Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
FK
Florian Kern
Author with expertise in Tuberculosis
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
10
(100% Open Access)
Cited by:
4,683
h-index:
61
/
i10-index:
178
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Broadly targeted human cytomegalovirus-specific CD4+ and CD8+ T cells dominate the memory compartments of exposed subjects

Andrew Sylwester et al.Sep 5, 2005
Human cytomegalovirus (HCMV) infections of immunocompetent hosts are characterized by a dynamic, life-long interaction in which host immune responses, particularly of T cells, restrain viral replication and prevent disease but do not eliminate the virus or preclude transmission. Because HCMV is among the largest and most complex of known viruses, the T cell resources committed to maintaining this balance have never been characterized completely. Here, using cytokine flow cytometry and 13,687 overlapping 15mer peptides comprising 213 HCMV open reading frames (ORFs), we found that 151 HCMV ORFs were immunogenic for CD4+ and/or CD8+ T cells, and that ORF immunogenicity was influenced only modestly by ORF expression kinetics and function. We further documented that total HCMV-specific T cell responses in seropositive subjects were enormous, comprising on average ∼10% of both the CD4+ and CD8+ memory compartments in blood, whereas cross-reactive recognition of HCMV proteins in seronegative individuals was limited to CD8+ T cells and was rare. These data provide the first glimpse of the total human T cell response to a complex infectious agent and will provide insight into the rules governing immunodominance and cross-reactivity in complex viral infections of humans.
0
Citation1,286
0
Save
0

Protection from cytomegalovirus after transplantation is correlated with immediate early 1–specific CD8 T cells

Torsten Bunde et al.Mar 28, 2005
T cells are crucial for the control of cytomegalovirus (CMV) in infected individuals. Although CMV-specific T cells can be quantified by various methods, clear correlates of protection from CMV disease have not been defined. However, responses to the pp65 protein are believed to play an important role. Here, the proportions of interferon γ–producing T cells following ex vivo activation with pools of overlapping peptides representing the pp65 and immediate early (IE)-1 proteins were determined at multiple time points and related to the development of CMV disease in 27 heart and lung transplant recipients. Frequencies of IE-1–specific CD8 T cells above 0.2 and 0.4% at day 0 and 2 wk, respectively, or 0.4% at any time during the first months discriminated patients who did not develop CMV disease from patients at risk, 50–60% of whom developed CMV disease. No similar distinction between risk groups was possible based on pp65-specific CD8 or CD4 T cell responses. Remarkably, CMV disease developed exclusively in patients with a dominant pp65-specific CD8 T cell response. In conclusion, high frequencies of IE-1 but not pp65-specific CD8 T cells correlate with protection from CMV disease. These results have important implications for monitoring T cell responses, adoptive cell therapy, and vaccine design.
0
Citation358
0
Save
0

Detection of Tuberculosis in HIV-Infected and -Uninfected African Adults Using Whole Blood RNA Expression Signatures: A Case-Control Study

Myrsini Kaforou et al.Oct 22, 2013
Background A major impediment to tuberculosis control in Africa is the difficulty in diagnosing active tuberculosis (TB), particularly in the context of HIV infection. We hypothesized that a unique host blood RNA transcriptional signature would distinguish TB from other diseases (OD) in HIV-infected and -uninfected patients, and that this could be the basis of a simple diagnostic test. Methods and Findings Adult case-control cohorts were established in South Africa and Malawi of HIV-infected or -uninfected individuals consisting of 584 patients with either TB (confirmed by culture of Mycobacterium tuberculosis [M.TB] from sputum or tissue sample in a patient under investigation for TB), OD (i.e., TB was considered in the differential diagnosis but then excluded), or healthy individuals with latent TB infection (LTBI). Individuals were randomized into training (80%) and test (20%) cohorts. Blood transcriptional profiles were assessed and minimal sets of significantly differentially expressed transcripts distinguishing TB from LTBI and OD were identified in the training cohort. A 27 transcript signature distinguished TB from LTBI and a 44 transcript signature distinguished TB from OD. To evaluate our signatures, we used a novel computational method to calculate a disease risk score (DRS) for each patient. The classification based on this score was first evaluated in the test cohort, and then validated in an independent publically available dataset (GSE19491). In our test cohort, the DRS classified TB from LTBI (sensitivity 95%, 95% CI [87–100]; specificity 90%, 95% CI [80–97]) and TB from OD (sensitivity 93%, 95% CI [83–100]; specificity 88%, 95% CI [74–97]). In the independent validation cohort, TB patients were distinguished both from LTBI individuals (sensitivity 95%, 95% CI [85–100]; specificity 94%, 95% CI [84–100]) and OD patients (sensitivity 100%, 95% CI [100–100]; specificity 96%, 95% CI [93–100]). Limitations of our study include the use of only culture confirmed TB patients, and the potential that TB may have been misdiagnosed in a small proportion of OD patients despite the extensive clinical investigation used to assign each patient to their diagnostic group. Conclusions In our study, blood transcriptional signatures distinguished TB from other conditions prevalent in HIV-infected and -uninfected African adults. Our DRS, based on these signatures, could be developed as a test for TB suitable for use in HIV endemic countries. Further evaluation of the performance of the signatures and DRS in prospective populations of patients with symptoms consistent with TB will be needed to define their clinical value under operational conditions. Please see later in the article for the Editors' Summary
0

Standardizing Flow Cytometry Immunophenotyping Analysis from the Human ImmunoPhenotyping Consortium

Greg Finak et al.Feb 10, 2016
Abstract Standardization of immunophenotyping requires careful attention to reagents, sample handling, instrument setup, and data analysis, and is essential for successful cross-study and cross-center comparison of data. Experts developed five standardized, eight-color panels for identification of major immune cell subsets in peripheral blood. These were produced as pre-configured, lyophilized, reagents in 96-well plates. We present the results of a coordinated analysis of samples across nine laboratories using these panels with standardized operating procedures (SOPs). Manual gating was performed by each site and by a central site. Automated gating algorithms were developed and tested by the FlowCAP consortium. Centralized manual gating can reduce cross-center variability, and we sought to determine whether automated methods could streamline and standardize the analysis. Within-site variability was low in all experiments, but cross-site variability was lower when central analysis was performed in comparison with site-specific analysis. It was also lower for clearly defined cell subsets than those based on dim markers and for rare populations. Automated gating was able to match the performance of central manual analysis for all tested panels, exhibiting little to no bias and comparable variability. Standardized staining, data collection, and automated gating can increase power, reduce variability, and streamline analysis for immunophenotyping.
0
Citation254
0
Save