Predicting the metastatic potential of primary malignant tissues has direct bearing on the choice of therapy. Several microarray studies yielded gene sets whose expression profiles successfully predicted survival. Nevertheless, the overlap between these gene sets is almost zero. Such small overlaps were observed also in other complex diseases, and the variables that could account for the differences had evoked a wide interest. One of the main open questions in this context is whether the disparity can be attributed only to trivial reasons such as different technologies, different patients and different types of analyses.To answer this question, we concentrated on a single breast cancer dataset, and analyzed it by a single method, the one which was used by van't Veer et al. to produce a set of outcome-predictive genes. We showed that, in fact, the resulting set of genes is not unique; it is strongly influenced by the subset of patients used for gene selection. Many equally predictive lists could have been produced from the same analysis. Three main properties of the data explain this sensitivity: (1) many genes are correlated with survival; (2) the differences between these correlations are small; (3) the correlations fluctuate strongly when measured over different subsets of patients. A possible biological explanation for these properties is discussed.eytan.domany@weizmann.ac.ilhttp://www.weizmann.ac.il/physics/complex/compphys/downloads/liate/

The gene for fibroblast growth factor receptor-2 (FGFR2) encodes two splice variants designated here as keratinocyte growth factor (KGFR) and bek. Their ligand-binding specificity is markedly different due to mutually exclusive alternative splicing. We asked whether alternative exon usage, in addition to influencing receptor specificity, could be correlated with transcriptional localization. This problem was studied by in situ hybridization and PCR, using probes and primers specific for the alternative exons of FGFR2. Transcripts of both variants were detected in all three germ layers within the embryonic and the extraembryonic areas of the primitive-streak embryo. The overall level of KGFR expression surpassed that of bek. The localized expression of both variant receptors was, however, more diffuse in the gastrula than later during organogenesis, when KGFR transcripts were evident mainly in epithelia, whereas bek was present in the corresponding mesenchymes. Our findings show the following: (1) Expression of both FGFR2 variants is concordant with their involvement in murine gastrulation. They may endow competence to multiple areas, which may be restricted by their more confined ligands. (2) KGFR and bek seem to have unique roles in the development of the skin and its derivatives, whereas bek is preferentially expressed during osteogenesis. The two variants share potential regions of trans regulation in the genome; hence, we suggest that alternative splicing is jointly responsible for ligand binding and spatial specificity. (3) Finally, we defined the binding specificity of KGFR and bek to various FGF. The possibility of identifying specific functional areas for certain ligand-receptor pairs is discussed.

Since 1989, the receptors for fibroblast growth factors (FGFs) were cloned and characterized as a subgroup of the family of receptor tyrosine kinases. Four FGF receptor genes were identified, all of which encode membrane-bound glycoproteins containing three immunoglobulin (Ig) -like domains at the extracellular region, where only two of these domains are involved in ligand binding. Three unique features characterize the FGF receptors: 1) overlapping recognition and redundant specificity, where one receptor may bind with a similar affinity several of the seven known FGFs and one FGF may bind similarly to several distinct receptors. 2) The binding of FGFs to their receptors is dependent on the interaction of FGF with cell surface heparan sulfate proteoglycans. 3) A multitude of isoforms of cell-bound or secreted receptors are produced by the same gene. The gene structure of these receptors revealed two major mechanisms that are responsible for the formation of the diverse forms: alternative mRNA splicing, resulting in deletions or alternate exons usage, and internal polyadenylation, resulting in truncated products. These are reminiscent of mechanisms that also operate in the immunoglobulin family to generate diversity and to produce either secreted or cell-bound molecules. Tissue-specific alternative splicing in FGF receptors allows for the generation of two distinct receptors from a single gene because alternative exons determine the sequence of the COOH-terminal half of the third Ig-like domain involved in ligand binding. This represents a novel genetic mechanism to generate receptor diversity and specificity and to increase receptor repertoire.

ABSTRACT Developmental expression of two closely related fibroblast growth factor receptors, bek and fig, is described from early postimplantation until advanced organogenesis. Transcripts of bek and fig were first seen in the primitive ectoderm of egg-cylinder-stage embryos. Later, starting with somitogenesis, and then throughout embryogenesis, they were actively transcribed both in the mesoderm and neuroectoderm. Bek was expressed also in the surface ectoderm and in various epithelia, whereas flg expression was restricted mainly to the mesenchyme. In the limb bud bek transcripts displayed a gradient-like distribution and appeared earlier than flg. The two receptors, in contrast to their almost identical ligand binding specificity, displayed distinct spatial specificities throughout development, suggesting that developmental localization may contribute to functional specificity. The role of bek and flg in gastrulation and in epithelial-mesenchymal interactions of organogenesis will be discussed.

A clone that cross-hybridizes with a mouse p53 probe has been isolated from a cDNA library of simian virus 40-transformed human fibroblasts. This cloned human p53 cDNA was used as a probe to examine DNAs obtained from human-rodent somatic cell hybrids that have segregated human chromosomes. The results show that the human p53 gene is located on chromosome 17. In addition, Southern analysis of hybrids prepared from human cells containing a chromosome 17 translocation allowed regional localization of the human p53 gene to the most distal band on the short arm of this chromosome (17p13). Localization of the p53 gene to 17p13 was confirmed by in situ hybridization of metaphase spreads with the human p53 probe.

Abstract Developmental expression of the c-kit proto-oncogene, a receptor tyrosine kinase encoded by the W locus, was investigated by in situ hybridization in normal mouse embryos. Early after implantation transcripts were detectable only in the maternal placenta ( days p.c.). Subsequently ( days p.c.) numerous ectodermal (neural tube, sensory placodes) and endodermal (embryonic gut) derivatives expressed c-kit. Later transcripts were detected also in the blood islands of the yolk sac and in the embryonic liver, the main sites of embryonic hemopoiesis. Around midgestation, transcripts accumulated in the branchial pouches and also in primordial germ cells of the genital ridges. This complex pattern of expression remained characteristic also later in gestation, when c-kit was expressed in highly differentiated structures of the craniofacial area, in presumptive melanoblasts and in the CNS. In the adult ovary, maternal c-kit transcripts were detected. They were present in the oocytes of both immature and mature ovarian follicles, but not in the male germ line, where c-kit expression may be down regulated. Thus, c-kit activity is complex and appears in multiple tissues including those that also display defects in mutations at the W locus where c-kit is encoded. Correlation between W phenotypes and c-kit expression, as well as the regulation of the complex and multiple expression of polypeptide growth factors and receptors, is discussed.