Abstract Long interspersed nuclear elements (LINEs) play essential role in shaping chromatin state, while the factors that cooperate with LINEs and their roles in higher-order chromatin organization remain poorly understood. Here we show that MATR3, a nuclear matrix protein, interplays with antisense LINE1 (AS L1) RNAs to form into a gel-like meshwork via phase-separation, providing a partially dynamic platform for chromatin spatial organization. Either depletion of MATR3 or AS L1 RNAs changes nuclear distribution of each other and leads to chromatin reorganization in the nucleus. After MATR3 depletion, topologically associating domains (TADs) that highly transcribed MATR3-associated AS L1 RNAs showed a decrease on local chromatin interactions. Furthermore, amyotrophic lateral sclerosis (ALS)-associated MATR3 mutants alter biophysical features of the MATR3-AS L1 RNA meshwork and cause chromatin reorganization. Collectively, we revealed an essential role of meshwork formed by nuclear matrix and retrotransposon-derived RNAs in gathering chromatin in the nucleus.

Abstract In the nucleus, chromatin is folded into hierarchical architecture that is tightly linked to various nuclear functions. However, the underlying molecular mechanisms that confer these architectures remain incompletely understood. Here, we investigated the functional roles of H3 lysine 9 dimethylation (H3K9me2), one of the abundant histone modifications, in three-dimensional (3D) genome organization. Unlike mouse embryonic stem cells (mESCs), inhibition of methyltransferases G9a and GLP in differentiated cells eliminated H3K9me2 predominantly at A-type (active) genomic compartments, and the level of residual H3K9me2 modification was strongly associated with genomic compartments in differentiated cells. Furthermore, chemical inhibition of G9a/GLP in mouse hepatocytes led to the decreased chromatin-nuclear lamina interactions mainly at G9a/GLP sensitive regions (GSRs), the increased degree of genomic compartmentalization, and the up-regulation of hundreds of genes that were associated with alterations of the 3D chromatin. Collectively, our data demonstrated essential roles of H3K9me2 in 3D genome organization.

White matter has emerged as a key therapeutic target in ischemic stroke due to its role in sensorimotor and cognitive outcomes. Our recent findings have preliminarily revealed a potential link between microglial HDAC3 and white matter injury following stroke. However, the mechanisms by which microglial HDAC3 mediates these effects remain unclear.

m 6 A modification is a crucial epigenetic regulatory mechanism in diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL). Low-dose cardiotonic drugs have been shown to induce apoptosis in DLBCL cells through epigenetic modulation. However, the involvement of the cardiotonic drug ouabain in the malignant progression of DLBCL remains unclear. Our study revealed that ouabain indeed contributes to the malignant progression of DLBCL through m 6 A modification. Through qPCR analysis, we observed a negative correlation between ouabain concentration and the expression levels of the demethylase ALKBH5 and the m 6 A-binding protein IGF2BP2 in DLBCL cells. Furthermore, high expression levels of ALKBH5 and IGF2BP2 were identified in both the GEO database and DLBCL patient tissue samples. Notably, elevated ALKBH5 and IGF2BP2 promoted cell proliferation both in vitro and in vivo . Inhibition of their expression rendered DLBCL cells more sensitive to ouabain treatment, resulting in significant suppression of cell proliferation, G1/S phase cell cycle arrest, and increased apoptosis. In summary, our results clarify that the demethylase ALKBH5 and the m 6 A-binding protein IGF2BP2 are involved in the malignant progression of DLBCL, and that the cardiotonic drug ouabain can inhibit the proliferation of DLBCL cells by inhibiting the expression of ALKBH5 and IGF2BP2, which provides new insights into the targeted treatment of DLBCL.

Abstract Context Pain-related movement fear is a contributing factor to residual pain and functional deficits in chronic ankle instability (CAI), but its underlying neural mechanisms remain unclear. Objectives We aimed to (1) delineate whether participants with CAI exhibit discernible differences in specific emotion and pain-related brain regions, compared to a healthy control (HC) cohort and (2) explore potential neural mechanisms underlying pain and fear in participants with CAI, with an emphasis on investigating possible associations with pain-related neural plasticity. Design Cross-sectional study. Setting University research laboratory Patients or Other Participants 28 participants with CAI (17males and 11 females; age: 31.28±6.31 years) and 28 HCs (16 males and 12 females; age: 30.18±7.59 years). Main Outcome Measure(s) We analyzed T1 structural imaging data from participants and assessed their fear of movement and pain intensity using the Tampa Scale for Kinesiophobia (TSK) and the Visual Analog Scale (VAS) for pain, respectively. We compared the mean gray matter (GM) density of pain-related area between the two groups and their correlations with the TSK and VAS scores. Results In comparison with the HC group, participants with CAI showed a significant decrease in the mean GM density in the prefrontal cortex (Cohen’s d = -0.808) and periaqueductal gray (Cohen’s d = -0.934). In participants with CAI, the mean GM density of the prefrontal cortex (PFC) was negatively correlated with the TSK scores (r = -0.531). During intense exercise, the mean GM density of the periaqueductal gray (PAG) was negatively correlated with the VAS scores (r = -0.484). Additionally, TSK scores were positively correlated with VAS scores (r = 0.455). Conclusions Our exploratory findings suggest that, in participants with CAI, the atrophy of the PFC and PAG may be associated with pain-related fear. Future clinical diagnosis and treatment for CAI should consider the impact of psychological barriers on functional recovery.