In late summer 1999, an outbreak of human encephalitis occurred in the northeastern United States that was concurrent with extensive mortality in crows (Corvus species) as well as the deaths of several exotic birds at a zoological park in the same area. Complete genome sequencing of a flavivirus isolated from the brain of a dead Chilean flamingo (Phoenicopterus chilensis), together with partial sequence analysis of envelope glycoprotein (E-glycoprotein) genes amplified from several other species including mosquitoes and two fatal human cases, revealed that West Nile (WN) virus circulated in natural transmission cycles and was responsible for the human disease. Antigenic mapping with E-glycoprotein-specific monoclonal antibodies and E-glycoprotein phylogenetic analysis confirmed these viruses as WN. This North American WN virus was most closely related to a WN virus isolated from a dead goose in Israel in 1998.

Factors contributing to retroviral integration have been intractable because past studies have not precisely located genomic sites of proviruses in sufficient numbers for significant analysis. In this study, 903 murine leukemia virus (MLV) and 379 human immunodeficiency virus–1 (HIV-1) integrations in the human genome were mapped. The data showed that MLV preferred integration near the start of transcriptional units (either upstream or downstream) whereas HIV-1 preferred integration anywhere in the transcriptional unit but not upstream of the transcriptional start. Defining different integration site preferences for retroviruses will have important ramifications for gene therapy and may aid in our understanding of the factors directing the integration process.

The signals that direct membrane proteins to the apical or basolateral plasma membrane domains of polarized epithelial cells are not known. Several of the class of proteins anchored in the membrane by glycosyl-phosphatidylinositol (GPI) are expressed on the apical surface of such cells. However, it is not known whether the mechanism of membrane anchorage or the polypeptide sequence provides the sorting information. The conversion of the normally basolateral vesicular stomatitis virus glycoprotein (VSV G) to a GPI-anchored protein led to its apical expression. Conversely, replacement of the GPI anchor of placental alkaline phosphatase with the transmembrane and cytoplasmic domains of VSV G shifted its expression from the apical to the basolateral surface. Thus, the mechanism of membrane anchorage can determine the sorting of proteins to the apical or basolateral surface, and the GPI anchor itself may provide an apical transport signal.