Analysis of the genomes of four patients with chronic lymphocytic leukaemia, and validation in more than 300 patients, has identified four genes — NOTCH1, MYD88, XPO1 and KLHL6 — that are recurrently mutated in the condition. Mutations in NOTCH1, MYD88 and XPO1 are thought to contribute to the clinical evolution of the disease. Evidence that NOTCH1 and MYD88 mutations are activating events highlights them as potential therapeutic targets. Chronic lymphocytic leukaemia (CLL), the most frequent leukaemia in adults in Western countries, is a heterogeneous disease with variable clinical presentation and evolution1,2. Two major molecular subtypes can be distinguished, characterized respectively by a high or low number of somatic hypermutations in the variable region of immunoglobulin genes3,4. The molecular changes leading to the pathogenesis of the disease are still poorly understood. Here we performed whole-genome sequencing of four cases of CLL and identified 46 somatic mutations that potentially affect gene function. Further analysis of these mutations in 363 patients with CLL identified four genes that are recurrently mutated: notch 1 (NOTCH1), exportin 1 (XPO1), myeloid differentiation primary response gene 88 (MYD88) and kelch-like 6 (KLHL6). Mutations in MYD88 and KLHL6 are predominant in cases of CLL with mutated immunoglobulin genes, whereas NOTCH1 and XPO1 mutations are mainly detected in patients with unmutated immunoglobulins. The patterns of somatic mutation, supported by functional and clinical analyses, strongly indicate that the recurrent NOTCH1, MYD88 and XPO1 mutations are oncogenic changes that contribute to the clinical evolution of the disease. To our knowledge, this is the first comprehensive analysis of CLL combining whole-genome sequencing with clinical characteristics and clinical outcomes. It highlights the usefulness of this approach for the identification of clinically relevant mutations in cancer.

Abstract Since the publication of the Revised European-American Classification of Lymphoid Neoplasms in 1994, subsequent updates of the classification of lymphoid neoplasms have been generated through iterative international efforts to achieve broad consensus among hematopathologists, geneticists, molecular scientists, and clinicians. Significant progress has recently been made in the characterization of malignancies of the immune system, with many new insights provided by genomic studies. They have led to this proposal. We have followed the same process that was successfully used for the third and fourth editions of the World Health Organization Classification of Hematologic Neoplasms. The definition, recommended studies, and criteria for the diagnosis of many entities have been extensively refined. Some categories considered provisional have now been upgraded to definite entities. Terminology for some diseases has been revised to adapt nomenclature to the current knowledge of their biology, but these modifications have been restricted to well-justified situations. Major findings from recent genomic studies have impacted the conceptual framework and diagnostic criteria for many disease entities. These changes will have an impact on optimal clinical management. The conclusions of this work are summarized in this report as the proposed International Consensus Classification of mature lymphoid, histiocytic, and dendritic cell tumors.

Tumours of histiocytes and accessory dendritic cells: an immunohistochemical approach to classification from the International Lymphoma Study Group based on 61 cases Neoplasms of histiocytes and dendritic cells are rare, and their phenotypic and biological definition is incomplete. Seeking to identify antigens detectable in paraffin‐embedded sections that might allow a more complete, rational immunophenotypic classification of histiocytic/dendritic cell neoplasms, the International Lymphoma Study Group (ILSG) stained 61 tumours of suspected histiocytic/dendritic cell type with a panel of 15 antibodies including those reactive with histiocytes (CD68, lysozyme (LYS)), Langerhans cells (CD1a), follicular dendritic cells (FDC: CD21, CD35) and S100 protein. This analysis revealed that 57 cases (93%) fit into four major immunophenotypic groups (one histiocytic and three dendritic cell types) utilizing six markers: CD68, LYS, CD1a, S100, CD21, and CD35. The four (7%) unclassified cases were further classifiable into the above four groups using additional morphological and ultrastructural features. The four groups then included: (i) histiocytic sarcoma ( n =18) with the following phenotype: CD68 (100%), LYS (94%), CD1a (0%), S100 (33%), CD21/35 (0%). The median age was 46 years. Presentation was predominantly extranodal (72%) with high mortality (58% dead of disease (DOD)). Three had systemic involvement consistent with `malignant histiocytosis'; (ii) Langerhans cell tumour (LCT) ( n =26) which expressed: CD68 (96%), LYS (42%), CD1a (100%), S100 (100%), CD21/35 (0%). There were two morphological variants: cytologically typical ( n =17) designated LCT; and cytologically malignant ( n =9) designated Langerhans cell sarcoma (LCS). The LCS were often not easily recognized morphologically as LC‐derived, but were diagnosed based on CD1a staining. LCT and LCS differed in median age (33 versus 41 years), male:female ratio (3.7:1 versus 1:2), and death rate (31% versus 50% DOD). Four LCT patients had systemic involvement typical of Letterer–Siwe disease; (iii) follicular dendritic cell tumour/sarcoma (FDCT) ( n =13) which expressed: CD68 (54%), LYS (8%), CD1a (0%), S100 (16%), FDC markers CD21/35 (100%), EMA (40%). These patients were adults (median age 65 years) with predominantly localized nodal disease (75%) and low mortality (9% DOD); (iv) interdigitating dendritic cell tumour/sarcoma (IDCT) ( n =4) which expressed: CD68 (50%), LYS (25%), CD1a (0%), S100 (100%), CD21/35 (0%). The patients were adults (median 71 years) with localized nodal disease (75%) without mortality (0% DOD). In conclusion, definitive immunophenotypic classification of histiocytic and accessory cell neoplasms into four categories was possible in 93% of the cases using six antigens detected in paraffin‐embedded sections. Exceptional cases (7%) were resolvable when added morphological and ultrastructural features were considered. We propose a classification combining immunophenotype and morphology with five categories, including Langerhans cell sarcoma. This simplified scheme is practical for everyday diagnostic use and should provide a framework for additional investigation of these unusual neoplasms.

Key Points DLBCL patients with MYC/BCL2 coexpression demonstrate inferior prognosis and high-risk gene expression signatures.

Abstract Purpose: Hans and coworkers previously developed an immunohistochemical algorithm with ∼80% concordance with the gene expression profiling (GEP) classification of diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) into the germinal center B-cell–like (GCB) and activated B-cell–like (ABC) subtypes. Since then, new antibodies specific to germinal center B-cells have been developed, which might improve the performance of an immunostain algorithm. Experimental Design: We studied 84 cases of cyclophosphamide-doxorubicin-vincristine-prednisone (CHOP)–treated DLBCL (47 GCB, 37 ABC) with GCET1, CD10, BCL6, MUM1, FOXP1, BCL2, MTA3, and cyclin D2 immunostains, and compared different combinations of the immunostaining results with the GEP classification. A perturbation analysis was also applied to eliminate the possible effects of interobserver or intraobserver variations. A separate set of 63 DLBCL cases treated with rituximab plus CHOP (37 GCB, 26 ABC) was used to validate the new algorithm. Results: A new algorithm using GCET1, CD10, BCL6, MUM1, and FOXP1 was derived that closely approximated the GEP classification with 93% concordance. Perturbation analysis indicated that the algorithm was robust within the range of observer variance. The new algorithm predicted 3-year overall survival of the validation set [GCB (87%) versus ABC (44%); P < 0.001], simulating the predictive power of the GEP classification. For a group of seven primary mediastinal large B-cell lymphoma, the new algorithm is a better prognostic classifier (all “GCB”) than the Hans' algorithm (two GCB, five non-GCB). Conclusion: Our new algorithm is significantly more accurate than the Hans' algorithm and will facilitate risk stratification of DLBCL patients and future DLBCL research using archival materials. (Clin Cancer Res 2009;15(17):5494–502)

Abstract The t(2; 5)(p23;q35) translocation, associated with anaplastic large-cell lymphoma (ALCL), results in the production of the nucleolar protein nucleophosmin-anaplastic lymphoma kinase (NPM-ALK) protein. This report describes an immunocytochemical study of the distribution of ALK and NPM-ALK proteins using a new monoclonal antibody, ALK1, that recognizes a formalin resistant epitope in both the 80-kD NPM-ALK chimeric and the 200-kD normal human ALK proteins. Cytoplasmic and nuclear labeling was seen in the t(2; 5)+ SU-DHL-1 and Karpas 299 cell lines. Normal ALK protein expression was restricted to the central nervous system (in scattered neurons, glial cells, and endothelial cells). Two hundred and thirty-nine cases of lymphoma and 80 nonhematopoietic tumors were immunostained. Antibody ALK1 labeled 53.4% (39 of 73 cases) of CD30+ ALCL. A case of ALCL with a t(1; 2) translocation was ALK1+. Three cases of CD30− ALCL with prominent nucleoli showed a unique pattern of coarse granular cytoplasmic labeling. All other tumors, including Hodgkin's disease and lymphomatoid papulosis, were ALK1−. These results indicate that reliable immunostaining of routine biopsy material for NPM-ALK and ALK proteins is feasible. Such analysis is of diagnostic importance, especially because t(2; 5)+ ALCL cases have a good prognosis with appropriate treatment.

Adolfo Ferrando and colleagues report the exome sequencing of peripheral T cell lymphomas. They identified recurrent mutations in RHOA, TET2, DNMT3A, IDH2, FYN, ATM, B2M and CD58. Peripheral T cell lymphomas (PTCLs) are a heterogeneous and poorly understood group of non-Hodgkin lymphomas1,2. Here we combined whole-exome sequencing of 12 tumor-normal DNA pairs, RNA sequencing analysis and targeted deep sequencing to identify new genetic alterations in PTCL transformation. These analyses identified highly recurrent epigenetic factor mutations in TET2, DNMT3A and IDH2 as well as a new highly prevalent RHOA mutation encoding a p.Gly17Val alteration present in 22 of 35 (67%) angioimmunoblastic T cell lymphoma (AITL) samples and in 8 of 44 (18%) PTCL, not otherwise specified (PTCL-NOS) samples. Mechanistically, the RHOA Gly17Val protein interferes with RHOA signaling in biochemical and cellular assays, an effect potentially mediated by the sequestration of activated guanine-exchange factor (GEF) proteins. In addition, we describe new and recurrent, albeit less frequent, genetic defects including mutations in FYN, ATM, B2M and CD58 implicating SRC signaling, impaired DNA damage response and escape from immune surveillance mechanisms in the pathogenesis of PTCL.

Abstract The t(2;5)(p23;q35) translocation, associated with anaplastic large-cell lymphoma (ALCL), results in the expression of a chimeric NPM-ALK protein that can be detected by the ALK1 monoclonal antibody. This report describes the morphologic and phenotypic spectrum of 123 cases of lymphoma that all express ALK protein. The results provide strong evidence that the morphologic patterns of ALCL described in previous reports as representing possible subtypes of ALCL, eg, common type, lymphohistiocytic, or small cell patterns, are morphologic variants of the same disease entity. All of these morphologic patterns could be found within this series, and in some patients different subtypes coexisted in a single biopsy or were found in successive biopsies from a single patient. The link between these morphologic subtypes is further reinforced by the presence in all cases of a highly characteristic large cell, with an eccentric nucleus and an eosinophilic paranuclear region. We suggest that this cell can be considered as a major distinguishing feature of ALK-positive lymphomas. Another characteristic of these tumors was the perivascular pattern of neoplastic cell infiltration seen in a significant number of cases. In addition to ALK protein, all tumors expressed epithelial membrane antigen and lacked CD15, features that may be of value in differentiating ALCL from Hodgkin's disease. In the majority of cases (84%), malignant cells showed both a cytoplasmic and nuclear staining for ALK1 and thus presumably carried the 2;5 translocation, but staining was restricted to the cytoplasm in a few cases, suggesting that translocations other than t(2;5) may induce expression of ALK protein. We conclude from this study that ALK-positive neoplasms represent a distinct entity. Because their morphology is often neither anaplastic nor large cell, we suggest that they should henceforward be referred to as ALK lymphomas.