Introduction Accurate tumor localization and resection margin acquisition are essential in gastric cancer surgery. Preoperative placement of marking clips in laparoscopic gastrectomy as well as intraoperative gastroscopy can be used for gastric cancer surgery. However, these procedures are not available at all institutions. We conducted a prospective clinical trial to investigate the diagnostic performance of near-infrared fluorescent clips (ZEOCLIP FS) in laparoscopic gastrectomy. Materials and methods Patients with gastric cancer or neuroendocrine tumor in whom laparoscopic distal, pylorus-preserving, or proximal gastrectomy was planned were enrolled (n = 20) in this study. Fluorescent clips were placed proximal and/or distal to the tumor via gastroscopy on the day before surgery. During surgery, the clips were detected using a fluorescent laparoscope, and suturing was performed where fluorescence was detected. The clip locations were then confirmed via gastroscopy, and the stomach was transected. The primary endpoint was the detection rate of the marking clips using fluorescence, and the secondary endpoints were complications and distance between the clips and stitches. Results Among the 20 patients enrolled, distal and pylorus-preserving gastrectomies were performed in 18 and 2 patients, respectively. All clips were detected in 15 patients, indicating a detection rate of 75.0% (90% confidence interval: 54.4%-89.6%). Furthermore, no complications related to the clips were observed. The median distance between the clips and stitches was 5 (range, 0–10) mm. Conclusions We report the feasibility and safety of preoperative placement and intraoperative detection of near-infrared fluorescent marking clips in laparoscopic gastrectomy.