Severe combined immunodeficiency (SCID) is a heterogenous disorder with profound deficiency of T/B-cell functions. The best SCID therapy requires hematopoietic stem cell transplantation (HSCT) early in life. HSCT with conditioning is necessary to achieve a long-term reconstitution of B-cell functions. However, conditioning may aggravate pre-existing infection and cause transplant-related toxicity, especially in very young infants. Hence, the intensity of conditioning should be reduced to allow the reconstitution of immunity including B cells to the extent that prevents transplant-related toxicity and delayed complications.