Abstract The epilepsies affect around 65 million people worldwide and have a substantial missing heritability component. We report a genome-wide mega-analysis involving 15,212 individuals with epilepsy and 29,677 controls, which reveals 16 genome-wide significant loci, of which 11 are novel. Using various prioritization criteria, we pinpoint the 21 most likely epilepsy genes at these loci, with the majority in genetic generalized epilepsies. These genes have diverse biological functions, including coding for ion-channel subunits, transcription factors and a vitamin-B6 metabolism enzyme. Converging evidence shows that the common variants associated with epilepsy play a role in epigenetic regulation of gene expression in the brain. The results show an enrichment for monogenic epilepsy genes as well as known targets of antiepileptic drugs. Using SNP-based heritability analyses we disentangle both the unique and overlapping genetic basis to seven different epilepsy subtypes. Together, these findings provide leads for epilepsy therapies based on underlying pathophysiology.

PurposeTo define the phenotypic and mutational spectrum of epilepsies related to DEPDC5, NPRL2 and NPRL3 genes encoding the GATOR1 complex, a negative regulator of the mTORC1 pathwayMethodsWe analyzed clinical and genetic data of 73 novel probands (familial and sporadic) with epilepsy-related variants in GATOR1-encoding genes and proposed new guidelines for clinical interpretation of GATOR1 variants.ResultsThe GATOR1 seizure phenotype consisted mostly in focal seizures (e.g., hypermotor or frontal lobe seizures in 50%), with a mean age at onset of 4.4 years, often sleep-related and drug-resistant (54%), and associated with focal cortical dysplasia (20%). Infantile spasms were reported in 10% of the probands. Sudden unexpected death in epilepsy (SUDEP) occurred in 10% of the families. Novel classification framework of all 140 epilepsy-related GATOR1 variants (including the variants of this study) revealed that 68% are loss-of-function pathogenic, 14% are likely pathogenic, 15% are variants of uncertain significance and 3% are likely benign.ConclusionOur data emphasize the increasingly important role of GATOR1 genes in the pathogenesis of focal epilepsies (>180 probands to date). The GATOR1 phenotypic spectrum ranges from sporadic early-onset epilepsies with cognitive impairment comorbidities to familial focal epilepsies, and SUDEP.

Abstract This cohort study aims to describe the evolution of disease features and health-related quality of life per life stage in Dravet syndrome and other SCN1A­-related non-Dravet seizure disorders which will enable treating physicians to provide tailored care. Health-related quality of life and disease features were assessed cross-sectionally in participants with a SCN1A-related seizure disorder, categorized per age group for Dravet syndrome, and longitudinally over seven years follow-up (2015-2022). Data was collected from questionnaires, medical records, and semi-structured telephonic interviews. Health-related quality of life was measured with the Pediatric Quality of Life Inventory, proxy-reported for participants with Dravet syndrome and for participants with non-Dravet aged younger than 18 years old and self-reported for participants with non-Dravet over 18 years old. Associations between health-related quality of life and disease features were explored with multivariable regression analyses, cross-sectionally in a cohort of 115 Dravet patients and 48 patients with generalized epilepsy with febrile seizures plus and febrile seizures (non-Dravet) and longitudinally in a cohort of 52 Dravet patients and 13 non-Dravet patients. In the cross-sectional assessment in 2022, health-related quality of life was significantly lower in Dravet syndrome, compared to non-Dravet and normative controls. Health-related quality of life in the School and Psychosocial domain was significantly higher in older Dravet age groups. A higher health-related quality of life was associated with less behavioral problems (β=-1.1, 95% confidence interval(CI) (-1.4 to -0.8)), independent walking (β=8.5, 95%CI(4.2 to 12.8)), compared to use of a wheelchair) and fewer symptoms of autonomic dysfunction (β=-2.1, 95%CI(-3.2 to -1.0)). Longitudinally, health-related quality of life was significantly higher seven years later in the course of disease in Dravet participants (Δ8.9 standard deviation(SD) 18.0, p<0.05), mediated by a lower prevalence of behavioral problems (β=-1.2, 95%CI(-2.0 to -0.4)), lower seizure frequency (β=-0.1, 95%CI(-0.2 to -0.0)) and older age (β=0.03, 95%CI(0.01 to 0.04)). In summary, health-related quality of life was significantly higher at older age in Dravet syndrome. This finding may reflect the benefits of an advanced care strategy in recent years, and a ceiling of severity of disease symptoms, possibly resulting in an increased wellbeing of parents and patients. The strong association with behavioral problems reinforces the need to incorporate a multidisciplinary approach, tailored to the age-specific needs of this patient group, into standard care.