometrium, along with altered gene expression of bulk endometrial tissue. STUDY DESIGN, SIZE, DURATION Endometrial transcriptome profiling was performed for 44 women undergoing HRT during the assessment of endometrial receptivity before IVF. Patients younger than 28 years were considered as the young maternal age (YMA) group (age 23–27 years) and women older than 45 years were considered as the AMA group (age 47–50 years). Endometrial biopsies were obtained on Day 5 of progesterone treatment and RNA was extracted. All endometrial samples were evaluated as being receptive based on the expression of 68 common endometrial receptivity markers. Endometrial samples from another 24 women classified into four age groups (YMA, intermediate age group 1 (IMA1, age 29–35), intermediate age group 2 (IMA2, age 36–44), and AMA) were obtained in the mid-secretory stage of a natural cycle (NC) and used for validation studies across the reproductive lifespan. PARTICIPANTS/MATERIALS, SETTING, METHODS A total of 24 HRT samples (12 YMA and 12 AMA) were subject to RNA sequencing (RNA-seq) and differential gene expression analysis, 20 samples (10 YMA and 10 AMA) were used for qPCR validation, and 24 NC samples (6 YMA, 6 IMA1, 6 IMA2 and 6AMA) were used for RNA-seq validation of AMA genes across the woman’s reproductive lifespan. Immunohistochemistry (IHC) was used to confirm some expression changes at the protein level. Computational deconvolution using six endometrial cell type-specific transcriptomic profiles was conducted to compare the cellular composition between the groups. MAIN RESULTS AND THE ROLE OF CHANCE Comparisons between YMA and AMA samples identified a lower proportion of receptive endometria in the AMA group (P = 0.007). Gene expression profiling identified 491 differentially expressed age-sensitive genes (P adj &lt; 0.05) that revealed the effects of age on endometrial epithelial growth and receptivity, likely contributing to decreased reproductive performance. Our results indicate that changes in the expression of the cellular senescence marker p16INK4a and genes associated with metabolism, inflammation, and hormone response are involved in endometrial aging. Importantly, we demonstrate that the proportion of multi-ciliated cells, as discovered based on RNA-seq data deconvolution and tissue IHC results, is affected by endometrial aging, and propose a putative onset of age-related changes. Furthermore, we propose that aging has an impact on the transcriptomic profile of endometrial tissue in the context of endometrial receptivity. LARGE SCALE DATA The raw sequencing data reported in this article are deposited at the Gene Expression Omnibus under accession code GSE236128. LIMITATIONS, REASONS FOR CAUTION This retrospective study identified changes in the endometrium of patients undergoing hormonal replacement and validated these changes using samples obtained during a NC. However, future studies must clarify the importance of these findings on the clinical outcomes of assisted reproduction. WIDER IMPLICATIONS OF THE FINDINGS The findings reported in this study have important implications for devising future strategies aimed at improving fertility management in women of advanced reproductive age. STUDY FUNDING/COMPETING INTEREST(S) This research was funded by the Estonian Research Council (grant no. PRG1076), Horizon 2020 innovation grant (ERIN, grant no. EU952516), Enterprise Estonia (grant no. EU48695), MSCA-RISE-2020 project TRENDO (grant no. 101008193), EU 874867 project HUTER, the Horizon Europe NESTOR grant (grant no. 101120075) of the European Commission, the EVA specialty program (grant no. KP111513) of the Maastricht University Medical Center (MUMC+), MICIU/AEI/10.13039/501100011033 and FEDER, EU projects Endo-Map (grant no. PID2021-12728OB-100), ROSY (grant no. CNS2022-135999), and the National Science Fund of Bulgaria (grant no. KII-06 H31/2). The authors declare no competing interests.
0

O-266 Multi-omics landscape of uterine fluid-derived extracellular vesicles across the menstrual cycle

Apostol Apostolov et al.Jul 1, 2024
Abstract Study question Do extracellular vesicles (EVs) mirror the cyclic physiological changes in endometrial tissue, reflecting the endometrial maturation along the entire menstrual cycle? Summary answer Multi-omics data highlights the importance of EVs during the mid-secretory phase and EVs cargo reflects the state of the tissue throughout the menstrual cycle. What is known already Extracellular vesicles isolated from uterine fluid (UF) during the mid-secretory phase have been characterized for their pivotal role in embryo-maternal communication, particularly in the context of microRNAs (miRNAs) and mRNA. EVs have been posited as potential biomarkers in a minimally invasive liquid biopsy approach for assessing endometrial receptivity, hopefully replacing the endometrial tissue biopsy-based testing. However, the dynamics of EVs and their cargo throughout the distinct phases of the menstrual cycle remain unknown. This is the first study to elucidate UF-EV content throughout the maturation of the endometrium. Study design, size, duration Whole-exome RNA and small-RNA sequencing was performed on 15 paired samples, comprising UF and endometrial biopsy (EB), obtained from healthy female subjects across the menstrual cycle. This initial dataset was expanded with 35 additional UF samples. Cumulatively, the analysis encompassed samples (EB and UF) across the menstrual cycle’s four distinct phases: proliferative (n = 10), early-secretory (ES) (n = 17), mid-secretory (MS) (n = 20), and late-secretory (LS) (n = 18). Additionally, 20 UF-EV samples were used for flow cytometry surface proteome analysis. Participants/materials, setting, methods Participants were excluded when infertility-associated conditions were found and included when they had at least one child born, with no hormonal medications used for three months before the sampling. EVs were extracted from UF with size-exclusion chromatography (SEC) and subsequently with glycosaminoglycan-based precipitation. The EVs were characterized with nanoparticle tracking analysis, western blot, transmission electron microscopy and flow-cytometry surface proteome analysis (MACSPlex) for 37 surface markers. Single-end RNA and small-RNA sequencing were performed on NextSeq1000. Main results and the role of chance The transcriptome, miRNome, and protein surface markers of UF-EVs were characterized throughout the menstrual cycle. Transcriptome profiling was performed in comparison to the preceding phase. During the ES phase, 5,507 differentially expressed genes (DEGs) were observed, most of them being downregulated and associated with G-coupled-protein signaling, while in the MS phase, 867 DEGs were identified associated with nucleosome assembly and cell differentiation. Interestingly in the LS phase, the histone genes associated with nucleosome assembly were upregulated compared to MS, highlighting that histone dynamics change corresponding to the menstrual cycle. The exploration of gene ontology revealed consistent enrichment of genes related to extracellular vesicles in UF-EV and EBs across the menstrual cycle. The miRNA analysis of UF-EVs and EB showed significant overlap in miRNA expression level especially in the MS phase. Furthermore, we found 16 unique miRNAs in the mid-secretory phase whose targets were associated with embryo morphogenesis and cell adhesion. MACSPlex analysis revealed that CD9 and CD63, canonical EV markers, were significantly abundant during the MS phase, indicative of an enriched secretion of EVs during the preparation of the endometrium for embryo implantation. These insights underscore that the cargo of UF-EVs reflects the dynamic changes in the endometrial tissue. Limitations, reasons for caution The research on UF-EVs faced notable challenges due to the irregular and non-standardized collection methods of UF in gynecological practice. This variability in UF collection introduces potential confounding factors. The study also operated with a limited sample size, underscoring the need for further validation. Wider implications of the findings Our study indicates that the UF-EVs reflect the menstrual cycle-related molecular changes and UF-EV analysis could be potentially used to follow the menstrual cycle-related molecular processes in the uterine environment. Trial registration number not applicable
0

Characterization and Probiotic Potential of Levilactobacillus brevis DPL5: A Novel Strain Isolated from Human Breast Milk with Antimicrobial Properties Against Biofilm-Forming Staphylococcus aureus

И. Илиев et al.Jan 14, 2025
Lactobacillus is a key genus of probiotics commonly utilized for the treatment of oral infections The primary aim of our research was to investigate the probiotic potential of the newly isolated Levilactobacillus brevis DPL5 strain from human breast milk, focusing on its ability to combat biofilm-forming pathogens such as Staphylococcus aureus. Employing in vitro approaches, we demonstrate L. brevis DPL5′s ability to endure at pH 3 with survival rates above 30%, and withstand the osmotic stress often found during industrial processes like fermentation and freeze drying, retaining over 90% viability. The lyophilized cell-free supernatant of L. brevis DPL5 had a significant antagonistic effect against biofilm-producing nasal strains of Staphylococcus aureus, and it completely eradicated biofilms at subinhibitory concentrations of 20 mg·mL−1. Higher concentrations of 69 mg·mL−1 were found to have a 99% bactericidal effect, based on the conducted probability analysis, indicating the production of bactericidal bioactive extracellular compounds capable of disrupting the biofilm formation of pathogens like S. aureus. Furthermore, genome-wide sequencing and analysis of L. brevis DPL5 with cutting-edge Nanopore technology has uncovered over 50 genes linked to probiotic activity, supporting its ability to adapt and thrive in the harsh gut environment. The genome also contains multiple biosynthetic gene clusters such as lanthipeptide class IV, Type III polyketide synthase (T3PKS), and ribosomally synthesized, and post-translationally modified peptides (RiPP-like compounds), all of which are associated with antibacterial properties. Our study paves the way for the further exploration of DPL5, setting the stage for innovative, nature-inspired solutions to combat stubborn bacterial infections.