Abstract Background Biliary atresia (BA) is an intractable disease of unknown cause that develops in the neonatal period. It causes jaundice and liver damage due to the destruction of extrahepatic biliary tracts,. We have found that heterozygous knockout mice of the SRY related HMG-box 17 (Sox17) gene, a master regulator of stem/progenitor cells in the gallbladder wall, exhibit a condition like BA. However, the precise contribution of hypoplastic gallbladder wall to the pathogenesis of hepatobiliary disease in Sox17 heterozygous embryos and human BA remains unclear. Methods We employed cholangiography and histological analyses in the mouse BA model. Furthermore, we conducted a retrospective analysis of human BA. Results We show that gallbladder wall hypoplasia causes abnormal multiple connections between the hilar hepatic bile ducts and the gallbladder-cystic duct in Sox17 heterozygous embryos. These multiple hilar extrahepatic ducts fuse with the developing intrahepatic duct walls and pull them out of the liver parenchyma, resulting in abnormal intrahepatic duct network and severe cholestasis. In human BA with gallbladder wall hypoplasia (i.e., abnormally reduced expression of SOX17), we also identify a strong association between reduced gallbladder width (a morphometric parameter indicating gallbladder wall hypoplasia) and severe liver injury at the time of the Kasai surgery, like the Sox17 -mutant mouse model. Conclusions Together with the close correlation between gallbladder wall hypoplasia and liver damage in both mouse and human cases, these findings provide an insight into the critical role of SOX17-positive gallbladder walls in establishing functional bile duct networks in the hepatic hilus of neonates.

Abstract BACKGROUND The fifth edition of the WHO Classification of Tumors of the Central Nervous System incorporates numerous genetic findings in pediatric brain tumor classification, emphasizing the significance of molecular diagnostics. In Japan, Japan Children’s Cancer Group (JCCG) Brain Tumor Committee organizes a central diagnostic system for pediatric brain tumors, including histopathology review and molecular diagnostics through a limited targeted gene analysis. However, comprehensive genome-wide analysis has not been conducted. OBJECTIVE To evaluate the clinical utility of whole genome sequencing (WGS) in pediatric glioma/glioneuronal tumor (GNT). METHODS WGS (62 cases) and RNA-seq (46 cases) were performed as part of the “ Action Plan for Whole Genome Analysis” and compared with central molecular diagnosis results (62 cases). RESULTS Central diagnostics identified 28 low-grade gliomas (44.4%), 26 high-grade gliomas (41.3%), and 8 GNTs (14.3%), with pilocytic astrocytoma accounting for 16 cases (25.8%). Adding WGS to central molecular diagnosis identified new driver mutations in 26/62 cases (41.9%). Notably, 5 additional KIAA1549::BRAF and 2 NTRK2 fusion genes were detected. In comparison with RNA-seq analysis, several cases were found in which KIAA1549::BRAF could be detected only by WGS. Additionally, PATZ1 fusion genes and several novel RAF1 fusion genes were identified. CONCLUSION WGS is useful in detecting genetic alterations that may contribute to diagnostic and therapeutic decision-making for pediatric gliomas/GNT. Incorporating WGS into the current diagnostic procedure could help develop more precise treatment strategies for pediatric glioma/GNT.

Xenobiotic metabolic reactions in the hepatocyte endoplasmic reticulum (ER) including UDP-glucuronosyltransferase and carboxylesterase play central roles in the detoxification of medical agents with small- and medium-sized molecules. Although the catalytic sites of these enzymes exist inside of ER, the molecular mechanism for membrane permeation in the ER remains enigmatic. Here, we investigated that organic anion transporter 2 (OAT2) regulates the detoxification reactions of xenobiotic agents including anti-cancer capecitabine and antiviral zidovudine, via the permeation process across the ER membrane in the liver. Pharmacokinetic studies in patients with colorectal cancer revealed that the half-lives of capecitabine in rs2270860 (1324C > T) variants was 1.4 times higher than that the C/C variants. Moreover, the hydrolysis of capecitabine to 5′-deoxy-5-fluorocytidine in primary cultured human hepatocytes was reduced by OAT2 inhibitor ketoprofen, whereas capecitabine hydrolysis directly assessed in human liver microsomes were not affected. The immunostaining of OAT2 was merged with ER marker calnexin in human liver periportal zone. These results suggested that OAT2 is involved in distribution of capecitabine into ER. Furthermore, we clarified that OAT2 plays an essential role in drug-drug interactions between zidovudine and valproic acid, leading to the alteration in zidovudine exposure to the body. Our findings contribute to mechanistically understanding medical agent detoxification, shedding light on the ER membrane permeation process as xenobiotic metabolic machinery to improve chemical changes in hydrophilic compounds

Abstract INTRODUCTION Genome-wide DNA methylation profiling is performed for pediatric low-grade glioma (pLGG) with diagnostic challenge. We compared histological diagnosis, DNA methylation profiling and integrated diagnosis for pLGG. METHODS We analyzed histology, molecular findings, DNA methylation profiling and integrated diagnosis of pLGG that were registered to the central diagnosis of Japan Children’s Cancer Group from March 2018 to June 2024 and underwent genome-wide DNA methylation profiling. RESULTS Fifty-eight cases were enrolled. Thirty-seven cases (64%) had calibrated scores of 0.84 or higher (match), and 21 cases (36%) had the scores below 0.84 (no match). Definitive diagnoses based on integrated diagnoses were achieved in 22 cases (59%) among the match cases, in 6 cases among the no match cases and in total 28 cases (48%). Tumor types of the 28 cases with definitive diagnoses were pilocytic astrocytoma (PA) in 16 cases, diffuse low-grade glioma, MAPK pathway-altered in 2 cases, subependymal giant cell astrocytoma in 2 cases, dysembryoplastic neuroepithelial tumour in 2 cases, and others in 6 cases. All 6 cases with definitive diagnoses among the no match cases were PA. Discrepancies between histological diagnosis and methylation class were observed in total 34 cases (match 17 cases, no match 17 cases). Among the 34 cases, definitive diagnoses were achieved in 8 cases (match 6 cases, no match 2 cases) and all the diagnoses supported the histological diagnoses. Twenty-one cases of the 34 cases were histologically diagnosed with unspecific tumor types like low-grade glioma or classified to MC Control tissue in DNA methylation profiling. DISCUSSION/CONCLUSION Genome-wide DNA methylation profiling was useful for pLGG matched to specific methylation class. Sixteen percents of the match cases showed discrepancy between histological diagnoses and methylation class, but supported histological diagnoses as definitive diagnoses, indicating the importance of integrated diagnosis.

Embryonal tumors with multilayered rosettes (ETMRs) are rare and highly aggressive embryonal central nervous system tumors that predominantly affect infants younger than 3 years old. These tumors typically have a C19MC alteration (ETMR, C19MC‐altered) or, more rarely, a DICER1 mutation (ETMR, DICER1 ‐mutated). Post‐chemotherapeutic or post‐chemoradiotherapeutic histological changes of C19MC‐altered ETMRs, such as maturation or loss of histological characteristics of ETMR have been described in several reports. However, histological changes of recurrent DICER1 ‐mutated ETMRs have not been reported to date. Herein, we report a case of DICER1 ‐mutated ETMR with unique post‐treatment morphological changes, including both maturation and loss of histological characteristics. Although pathological examination of tissue from the first resection revealed typical ETMR histology, the recurrent tumor after chemoradiotherapy was composed predominantly of a primitive embryonal component without multilayered rosettes or neuropil‐like areas. Furthermore, the recurrent tumor contained a component composed of unique tumor cells with oval eccentric nuclei and eosinophilic cytoplasm demonstrating a neuronal immunohistohemical phenotype. No mitotic figures were found in the component. Molecular analysis identified a mutation in the DICER1 RNase IIIb domain in the primary tumor and the primitive embryonal component of the recurrent tumor, but not in the unique neuronal area.