Abstract The National Center for Biotechnology Information (NCBI) produces a variety of online information resources for biology, including the GenBank® nucleic acid sequence database and the PubMed® database of citations and abstracts published in life science journals. NCBI provides search and retrieval operations for most of these data from 35 distinct databases. The E-utilities serve as the programming interface for the most of these databases. Resources receiving significant updates in the past year include PubMed, PMC, Bookshelf, RefSeq, SRA, Virus, dbSNP, dbVar, ClinicalTrials.gov, MMDB, iCn3D and PubChem. These resources can be accessed through the NCBI home page at https://www.ncbi.nlm.nih.gov.

The equation-of-motion coupled-cluster method (EOM-CCSD) and its quadratic CI (EOM-QCISD) variant for excited states have been implemented in the ACES II program system. Results for open- and closed-shell reference states are reported for Be, N2, CO, O2, and O3. The results show that EOM-CCSD and EOM-QCISD generally provide reliable results for electronic excitation energies, particularly when the excited state is dominated by single excitations.

Abstract The National Center for Biotechnology Information (NCBI) provides a large suite of online resources for biological information and data, including the GenBank® nucleic acid sequence database and the PubMed database of citations and abstracts published in life science journals. The Entrez system provides search and retrieval operations for most of these data from 35 distinct databases. The E-utilities serve as the programming interface for the Entrez system. Custom implementations of the BLAST program provide sequence-based searching of many specialized datasets. New resources released in the past year include a new PubMed interface, a sequence database search and a gene orthologs page. Additional resources that were updated in the past year include PMC, Bookshelf, My Bibliography, Assembly, RefSeq, viral genomes, the prokaryotic genome annotation pipeline, Genome Workbench, dbSNP, BLAST, Primer-BLAST, IgBLAST and PubChem. All of these resources can be accessed through the NCBI home page at www.ncbi.nlm.nih.gov.

International Journal of Quantum ChemistryVolume 34, Issue S22 p. 149-165 Article A progress report on the status of the COLUMBUS MRCI program system Ron Shepard, Ron Shepard Theoretical Chemistry Group, Chemistry Division, Argonne National Laboratory, Argonne, Illinois 60439 U.S.A.Search for more papers by this authorIsaiah Shavitt, Isaiah Shavitt Department of Chemistry, The Ohio State University, Columbus, Ohio 43210 U.S.A.Search for more papers by this authorRussell M. Pitzer, Russell M. Pitzer Department of Chemistry, The Ohio State University, Columbus, Ohio 43210 U.S.A.Search for more papers by this authorDonald C. Comeau, Donald C. Comeau Department of Chemistry, The Ohio State University, Columbus, Ohio 43210 U.S.A.Search for more papers by this authorMelanie Pepper, Melanie Pepper Department of Chemistry, The Ohio State University, Columbus, Ohio 43210 U.S.A.Search for more papers by this authorHans Lischka, Hans Lischka Institut für Theoretische Chemie und Strahlenchemie, Universität Wien, Währingerstrasse 17, A-1090 Vienna, AustriaSearch for more papers by this authorPeter G. Szalay, Peter G. Szalay Institut für Theoretische Chemie und Strahlenchemie, Universität Wien, Währingerstrasse 17, A-1090 Vienna, AustriaSearch for more papers by this authorReinhart Ahlrichs, Reinhart Ahlrichs Institut für Physikalische Chemie, Universität Karlsruhe, 7500 Karlsruhe, Federal Republic of GermanySearch for more papers by this authorFranklin B. Brown, Franklin B. Brown Department of Chemistry and Supercomputer Computations Research Institute, The Florida State University, Tallahassee, Florida 32306 U.S.A.Search for more papers by this authorJian-Guo Zhao, Jian-Guo Zhao Department of Chemistry and Supercomputer Computations Research Institute, The Florida State University, Tallahassee, Florida 32306 U.S.A.Search for more papers by this author Ron Shepard, Ron Shepard Theoretical Chemistry Group, Chemistry Division, Argonne National Laboratory, Argonne, Illinois 60439 U.S.A.Search for more papers by this authorIsaiah Shavitt, Isaiah Shavitt Department of Chemistry, The Ohio State University, Columbus, Ohio 43210 U.S.A.Search for more papers by this authorRussell M. Pitzer, Russell M. Pitzer Department of Chemistry, The Ohio State University, Columbus, Ohio 43210 U.S.A.Search for more papers by this authorDonald C. Comeau, Donald C. Comeau Department of Chemistry, The Ohio State University, Columbus, Ohio 43210 U.S.A.Search for more papers by this authorMelanie Pepper, Melanie Pepper Department of Chemistry, The Ohio State University, Columbus, Ohio 43210 U.S.A.Search for more papers by this authorHans Lischka, Hans Lischka Institut für Theoretische Chemie und Strahlenchemie, Universität Wien, Währingerstrasse 17, A-1090 Vienna, AustriaSearch for more papers by this authorPeter G. Szalay, Peter G. Szalay Institut für Theoretische Chemie und Strahlenchemie, Universität Wien, Währingerstrasse 17, A-1090 Vienna, AustriaSearch for more papers by this authorReinhart Ahlrichs, Reinhart Ahlrichs Institut für Physikalische Chemie, Universität Karlsruhe, 7500 Karlsruhe, Federal Republic of GermanySearch for more papers by this authorFranklin B. Brown, Franklin B. Brown Department of Chemistry and Supercomputer Computations Research Institute, The Florida State University, Tallahassee, Florida 32306 U.S.A.Search for more papers by this authorJian-Guo Zhao, Jian-Guo Zhao Department of Chemistry and Supercomputer Computations Research Institute, The Florida State University, Tallahassee, Florida 32306 U.S.A.Search for more papers by this author First published: 12/19 March 1988 https://doi.org/10.1002/qua.560340819Citations: 351AboutPDF ToolsRequest permissionExport citationAdd to favoritesTrack citation ShareShare Give accessShare full text accessShare full-text accessPlease review our Terms and Conditions of Use and check box below to share full-text version of article.I have read and accept the Wiley Online Library Terms and Conditions of UseShareable LinkUse the link below to share a full-text version of this article with your friends and colleagues. Learn more.Copy URL Share a linkShare onEmailFacebookTwitterLinkedInRedditWechat Abstract The COLUMBUS program system is a collection of Fortran programs for performing general multireference single- and double-excitation configuration interaction (MRSDCI) wave function optimization based on the graphical unitary group approach. The program system also includes integral generation, SCF and MCSCF orbital optimization, integral transformation, and wave function analysis programs. The original program system was written in 1980 to 1981. Since that time, it has evolved into one of the most popular MRSDCI program systems used in the computational chemistry community. The discussion of this evolution will include the exploitation of efficient matrix-matrix and matrix-vector product computational kernels, the use of generally contracted symmetry-adapted orbital basis sets, general Hamiltonian diagonalization procedures, energy-based internal walk selection, flexible DRT specification, improved coupling-coefficient evaluation methods, coupled-pair functional and multireference CPF capabilities, and density matrix construction. The numerous versions of the program system that are maintained at different sites and on different computers are now in the process of being merged. The source code for this combined version will be made available to the computational chemistry community. The source code for a specific computer may be generated from the source code for another computer by a single pass through a simple filter utility that is included with the program system. The directly supported computers will initially include various models of VAX, Cray, FPS, IBM, CDC, and ETA machines with the addition of other machines shortly thereafter. The ongoing developments of the COLUMBUS system that are discussed include a new method for computing analytic energy gradients for MRSDCI wave functions. This effective-density-matrix based method avoids the "coupled perturbed MCSCF" solutions for each coordinate direction, avoids the transformation of any derivative-integral quantities from the AO to the MO basis, avoids the transformation of the coupling coefficients from the MO to the AO basis, allows a subset of the MCSCF doubly occupied orbitals to be frozen in the CI wave function, and allows the MRSDCI wave function to be generated from general reference CSFs that are not necessarily related to the MCSCF expansion CSFs. Bibliography 1 H. Lischka, R. Shepard, F. B. Brown, and I. Shavitt, Int. J. Quantum Chem., Quantum Chem. Symp. S15, 91 (1981). Google Scholar 2 R. Shepard, in Annual Report of the Theoretical Chemistry Group, October 1981 to September 1982 (Argonne National Laboratory, Argonne, IL, 1982). Google Scholar 3 R. Shepard, R. A. Bair, R. A. Eades, A. F. Wagner, M. J. Davis, L. B. Harding, and T. H. Dunning, Jr., Int. J. Quantum Chem., Quantum Chem. Symp. S17, 613 (1983). Google Scholar 4 R. Shepard, in Annual Report of the Theoretical Chemistry Group, October 1982 to September 1983 (Argonne National Laboratory, Argonne, IL, 1983). Google Scholar 5 American National Standard Programming Language FORTRAN, ANSI X3.9-1978, ISO 1539–1980(E). Google Scholar 6 American National Standard Programming Language FORTRAN, ANSI X3.9–1966. Google Scholar 7 R. Ahlrichs, H.-J. Böhm, C. Ehrhardt, P. Scharf, H. Schiffer, H. Lischka, and M. Schindler, J. Comp. Chem. 6, 200 (1985). 10.1002/jcc.540060307 CASWeb of Science®Google Scholar 8 I. Shavitt, " New Methods in Computational Quantum Chemistry and Their Applications on Modern Super-Computers" (Annual Report to the National Aeronautics and Space Administration), Battelle Columbus Laboratories, June 1979. Google Scholar For further discussions, see also I. Shavitt, in The Unitary Group for the Evaluation of Electronic Energy Matrix Elements, J. Hinze, Ed. (Springer, Berlin, 1981) and 10.1007/978-3-642-93163-5_2 Google Scholar I. Shavitt, in Mathematical Frontiers in Computational and Chemical Physics D. G. Truhlar, Ed. (Springer-Verlag, Berlin, 1988). Google Scholar 9 D. C. Comeau, Ph.D. Dissertation, Department of Chemistry, Ohio State University, Columbus, Ohio, 1988. Google Scholar 10 R. Shepard, in Annual Report of the Theoretical Chemistry Group, October 1984 to September 1985 (Argonne National Laboratory, Argonne, IL, 1985). Google Scholar 11 R. Shepard, in Annual Report of the Theoretical Chemistry Group, October 1985 to September 1986 (Argonne National Laboratory, Argonne, IL, 1986). Google Scholar 12 D. C. Comeau, M. Pepper, and I. Shavitt, to be published. Google Scholar 13 R. Shepard, in Annual Report of the Theoretical Chemistry Group, October 1986 to September 1987 (Argonne National Laboratory, Argonne, IL, 1987). Google Scholar 14 M. Dupuis, J. Rys, and H. F. King, J. Chem. Phys. 65, 111 (1976). 10.1063/1.432807 CASWeb of Science®Google Scholar 15 R. M. Pitzer, J. Chem. Phys. 58, 3111 (1973). 10.1063/1.1679625 Web of Science®Google Scholar 16 R. M. Pitzer and R. Shepard, in Annual Report of the Theoretical Chemistry Group, October 1982 to September 1983 (Argonne National Laboratory, Argonne, IL, 1983). Google Scholar 17 R. C. Raffenetti, J. Chem. Phys. 58, 4452 (1973). 10.1063/1.1679007 CASWeb of Science®Google Scholar 18 T. H. Dunning, Jr., in Annual Report of the Theoretical Chemistry Group, October 1986 to September 1987 (Argonne National Laboratory, Argonne, IL, 1987). Google Scholar 19 J. Almlöf and P. R. Taylor, J. Chem. Phys. 86, 4070 (1987). 10.1063/1.451917 CASWeb of Science®Google Scholar 20 L. E. McMurchie and E. R. Davidson, J. Comp. Phys. 44, 289 (1981). 10.1016/0021-9991(81)90053-X Web of Science®Google Scholar 21 R. M. Pitzer and N. W. Winter, J. Phys. Chem., in press. Google Scholar 22 H.-L. Hsu, E. R. Davidson, and R. M. Pitzer, J. Chem. Phys. 65, 609 (1976). 10.1063/1.433118 CASWeb of Science®Google Scholar 23 I. Shavitt, Chem. Phys. Letters 63, 421 (1979). 10.1016/0009-2614(79)80679-X CASWeb of Science®Google Scholar 24 R. Shepard, in Ab Initio Methods in Quantum Chemistry II, Advances in Chemical Physics K. P. Lawley, Ed. (Wiley, New York, 1987), Vol. 69, pp. 63–200. Google Scholar 25 C. Lawson, R. Hanson, D. Kincaid, and F. Krogh, ACM Trans. Math. Software 5, 308 (1979); 10.1145/355841.355847 Google Scholar see also, J. J. Dongarra, C. B. Moler, J. R. Bunch, and G. W. Stewart, LINPACK Users' Guide (SIAM, Philadelphia, 1979). 10.1137/1.9781611971811 Web of Science®Google Scholar 26 R. Shepard, in Annual Report of the Theoretical Chemistry Group, October 1983 to September 1984, (Argonne National Laboratory, Argonne, IL, 1984). Google Scholar 27 I. Shavitt, in Advanced Theories and Computational Approaches to the Electronic Structure of Molecules C. E. Dykstra, Ed. (Reidel, Dordrecht, 1984), pp. 185–196; 10.1007/978-94-009-6451-8_10 Google Scholar see also F. B. Brown, Ph.D. Dissertation, Department of Chemistry, Ohio State University, Columbus, Ohio, 1982. Google Scholar 28 I. Shavitt, F. B. Brown, and P. G. Burton, Int. J. Quantum Chem. 31, 507 (1987). 10.1002/qua.560310321 CASWeb of Science®Google Scholar 29 I. Shavitt, in Methods of Electronic Structure Theory, H. F. Schaefer, Ed. (Plenum, New York, 1977), pp. 189–275. 10.1007/978-1-4757-0887-5_6 Google Scholar 30 R. Shepard, H. Lischka, and P. G. Szalay, to be published. Google Scholar 31 R. Ahlrichs, P. Scharf, and C. Erhardt, J. Chem. Phys. 82, 890 (1985). 10.1063/1.448517 CASWeb of Science®Google Scholar 32 R. Ahlrichs and P. Scharf, in Ab Initio Methods in Quantum Chemistry I, Advances in Chemical Physics K. P. Lawley, Ed. (Wiley, New York, 1987), Vol. 67, pp. 501–537. Google Scholar 33 R. J. Gdanitz and R. Ahlrichs, Chem. Phys. Letters 143, 413 (1988). 10.1016/0009-2614(88)87388-3 CASWeb of Science®Google Scholar 34 See, For example, Geometrical Derivatives of Energy Surfaces and Molecular Properties, P. Jørgensen and J. Simons, Eds. (Reidel, Dordrecht, 1986); in particular, R. Shepard, pp. 193–206. 10.1007/978-94-009-4584-5_15 Google Scholar 35 P. Pulay, in Ab Initio Methods in Quantum Chemistry II, Advances in Chemical Physics K. P. Lawley, Ed. (Wiley, New York, 1987), Vol. 69, pp. 241–286. Google Scholar 36 N. C. Handy and H. F. Schaefer III, J. Chem. Phys. 81, 5031 (1984). 10.1063/1.447489 CASWeb of Science®Google Scholar 37 J. E. Rice and R. D. Amos, Chem. Phys. Letters 122, 585 (1985). 10.1016/0009-2614(85)87275-4 CASWeb of Science®Google Scholar 38 R. Shepard, Int. J. Quantum Chem. 31, 33 (1987). 10.1002/qua.560310105 CASWeb of Science®Google Scholar 39 R. Shepard and H. Lischka, Geometrical energy derivative evaluation with MRCI wave functions, unpublished work presented at the 1987 American Conference on Theoretical Chemistry, July 1987. Google Scholar 40 Draft Proposed American National Standard for Fortran, Global Engineering Documents Incorporated, October 1987, 2625 Hickory St., Santa Ana, CA 92707; Google Scholar B. T. Smith, Ed., A Review and Analysis of Fortran 8x, ANL-87–40, (Argonne National Laboratory, Argonne, IL, 1987). Google Scholar 41 See, for example, B. W. Kernighan and R. Pike, The UNIX Programming Environment (Prentice-Hall, Englewoods Cliffs, NJ, 1984). Web of Science®Google Scholar 42 See, for example, R. Stallman, GNU Emacs Manual (Free Software Foundation, Inc., Cambridge, MA, 1986). Google Scholar 43 Quantum Chemistry Program Exchange, Department of Chemistry, Indiana University, Bloomington, IN 47405. Google Scholar 44 J. J. Dongarra and E. Grosse, Comm. of the ACM 30, 403 (1987). 10.1145/22899.22904 Web of Science®Google Scholar Citing Literature Volume34, IssueS22Supplement: Proceedings of the International Syposium on Quantum Chemistry, Solid‐State Theory, and Computational Methods12/19 March 1988Pages 149-165 ReferencesRelatedInformation

The National Center for Biotechnology Information (NCBI) provides online information resources for biology, including the GenBank® nucleic acid sequence database and the PubMed® database of citations and abstracts published in life science journals. NCBI provides search and retrieval operations for most of these data from 35 distinct databases. The E-utilities serve as the programming interface for most of these databases. New resources include the Comparative Genome Resource (CGR) and the BLAST ClusteredNR database. Resources receiving significant updates in the past year include PubMed, PMC, Bookshelf, IgBLAST, GDV, RefSeq, NCBI Virus, GenBank type assemblies, iCn3D, ClinVar, GTR, dbGaP, ALFA, ClinicalTrials.gov, Pathogen Detection, antimicrobial resistance resources, and PubChem. These resources can be accessed through the NCBI home page at https://www.ncbi.nlm.nih.gov.