In recent years, several associations between common chronic human disorders and altered gut microbiome composition and function have been reported. In most of these reports, treatment regimens were not controlled for and conclusions could thus be confounded by the effects of various drugs on the microbiota, which may obscure microbial causes, protective factors or diagnostically relevant signals. Our study addresses disease and drug signatures in the human gut microbiome of type 2 diabetes mellitus (T2D). Two previous quantitative gut metagenomics studies of T2D patients that were unstratified for treatment yielded divergent conclusions regarding its associated gut microbial dysbiosis. Here we show, using 784 available human gut metagenomes, how antidiabetic medication confounds these results, and analyse in detail the effects of the most widely used antidiabetic drug metformin. We provide support for microbial mediation of the therapeutic effects of metformin through short-chain fatty acid production, as well as for potential microbiota-mediated mechanisms behind known intestinal adverse effects in the form of a relative increase in abundance of Escherichia species. Controlling for metformin treatment, we report a unified signature of gut microbiome shifts in T2D with a depletion of butyrate-producing taxa. These in turn cause functional microbiome shifts, in part alleviated by metformin-induced changes. Overall, the present study emphasizes the need to disentangle gut microbiota signatures of specific human diseases from those of medication.

Microbiome community typing analyses have recently identified the Bacteroides2 (Bact2) enterotype, an intestinal microbiota configuration that is associated with systemic inflammation and has a high prevalence in loose stools in humans1,2. Bact2 is characterized by a high proportion of Bacteroides, a low proportion of Faecalibacterium and low microbial cell densities1,2, and its prevalence varies from 13% in a general population cohort to as high as 78% in patients with inflammatory bowel disease2. Reported changes in stool consistency3 and inflammation status4 during the progression towards obesity and metabolic comorbidities led us to propose that these developments might similarly correlate with an increased prevalence of the potentially dysbiotic Bact2 enterotype. Here, by exploring obesity-associated microbiota alterations in the quantitative faecal metagenomes of the cross-sectional MetaCardis Body Mass Index Spectrum cohort (n = 888), we identify statin therapy as a key covariate of microbiome diversification. By focusing on a subcohort of participants that are not medicated with statins, we find that the prevalence of Bact2 correlates with body mass index, increasing from 3.90% in lean or overweight participants to 17.73% in obese participants. Systemic inflammation levels in Bact2-enterotyped individuals are higher than predicted on the basis of their obesity status, indicative of Bact2 as a dysbiotic microbiome constellation. We also observe that obesity-associated microbiota dysbiosis is negatively associated with statin treatment, resulting in a lower Bact2 prevalence of 5.88% in statin-medicated obese participants. This finding is validated in both the accompanying MetaCardis cardiovascular disease dataset (n = 282) and the independent Flemish Gut Flora Project population cohort (n = 2,345). The potential benefits of statins in this context will require further evaluation in a prospective clinical trial to ascertain whether the effect is reproducible in a randomized population and before considering their application as microbiota-modulating therapeutics. A cross-sectional analysis of participants in the MetaCardis Body Mass Index Spectrum cohort finds that the higher prevalence of gut microbiota dysbiosis in individuals with obesity is not observed in those who take statin drugs.

Abstract Broad accessibility to cervical cancer screening and high participation rate is essential to reduce cervical cancer incidence. HPV self‐sampling is an alternative to clinician collected cervical samples to increase accessibility and screening coverage. To inform on deployment strategies of HPV self‐sampling, this large‐scale, randomized, pragmatic study compared two invitation modalities; direct‐mail and opt‐in. The study included screening non‐attenders from the Capital Region of Denmark randomly allocated (1:4) to a direct‐mail or opt‐in invitation for cervical screening by HPV self‐sampling. Primary endpoint was screening participation; secondary endpoints were HPV prevalence and histology outcome. Adherence to follow‐up and cost were also evaluated. After exclusion of hysterectomized/non‐accessible women, 49,393 women were invited: 9639 by direct‐mail, and 39,754 by the opt‐in offer. A direct‐mail invitation for HPV self‐sampling yielded a significant higher participation than an opt‐in invitation. HPV self‐sample participation for direct‐mail was 25.2% ( n = 2426), opt‐in participation was 20.2% ( n = 8047), adjusted OR = 1.27, 95% CI 1.20–1.34. Participation increased with age ( p < .0001) for both strategies and decreased with screening history of non‐attendance ( p < .0001). Interaction between invitation strategy and age/screening history was found; more women below 50 years of age participated by direct‐mail compared to opt‐in ( p < .0001) and higher participation by direct‐mail group was found in women with a short history of non‐attendance ( p < .0001). Participation of long‐term unscreened women was similar between arms. The relative cost was ≈14 HPV self‐sample kits distributed per additional participant by direct‐mail over opt‐in. HPV prevalence, adherence to follow‐up, and detection of high‐grade cervical intraepithelial neoplasia was similar between invitation strategies.