Abstract Antimicrobial resistance (AMR) is a serious threat to global public health, but obtaining representative data on AMR for healthy human populations is difficult. Here, we use metagenomic analysis of untreated sewage to characterize the bacterial resistome from 79 sites in 60 countries. We find systematic differences in abundance and diversity of AMR genes between Europe/North-America/Oceania and Africa/Asia/South-America. Antimicrobial use data and bacterial taxonomy only explains a minor part of the AMR variation that we observe. We find no evidence for cross-selection between antimicrobial classes, or for effect of air travel between sites. However, AMR gene abundance strongly correlates with socio-economic, health and environmental factors, which we use to predict AMR gene abundances in all countries in the world. Our findings suggest that global AMR gene diversity and abundance vary by region, and that improving sanitation and health could potentially limit the global burden of AMR. We propose metagenomic analysis of sewage as an ethically acceptable and economically feasible approach for continuous global surveillance and prediction of AMR.

Background Gaps in the diagnostic capacity and heterogeneity of national surveillance and reporting standards in Europe make it difficult to contain carbapenemase-producing Enterobacteriaceae. We report the development of a consistent sampling framework and the results of the first structured survey on the occurrence of carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli in European hospitals. Methods National expert laboratories recruited hospitals with diagnostic capacities, who collected the first ten carbapenem non-susceptible clinical isolates of K pneumoniae or E coli and ten susceptible same-species comparator isolates and pertinent patient and hospital information. Isolates and data were relayed back to national expert laboratories, which made laboratory-substantiated information available for central analysis. Findings Between Nov 1, 2013, and April 30, 2014, 455 sentinel hospitals in 36 countries submitted 2703 clinical isolates (2301 [85%] K pneumoniae and 402 (15%) E coli). 850 (37%) of 2301 K pneumoniae samples and 77 (19%) of 402 E coli samples were carbapenemase (KPC, NDM, OXA-48-like, or VIM) producers. The ratio of K pneumoniae to E coli was 11:1. 1·3 patients per 10 000 hospital admissions had positive clinical specimens. Prevalence differed greatly, with the highest rates in Mediterranean and Balkan countries. Carbapenemase-producing K pneumoniae isolates showed high resistance to last-line antibiotics. Interpretation This initiative shows an encouraging commitment by all participants, and suggests that challenges in the establishment of a continent-wide enhanced sentinel surveillance for carbapenemase-producing Enterobacteriaeceae can be overcome. Strengthening infection control efforts in hospitals is crucial for controlling spread through local and national health care networks. Funding European Centre for Disease Prevention and Control.

Public health interventions to control the current epidemic of carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae rely on a comprehensive understanding of its emergence and spread over a wide range of geographical scales. We analysed the genome sequences and epidemiological data of >1,700 K. pneumoniae samples isolated from patients in 244 hospitals in 32 countries during the European Survey of Carbapenemase-Producing Enterobacteriaceae. We demonstrate that carbapenemase acquisition is the main cause of carbapenem resistance and that it occurred across diverse phylogenetic backgrounds. However, 477 of 682 (69.9%) carbapenemase-positive isolates are concentrated in four clonal lineages, sequence types 11, 15, 101, 258/512 and their derivatives. Combined analysis of the genetic and geographic distances between isolates with different β-lactam resistance determinants suggests that the propensity of K. pneumoniae to spread in hospital environments correlates with the degree of resistance and that carbapenemase-positive isolates have the highest transmissibility. Indeed, we found that over half of the hospitals that contributed carbapenemase-positive isolates probably experienced within-hospital transmission, and interhospital spread is far more frequent within, rather than between, countries. Finally, we propose a value of 21 for the number of single nucleotide polymorphisms that optimizes the discrimination of hospital clusters and detail the international spread of the successful epidemic lineage, ST258/512. Genomic and epidemiological analysis of carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae across Europe finds increased transmissibility of four clonal lineages, especially between hospitals within countries.

BackgroundThe Global Point Prevalence Survey (Global-PPS) established an international network of hospitals to measure antimicrobial prescribing and resistance worldwide. We aimed to assess antimicrobial prescribing and resistance in hospital inpatients.MethodsWe used a standardised surveillance method to collect detailed data about antimicrobial prescribing and resistance from hospitals worldwide, which were grouped by UN region. The internet-based survey included all inpatients (adults, children, and neonates) receiving an antimicrobial who were on the ward at 0800 h on one specific day between January and September, 2015. Hospitals were classified as primary, secondary, tertiary (including infectious diseases hospitals), and paediatric hospitals. Five main ward types were defined: medical wards, surgical wards, intensive-care units, haematology oncology wards, and medical transplantation (bone marrow or solid transplants) wards. Data recorded included patient characteristics, antimicrobials received, diagnosis, therapeutic indication according to predefined lists, and markers of prescribing quality (eg, whether a stop or review date were recorded, and whether local prescribing guidelines existed and were adhered to). We report findings for adult inpatients.FindingsThe Global-PPS for 2015 included adult data from 303 hospitals in 53 countries, including eight lower-middle-income and 17 upper-middle-income countries. 86 776 inpatients were admitted to 3315 adult wards, of whom 29 891 (34·4%) received at least one antimicrobial. 41 213 antimicrobial prescriptions were issued, of which 36 792 (89·3%) were antibacterial agents for systemic use. The top three antibiotics prescribed worldwide were penicillins with β-lactamase inhibitors, third-generation cephalosporins, and fluoroquinolones. Carbapenems were most frequently prescribed in Latin America and west and central Asia. Of patients who received at least one antimicrobial, 5926 (19·8%) received a targeted antibacterial treatment for systemic use, and 1769 (5·9%) received a treatment targeting at least one multidrug-resistant organism. The frequency of health-care-associated infections was highest in Latin America (1518 [11·9%]) and east and south Asia (5363 [10·1%]). Overall, the reason for treatment was recorded in 31 694 (76·9%) of antimicrobial prescriptions, and a stop or review date in 15 778 (38·3%). Local antibiotic guidelines were missing for 7050 (19·2%) of the 36 792 antibiotic prescriptions, and guideline compliance was 77·4%.InterpretationThe Global-PPS showed that worldwide surveillance can be accomplished with voluntary participation. It provided quantifiable measures to assess and compare the quantity and quality of antibiotic prescribing and resistance in hospital patients worldwide. These data will help to improve the quality of antibiotic prescribing through education and practice changes, particularly in low-income and middle-income countries that have no tools to monitor antibiotic prescribing in hospitals.FundingbioMérieux.

We report the results of the International Infection Control Consortium (INICC) surveillance study from January 2003 through December 2008 in 173 intensive care units (ICUs) in Latin America, Asia, Africa, and Europe. During the 6-year study, using Centers for Disease Control and Prevention (CDC) US National Healthcare Safety Network (NHSN; formerly the National Nosocomial Infection Surveillance system [NNIS]) definitions for device-associated health care-associated infection, we collected prospective data from 155,358 patients hospitalized in the consortium's hospital ICUs for an aggregate of 923,624 days. Although device utilization in the developing countries' ICUs was remarkably similar to that reported from US ICUs in the CDC's NHSN, rates of device-associated nosocomial infection were markedly higher in the ICUs of the INICC hospitals: the pooled rate of central venous catheter (CVC)-associated bloodstream infections (BSI) in the INICC ICUs, 7.6 per 1000 CVC-days, is nearly 3-fold higher than the 2.0 per 1000 CVC-days reported from comparable US ICUs, and the overall rate of ventilator-associated pneumonia (VAP) was also far higher, 13.6 versus 3.3 per 1000 ventilator-days, respectively, as was the rate of catheter-associated urinary tract infection (CAUTI), 6.3 versus 3.3 per 1000 catheter-days, respectively. Most strikingly, the frequencies of resistance of Staphylococcus aureus isolates to methicillin (MRSA) (84.1% vs 56.8%, respectively), Klebsiella pneumoniae to ceftazidime or ceftriaxone (76.1% vs 27.1%, respectively), Acinetobacter baumannii to imipenem (46.3% vs 29.2%, respectively), and Pseudomonas aeruginosa to piperacillin (78.0% vs 20.2%, respectively) were also far higher in the consortium's ICUs, and the crude unadjusted excess mortalities of device-related infections ranged from 23.6% (CVC-associated bloodstream infections) to 29.3% (VAP). We report the results of the International Infection Control Consortium (INICC) surveillance study from January 2003 through December 2008 in 173 intensive care units (ICUs) in Latin America, Asia, Africa, and Europe. During the 6-year study, using Centers for Disease Control and Prevention (CDC) US National Healthcare Safety Network (NHSN; formerly the National Nosocomial Infection Surveillance system [NNIS]) definitions for device-associated health care-associated infection, we collected prospective data from 155,358 patients hospitalized in the consortium's hospital ICUs for an aggregate of 923,624 days. Although device utilization in the developing countries' ICUs was remarkably similar to that reported from US ICUs in the CDC's NHSN, rates of device-associated nosocomial infection were markedly higher in the ICUs of the INICC hospitals: the pooled rate of central venous catheter (CVC)-associated bloodstream infections (BSI) in the INICC ICUs, 7.6 per 1000 CVC-days, is nearly 3-fold higher than the 2.0 per 1000 CVC-days reported from comparable US ICUs, and the overall rate of ventilator-associated pneumonia (VAP) was also far higher, 13.6 versus 3.3 per 1000 ventilator-days, respectively, as was the rate of catheter-associated urinary tract infection (CAUTI), 6.3 versus 3.3 per 1000 catheter-days, respectively. Most strikingly, the frequencies of resistance of Staphylococcus aureus isolates to methicillin (MRSA) (84.1% vs 56.8%, respectively), Klebsiella pneumoniae to ceftazidime or ceftriaxone (76.1% vs 27.1%, respectively), Acinetobacter baumannii to imipenem (46.3% vs 29.2%, respectively), and Pseudomonas aeruginosa to piperacillin (78.0% vs 20.2%, respectively) were also far higher in the consortium's ICUs, and the crude unadjusted excess mortalities of device-related infections ranged from 23.6% (CVC-associated bloodstream infections) to 29.3% (VAP).

The results of a surveillance study conducted by the International Nosocomial Infection Control Consortium (INICC) from January 2004 through December 2009 in 422 intensive care units (ICUs) of 36 countries in Latin America, Asia, Africa, and Europe are reported. During the 6-year study period, using Centers for Disease Control and Prevention (CDC) National Healthcare Safety Network (NHSN; formerly the National Nosocomial Infection Surveillance system [NNIS]) definitions for device-associated health care-associated infections, we gathered prospective data from 313,008 patients hospitalized in the consortium’s ICUs for an aggregate of 2,194,897 ICU bed-days. Despite the fact that the use of devices in the developing countries’ ICUs was remarkably similar to that reported in US ICUs in the CDC’s NHSN, rates of device-associated nosocomial infection were significantly higher in the ICUs of the INICC hospitals; the pooled rate of central line-associated bloodstream infection in the INICC ICUs of 6.8 per 1,000 central line-days was more than 3-fold higher than the 2.0 per 1,000 central line-days reported in comparable US ICUs. The overall rate of ventilator-associated pneumonia also was far higher (15.8 vs 3.3 per 1,000 ventilator-days), as was the rate of catheter-associated urinary tract infection (6.3 vs. 3.3 per 1,000 catheter-days). Notably, the frequencies of resistance of Pseudomonas aeruginosa isolates to imipenem (47.2% vs 23.0%), Klebsiella pneumoniae isolates to ceftazidime (76.3% vs 27.1%), Escherichia coli isolates to ceftazidime (66.7% vs 8.1%), Staphylococcus aureus isolates to methicillin (84.4% vs 56.8%), were also higher in the consortium’s ICUs, and the crude unadjusted excess mortalities of device-related infections ranged from 7.3% (for catheter-associated urinary tract infection) to 15.2% (for ventilator-associated pneumonia). The results of a surveillance study conducted by the International Nosocomial Infection Control Consortium (INICC) from January 2004 through December 2009 in 422 intensive care units (ICUs) of 36 countries in Latin America, Asia, Africa, and Europe are reported. During the 6-year study period, using Centers for Disease Control and Prevention (CDC) National Healthcare Safety Network (NHSN; formerly the National Nosocomial Infection Surveillance system [NNIS]) definitions for device-associated health care-associated infections, we gathered prospective data from 313,008 patients hospitalized in the consortium’s ICUs for an aggregate of 2,194,897 ICU bed-days. Despite the fact that the use of devices in the developing countries’ ICUs was remarkably similar to that reported in US ICUs in the CDC’s NHSN, rates of device-associated nosocomial infection were significantly higher in the ICUs of the INICC hospitals; the pooled rate of central line-associated bloodstream infection in the INICC ICUs of 6.8 per 1,000 central line-days was more than 3-fold higher than the 2.0 per 1,000 central line-days reported in comparable US ICUs. The overall rate of ventilator-associated pneumonia also was far higher (15.8 vs 3.3 per 1,000 ventilator-days), as was the rate of catheter-associated urinary tract infection (6.3 vs. 3.3 per 1,000 catheter-days). Notably, the frequencies of resistance of Pseudomonas aeruginosa isolates to imipenem (47.2% vs 23.0%), Klebsiella pneumoniae isolates to ceftazidime (76.3% vs 27.1%), Escherichia coli isolates to ceftazidime (66.7% vs 8.1%), Staphylococcus aureus isolates to methicillin (84.4% vs 56.8%), were also higher in the consortium’s ICUs, and the crude unadjusted excess mortalities of device-related infections ranged from 7.3% (for catheter-associated urinary tract infection) to 15.2% (for ventilator-associated pneumonia).

Abstract Funding Acknowledgements Type of funding sources: Private grant(s) and/or Sponsorship. Main funding source(s): Else Kröner Fresenius Stiftung Background Reticulated platelets (RPs), characterized by youth, hyper-reactivity, and RNA abundance, signify pro-thrombotic potential and serve as predictors for inadequate antiplatelet therapy response post-myocardial infarction. Their pivotal role in chronic coronary syndrome (CCS) and high on-treatment platelet reactivity highlights their significance as promising biomarkers for adverse cardiovascular events in diverse pathological settings. Purpose We aimed to compare for the first time the transcriptomic profiles of RPs and MPs in CCS patients. Methods Using fluorescent activated cell sorting (FACS), RPs and MPs were isolated based on RNA content from peripheral blood of 19 CCS patients. RNA assessment involved the Tapestation 4200 platform (Agilent), and totalRNA libraries were sequenced on a NextSeq 500 Illumina platform. RNA sequencing analysis, with a cut-off of p <0.005 and a log2fc >1, and alternative splicing event detection using MAJIQ, were performed. Circular RNA (circRNA) analysis employed CIRCexplorer. Results Total RNA-sequencing identified 1589 differentially expressed genes, with 1100 transcripts upregulated in RPs and 489 enriched in MPs (Figure 1 A, B and D). Notably, collagen receptor GP6 (log2FC 1.12, p=6.89x10-41), thrombin receptor PAR4 (F2RL3, log2FC 1.1, p=3.54*10-21) and Von Willebrand Factor (log2FC 1.2, p=1.26*10-38) transcripts were significantly enriched in RPs. Gene Ontology identified a higher enrichment of relevant biological categories in RPs compared to MPs, such as "platelet activation", "platelet degranulation" and "blood coagulation" (Figure 1C). These findings are consistent with our previously established discovery and support the hypothesis that RPs in cardiovascular disease are hyper-reactive and pro-thrombotic due to their different RNA content compared to other platelets. Several splicing events were detected as differentially regulated: there is an upregulation of an alternative splicing on the collagen receptor transcript GP6 in RPs (Figure 1E); by the transcript of the G-protein GNAQ, one alternative splicing event was found upregulated in RPs, whilst two others were upregulated in MPs. Moreover, we found an enrichment of the total level of circular RNAs in MPs as compared to RPs (Figure 1F). Several previously undescribed circular RNAs were discovered to be enriched in RPs, as shown in Figure 1F. Conclusion This groundbreaking transcriptomic profiling of RPs and MPs in CCS patients elucidates the biological basis for RPs' hyperreactivity, emphasizing the differential enrichment of platelet activation transcripts. The pronounced upregulation of prothrombotic signaling in RPs provides insight into their hyperactivity and correlation with cardiovascular events. These findings illuminate a novel therapeutic niche in CCS patients, although further investigations are essential to comprehend the detrimental role of RPs in coronary artery disease.