DS
Deepika Singh
Author with expertise in Endoplasmic Reticulum Stress and Unfolded Protein Response
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
6
(50% Open Access)
Cited by:
287
h-index:
28
/
i10-index:
46
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Dissociation Rates of Urea in the Presence of NiOOH Catalyst: A DFT Analysis

Damilola Daramola et al.Oct 11, 2010
Single molecule reactions have been studied between nickel oxyhydroxide, urea, and the hydroxide ion to understand the process of urea dissociation into ammonia, isocyanic acid, cyanate ion, carbon dioxide, and nitrogen. In the absence of hydroxide ions, nickel oxyhydroxide will catalyze urea to form ammonia and isocyanic acid with the rate-limiting step being the formation of ammonia with a rate constant of 1.5 × 10−6 s−1. In the presence of hydroxide, the evolution of ammonia was also the rate-limiting step with a rate constant of 1.4 × 10−26 s−1. In addition, desorption of the cyanate ion presented an energy barrier of 6190 kJ mol−1 suggesting that the cyanate ion cannot be separated from NiOOH unless further reactions occurred. Finally, elementary dissociation reactions with hydroxide ions deprotonating urea to produce nitrogen and carbon dioxide were analyzed. These elementary reactions were investigated along three paths differing in the order that protons were removed and the nitrogen atoms were rotated. The rate-limiting step was found to be the removal of carbon dioxide with a rate constant of 4.3 × 10−65 s−1. Therefore, the catalyst could be deactivated by the surface blockage caused by carbon dioxide adsorption.
7

Cocculus hirsutus-derived phytopharmaceutical drug has potent anti-dengue activity

Ankur Poddar et al.Sep 18, 2020
Abstract Background Dengue is a serious public health concern worldwide, with ~3 billion people at risk of contracting dengue virus (DENV) infections. Currently, no effective vaccine or drug is available for the prevention or treatment of dengue, which leaves only anti-mosquito strategies to combat this disease. The present study was initiated to determine the in-vitro and in vivo protective effects of a plant-derived phytopharmaceutical drug for the treatment of dengue. Methodology/Principal Findings In our previous report, we had identified methanolic extract of the aerial parts of Cissampelos pareira to exhibit in vitro and in vivo anti-dengue activity against all the four DENV serotypes. In the current study, we have identified another Indian medicinal plant, Cocculus hirsutus , which has a more potent anti-dengue activity than C. pareira. The activity has been evaluated through flow-cytometry-based virus inhibition assay. Interestingly, the stem of C. hirsutus was found to be more potent than the aerial part irrespective of the extraction solvent used viz., denatured spirit, hydro-alcohol (50:50) and water. Hence, the aqueous extract of stem of C. hirsutus (AQCH) was further advanced for investigations because of greater regulatory acceptance. The AQCH exhibited dose-dependent inhibition of release of DENV and its secretory antigen, NS1. Five chemical markers viz. Sinococuline, 20-Hydroxyecdysone, Makisterone-A, Magnoflorine and Coniferyl alcohol were identified as the major chemical ingredients of the AQCH extract. These chemicals were subsequently used for extract standardisation. Importantly, AQCH completely protected AG129 mice at 25 mg/kg/dose body weight when fed 4 times a day post-infection with a lethal dose of DENV-2 S221 strain. Because of its potential as an effective phytopharmaceutical drug against dengue, AQCH, has been formulated into tablets for further pre-clinical and clinical developments. Conclusions/Significance We provide evidence of the pan anti-dengue potential of C. hirsutus- based phytopharmaceutical drug as determined through in vitro and in vivo experiments. We have also characterized five chemical entities in the drug substance, which provides means for standardization of drug substance and drug product. Based on these findings, a program to develop a safe and effective C. hirsutus- derived phytopharmaceutical drug for the treatment of dengue has been initiated. Author summary There is an urgent need to develop a safe and effective drug against dengue, which is a rapidly expanding mosquito-borne viral disease. Half of the world’s population has been estimated to be at risk of contracting this disease and the situation remains grim due to lack of an approved drug. We aimed to develop an ethnopharmacological drug against dengue by exploring traditional Indian medicinal science, Ayurveda. This led us to identify a creeper, Cocculus hirsutus , as a more potent anti-dengue plant than Cissampelos pareira, reported in our earlier published study. The stem part of C. hirsutus was found to be more efficacious in inhibiting the propagation of dengue viruses (DENVs) in cell culture than its aerial part. Hence, we chose to advance aqueous extract of stem of C. hirsutus (AQCH) for further studies. Importantly, AQCH also protected immune-compromised mice from lethal DENV infection, which is suggestive of its potential clinical relevance. We have identified five chemical marker compounds in AQCH to gauge the quality and consistency of extract preparation and its formulation into stable tablets. Based on the findings of this study, we have undertaken the development of a safe and effective C. hirsutus- derived phytopharmaceutical drug for the treatment of dengue.
7
Citation2
0
Save
0

Abstract B016: RNA demethylase ALKBH5 drives medulloblastoma growth and progression

Panneerdoss Subbarayalu et al.Nov 14, 2024
Abstract Introduction: Medulloblastoma (MB) is the most common malignant childhood brain tumor. It accounts for 20% of all childhood cancer deaths. MB are very fast-growing tumors, which spreads to central nervous system through cerebrospinal fluid, leading to leptomeningeal metastases that occurs up to 66% in brain cancer patients. Despite the progress in treating MB, the 5-year survival rate for high-risk MB remains poor with high recurrence. Moreover, the quality of life for those kids who do survive is substantially reduced due to the high toxicity associated with the high radiation exposure and multiple drug chemotherapy they must endure at such an early age. Therefore, it is critical to identify novel factors and understand previously undefined mechanisms that drive MB growth and progression, so that safe and viable therapeutics can be developed for treating MB. In this study, we tested the hypothesis that epigenetic changes, specifically mRNA demethylation mediated by the RNA demethylase ALKBH5, play an important role in MB growth and tumor progression, and hence approaches aimed at inhibiting ALKBH5 activity could prove clinical utility for MB patients. Methods: Medulloblastoma cell lines (HD-MB03, D556, D425 and DAOY) were purchased from the ATCC. MB cancer stem cells (MB-CSC) were stained Aldefluor sorted by Flow cytometry and cultured in stem cell medium. MB cells were transfected either with ALKBH5 overexpression (OE) plasmid or siRNA (KD). These OE/KD MB cells were analyzed for cell viability, migration, invasion, colony formation, cell cycle, apoptosis assays, RNA sequencing, RT-qPCR, western blotting, RNA immunoprecipitation, and in vivo tumor xenograft study. Results: Our results revealed that MB cells are highly dependent on ALKBH5 for their survival. Using multiple MB cell lines with or without ALKBH5 depletion, we discovered that of ALKBH5 inhibited both short and long-term growth of MB cells. In addition, knockdown of ALKBH5 inhibited the migration of MB cells. ALKBH5 silenced MB cells showed increased apoptosis. Importantly, we show that ALKBH5 silencing suppressed the self-renewal/proliferation of MB stem cells (including medullosphere formation). ALKBH5 knockdown HDMB03-GFP-luciferase cells injected into mouse showed reduced tumor growth compared to the control. RNA sequencing analysis of ALKBH5 depleted MB cells showed alterations in several metabolism related pathways. Further, ALKBH5-depletion led to significantly decreased levels of cancer stem cell marker proteins including Nanog, OCT4 and SOX9. These are significant findings as MB stem cells are considered to be the major source of MB initiation, maintenance, relapse and render MB cells resistant to radiation. Conclusion: Collectively, our study results suggest that RNA demethylase ALKBH5 may play an important role in MB growth and progression by supporting MB cancer (tumor initiating) stem cells (MB-CSC) and ALKBH5 serves as a novel therapeutic target for MB. Citation Format: Panneerdoss Subbarayalu, Daisy Medina, Pitta Prabhakar, Shahad Abdulsahib, Saif Nirzhor, Desiree Denman, Santosh Timilsina, Deepika Singh, Phat Do, Krishna Evani, Dhiya Billa, Esha Reddy, Peter Houghton, Yogesh Gupta, Yidong Chen, Suryavathi Viswanadhapalli, Ratna Vadlamudi, Andrew Brenner, Manjeet Rao. RNA demethylase ALKBH5 drives medulloblastoma growth and progression [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference in Cancer Research: RNAs as Drivers, Targets, and Therapeutics in Cancer; 2024 Nov 14-17; Bellevue, Washington. Philadelphia (PA): AACR; Mol Cancer Ther 2024;23(11_Suppl):Abstract nr B016.
0

Jürgen Habermas and the Critique of the Urban Subcultures of Subversion and Resistance

Gurjeet Singh et al.Aug 31, 2024
The Frankfurt School thinkers are concerned with practical aspects of the society that contribute to domination and subversion of masses not just through visible forces but also through subtle propaganda. The aim of these thinkers is to understand the modus-operandi of this subversion and to suggest ways of resisting this domination. Being a major thinker of the School, Jürgen Habermas critiqued a vast number of aspects that also include several issues related to urban subcultures. Habermas’s basic objective behind these critiques is to understand the modus-operandi of social domination and to suggest ways of emancipation and resisting the subversion. This paper is aimed at understanding the ways in which urban subcultures are related with issues pertaining to subversion and control and how they can be used as tools for resistance and human emancipation. For this, the paper evaluates the views of Jürgen Habermas regarding European Urban Subcultures including but not limited to Art and Music Performances, Radio and Television, Professional Subcultures, and the inherent qualities of these subcultures for understanding the role of these subcultures viz a viz social subversion and resistance.