Abstract Background Thiopurine co‐therapy with anti‐tumour necrosis factor‐alpha (anti‐TNFα) agents is associated with higher anti‐TNFα drug levels and reduced immunogenicity in inflammatory bowel disease (IBD). Aims We aimed to evaluate the association between 6‐thioguanine nucleotide (6‐TGN) and anti‐TNFα levels and the optimal 6‐TGN threshold level associated with higher anti‐TNFα levels in combination therapy. Methods We performed a retrospective cross‐sectional multicentre study of patients with IBD on combination anti‐TNFα and thiopurine maintenance therapy between January 2015 and August 2021. Primary outcomes were infliximab and adalimumab levels. Secondary outcomes were antibodies to infliximab (ATI) or adalimumab (ATA). Univariable and multivariable linear regression were performed to identify variables associated with anti‐TNFα levels. Receiver operator characteristic curves were used to define the optimal 6‐TGN cut‐off levels associated with therapeutic anti‐TNFα levels. Results The study included 743 paired 6‐TGN and anti‐TNFα levels (640 infliximab and 103 adalimumab). 6‐TGN levels were associated with infliximab levels, but not adalimumab levels, on univariable and multivariable regression. The optimal 6‐TGN cut‐off associated with therapeutic infliximab levels (≥5 mcg/mL) was 261 pmol/8 × 10 8 red blood cell (RBC) (area under the curve (AUC) = 0.57) for standard infliximab dosing and 227.5 pmol/8 × 10 8 RBC (AUC = 0.58) for escalated dosing. For therapeutic adalimumab levels (≥7.5 mcg/mL), the 6‐TGN cut‐off was 218.5 pmol/8 × 10 8 RBC (AUC = 0.59) for standard adalimumab dosing and 237.5 pmol/8 × 10 8 RBC (AUC = 0.63) for escalated dosing. Conclusion 6‐TGN levels were weakly associated with infliximab but not adalimumab levels in combination therapy. 6‐TGN levels in the lower end of the therapeutic range (230–260 pmol/8 × 10 8 RBC) may be adequate to maintain higher infliximab levels, particularly with escalated infliximab dosing.