This study describes results of PCR and viral RNA testing for SARS-CoV-2 in bronchoalveolar fluid, sputum, feces, blood, and urine specimens from patients with COVID-19 infection in China to identify possible means of non-respiratory transmission.

Abstract Background Patients with critical illness due to infection with the 2019 coronavirus disease (COVID-19) show rapid disease progression to acute respiratory failure. The study aimed to screen the most useful predictive factor for critical illness caused by COVID-19. Methods The study prospectively involved 61 patients with COVID-19 infection as a derivation cohort, and 54 patients as a validation cohort. The predictive factor for critical illness was selected using LASSO regression analysis. A nomogram based on non-specific laboratory indicators was built to predict the probability of critical illness. Results The neutrophil-to-lymphocyte ratio (NLR) was identified as an independent risk factor for critical illness in patients with COVID-19 infection. The NLR had an area under receiver operating characteristic of 0.849 (95% confidence interval [CI], 0.707 to 0.991) in the derivation cohort and 0.867 (95% CI 0.747 to 0.944) in the validation cohort, the calibration curves fitted well, and the decision and clinical impact curves showed that the NLR had high standardized net benefit. In addition, the incidence of critical illness was 9.1% (1/11) for patients aged ≥ 50 and having an NLR < 3.13, and 50% (7/14) patients with age ≥ 50 and NLR ≥ 3.13 were predicted to develop critical illness. Based on the risk stratification of NLR according to age, this study has developed a COVID-19 pneumonia management process. Conclusions We found that NLR is a predictive factor for early-stage prediction of patients infected with COVID-19 who are likely to develop critical illness. Patients aged ≥ 50 and having an NLR ≥ 3.13 are predicted to develop critical illness, and they should thus have rapid access to an intensive care unit if necessary.

Continuous evolution of Omicron has led to a rapid and simultaneous emergence of numerous variants that display growth advantages over BA.5 (ref. 1). Despite their divergent evolutionary courses, mutations on their receptor-binding domain (RBD) converge on several hotspots. The driving force and destination of such sudden convergent evolution and its effect on humoral immunity remain unclear. Here we demonstrate that these convergent mutations can cause evasion of neutralizing antibody drugs and convalescent plasma, including those from BA.5 breakthrough infection, while maintaining sufficient ACE2-binding capability. BQ.1.1.10 (BQ.1.1 + Y144del), BA.4.6.3, XBB and CH.1.1 are the most antibody-evasive strains tested. To delineate the origin of the convergent evolution, we determined the escape mutation profiles and neutralization activity of monoclonal antibodies isolated from individuals who had BA.2 and BA.5 breakthrough infections2,3. Owing to humoral immune imprinting, BA.2 and especially BA.5 breakthrough infection reduced the diversity of the neutralizing antibody binding sites and increased proportions of non-neutralizing antibody clones, which, in turn, focused humoral immune pressure and promoted convergent evolution in the RBD. Moreover, we show that the convergent RBD mutations could be accurately inferred by deep mutational scanning profiles4,5, and the evolution trends of BA.2.75 and BA.5 subvariants could be well foreseen through constructed convergent pseudovirus mutants. These results suggest that current herd immunity and BA.5 vaccine boosters may not efficiently prevent the infection of Omicron convergent variants.

Letters30 March 2020SARS-CoV-2–Positive Sputum and Feces After Conversion of Pharyngeal Samples in Patients With COVID-19FREEChen Chen, PhD, Guiju Gao, MD, Yanli Xu, MD, Lin Pu, MD, Qi Wang, MD, Liming Wang, PhD, Wenling Wang, PhD, Yangzi Song, MS, Meiling Chen, MS, Linghang Wang, MD, PhD, Fengting Yu, MS, Siyuan Yang, MS, Yunxia Tang, PhD, Li Zhao, PhD, Huijuan Wang, PhD, Yajie Wang, PhD, Hui Zeng, MD, PhD, and Fujie Zhang, MD, PhDChen Chen, PhDBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), Guiju Gao, MDBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), Yanli Xu, MDBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), Lin Pu, MDBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), Qi Wang, MDBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), Liming Wang, PhDBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), Wenling Wang, PhDNHC Key Laboratory, National Institute for Viral Disease Control and Prevention, Chinese Center for Disease Control and Prevention, Beijing, China (W.W., L.Z., H.W.), Yangzi Song, MSBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), Meiling Chen, MSBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), Linghang Wang, MD, PhDBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), Fengting Yu, MSBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), Siyuan Yang, MSBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), Yunxia Tang, PhDBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), Li Zhao, PhDNHC Key Laboratory, National Institute for Viral Disease Control and Prevention, Chinese Center for Disease Control and Prevention, Beijing, China (W.W., L.Z., H.W.), Huijuan Wang, PhDNHC Key Laboratory, National Institute for Viral Disease Control and Prevention, Chinese Center for Disease Control and Prevention, Beijing, China (W.W., L.Z., H.W.), Yajie Wang, PhDBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), Hui Zeng, MD, PhDBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), and Fujie Zhang, MD, PhDBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.)Author, Article, and Disclosure Informationhttps://doi.org/10.7326/M20-0991 SectionsAboutVisual AbstractPDF ToolsAdd to favoritesDownload CitationsTrack CitationsPermissions ShareFacebookTwitterLinkedInRedditEmail Background: The outbreak of coronavirus disease 2019 (COVID-19) has become a global public health problem. In the absence of a specific therapy or vaccine, timely diagnosis and the establishment of a sufficient isolation period for infected individuals are critical to containment efforts. Real-time quantitative fluorescence polymerase chain reaction (RT-qPCR) testing of respiratory specimens for SARS-CoV-2 RNA is currently used for case diagnosis and to guide the duration of patient isolation or hospital discharge (1). Specimens that are positive on RT-qPCR have, however, also been reported from blood (2), feces (3), and urine (4). Whether testing of multiple body sites is important when considering patient isolation has not been thoroughly studied.Objective: To assess the results of RT-qPCR for SARS-CoV-2 RNA of sputum and fecal samples from a group of patients after conversion of their pharyngeal samples from positive to negative.Methods and Findings: We retrospectively identified a convenience sample of patients admitted to Beijing Ditan Hospital, Capital Medical University, with a diagnosis of COVID-19 and paired RT-qPCR testing of pharyngeal swabs with either sputum or feces samples. A diagnosis of COVID-19 required at least 2 RT-qPCR–positive pharyngeal swabs, and patients underwent treatments as well as initial and follow-up testing of pharyngeal, sputum, or fecal samples at the discretion of treating clinicians. Hospital discharge required meeting 4 criteria: afebrile for more than 3 days, resolution of respiratory symptoms, substantial improvement of chest computed tomographic findings, and 2 consecutive negative RT-qPCR tests for SARS-CoV-2 in respiratory samples obtained at least 24 hours apart (1). We report the findings of patients with at least 1 initial or follow-up RT-qPCR positive sputum or fecal sample obtained within 24 hours of a follow-up negative RT-qPCR pharyngeal sample. The RT-qPCR assay targeted the open reading frame 1ab (ORF1ab) region and nucleoprotein (N) gene with a negative control. A cycle threshold value of 37 or less was interpreted as positive for SARS-CoV-2, according to Chinese national guidelines.Among 133 patients admitted with COVID-19 from 20 January to 27 February 2020, we identified 22 with an initial or follow-up positive sputum or fecal sample paired with a follow-up negative pharyngeal sample. Of these patients, 18 were aged 15 to 65 years, and 4 were children; 14 were male; and 11 had a history of either travel to or exposure to an individual returning from Hubei Province in the past month. Fever was the most common initial onset symptom. Five patients had at least 1 preexisting medical condition (Table). All patients met criteria and were discharged from the hospital.Table. Characteristics of 22 Patients With Confirmed COVID-19 Who Had a Positive RT-qPCR Result for SARS-CoV-2 in Fecal and/or Sputum Samples After a Negative RT-qPCR Result on Pharyngeal SwabWe collected 545 specimens from 22 patients, including 209 pharyngeal swabs, 262 sputum samples, and 74 feces samples (Figure). In these patients, sputum and feces remained positive for SARS-CoV-2 on RT-qPCR up to 39 and 13 days, respectively, after the obtained pharyngeal samples were negative.Figure. Results of nucleic acid testing in 22 patients with confirmed COVID-19 infection, by timing of symptom onset.Infection was confirmed by RT-qPCR assay of pharyngeal swabs, sputum samples, and feces samples. Day 0 is the day of symptom onset for each patient. Patient 2 had RT-qPCR positive sputum samples after negative pharyngeal samples (although not paired within 24 hours); he was discharged from the hospital on the basis of sequential negative samples. N = negative; NA = not available; P = positive; RT-qPCR = real-time quantitative fluorescence polymerase chain reaction. Download figure Download PowerPoint Discussion: Pharyngeal swabs are widely used to determine the appropriateness of a patient's discharge from the hospital and whether isolation continues to be required. We observed 22 patients who had positive RT-qPCR results for SARS-CoV-2 in the sputum or feces after pharyngeal swabs became negative. These findings raise concern about whether patients with negative pharyngeal swabs are truly virus-free, or sampling of additional body sites is needed. It is important to emphasize, however, that it is not known whether the positive RT-qPCR results for SARS-CoV-2 observed here indicate that a patient continues to pose a risk for infection to others. Related, positive throat samples (after negative samples) after hospital discharge have been reported (5).Limitations of our study are that it is based on a convenience sample and that serial samples were not obtained from each patient on a defined schedule. These results warrant further study, including the systematic and simultaneous collection of samples from multiple body sites and evaluation of infectious risk.References1. China National Health Commission. Chinese Clinical Guidance For COVID-19 Pneumonia Diagnosis and Treatment. 7th ed. 4 March 2020. Accessed at http://kjfy.meetingchina.org/msite/news/show/cn/3337.html on 22 March 2020. Google Scholar2. Huang C, Wang Y, Li X, et al. Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. Lancet. 2020;395:497-506. [PMID: 31986264] doi:10.1016/S0140-6736(20)30183-5 CrossrefMedlineGoogle Scholar3. Wang W, Xu Y, Gao R, et al. Detection of SARS-CoV-2 in different types of clinical specimens. JAMA. 2020. [PMID: 32159775] doi:10.1001/jama.2020.3786 CrossrefMedlineGoogle Scholar4. Wang L, Li X, Chen H, et al. SARS-CoV-2 infection does not significantly cause acute renal injury: an analysis of 116 hospitalized patients with COVID-19 in a single hospital, Wuhan, China. medRxiv. 27 February 2020. Accessed at www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.19.20025288v1 on 24 March 2020. Google Scholar5. Lan L, Xu D, Ye G, et al. Positive RT-PCR test results in patients recovered from COVID-19. JAMA. 2020. [PMID: 32105304] doi:10.1001/jama.2020.2783 CrossrefMedlineGoogle Scholar Comments 0 Comments Sign In to Submit A Comment Neelesh GuptaUniversity of South Alabama Medical Center, Mobile, AL, USA1 April 2020 What about transmission Good to peruse this erudite study. The infectivity of sputum is of concern if the infection is air-borne like tuberculosis, and infectivity of stool is of concern only if the COVID-19 virus is not destroyed by gastric juices. Could authors shed light on these important issues. Disclosures: Nil Richard M Fleming, PhD, MD, JD (FHHI-OI-Camelot); Matthew R Fleming, BS, NRP (FHHI-OI-Camelot); Tapan K Chaudhuri, MD (Eastern Virginia Medical School)FHHI-OI-Camelot; Eastern Virginia Medical School31 March 2020 CoVid-19 Pneumonia Deaths - Exactly as defined - It's time to get serious about this! The deaths associated with CoVid-19 are exactly as we have previously defined and warned about [1].The inflammatory reaction precipitated by viruses - worsening coronary artery disease (CAD), cancer, and other chronic inflammatory diseases - was originally laid out in the mid-1990s, published in a Cardiology Textbook in 1999 [2] and later detailed on 20/20 [3] in 2004.The inflammatory changes, which occur within tissue can and must be measured to determine the severity of CoVid-19 pneumonia (CVP). FMTVDM must also be used if we are to measure the success or failure of proposed treatments for CVP [4-6] - directing individual patient treatment; saving time, money, resources and lives.You need only ask yourself if guessing is good enough [7] or should we be measuring treatment outcomes? Simply ask yourself, what would you want if the patient with CVP on a ventilator in a hospital were your friend or someone you loved?References:1. Fleming RM, Fleming MR, Chaudhuri TK. Hope and knowledge, after all, is very contagious – more contagious than this virus. 18 March 2020. BMJ 2020;368:m1087. https://www.bmj.com/content/368/bmj.m1087/rr 2. Fleming RM. Chapter 64. The Pathogenesis of Vascular Disease. Textbook of Angiology. John C. Chang Editor, Springer-Verlag New York, NY. 1999, pp. 787-798. doi:10.1007/978-1-4612-1190-7_64. 3. "Hidden Heart Disease. Could a simple, inexpensive test save your life?" 20/20 - ABC Network with Barbara Walters and Dr. Timothy Johnson 16 April 2004. https://www.youtube.com/watch?v=Hvb_Ced7KyA&t=22s 4. The Fleming Method for Tissue and Vascular Differentiation and Metabolism (FMTVDM) using same state single or sequential quantification comparisons. Patent Number 9566037. Issued 02/14/2017. 5. Mahase Elisabeth. Covid-19: what treatments are being investigated? BMJ 2020; 368:m1252 6. Sayburn Anna. Covid-19: trials of four potential treatments to generate "robust data" of what works BMJ 2020; 368 :m1206 7. Fleming RM, Fleming MR, Dooley WC, Chaudhuri TK. Invited Editorial. The Importance of Differentiating Between Qualitative, Semi-Quantitative and Quantitative Imaging – Close Only Counts in Horseshoes. Eur J Nucl Med Mol Imaging. 2020;47(4):753-755. DOI:10.1007/s00259-019-04668-y. Published online 17 January 2020 https://link.springer.com/article/10.1007/s00259-019- 04668-y https://rdcu.be/b22Dd Disclosures: FMTVDM issued to first author. Sheila Nguyen, MD(1), Srinivas R Vunnam, MD(2), Wallace H Greene, PhD(3), Rama Vunnam, MD(1)(1) Penn State Health Milton S. Hershey Medical Center, (2) University of Nebraska Medical Center, (3) Penn State College of Medicine14 July 2020 Time to advocate for Stool testing in hospitalized COVID-19 patients To the Editor: Dr. Chen and colleagues1 published on the detection of SARS-CoV-2 in the sputum or feces up to 39 and 13 days, respectively, after pharyngeal swabs became negative. This finding adds to growing evidence of prolonged viral shedding beyond the recommended isolation period for patients. To better understand fecal-oral and fecal-respiratory routes of transmission and to improve infection control strategies, we believe it's time to time to advocate for Stool testing in hospitalized COVID-19 patients. Existing data report increased prevalence of GI symptoms up to 12% of COVID-19 patients, with viral shedding observed in 40.5% of all patients2 . In a systematic review by Cheung et al., fecal viral shedding was reported in 70.3% of patients after respiratory specimens became negative3. Xiao et al. were able to isolate the SARS-CoV-2 virus from feces on two viral-RNA-positive patients, and the authors were able to show that the isolated virus was infectious to susceptible cells and could be neutralized by antibodies when the sample is exposed to the patient's serum4. This result may suggest evidence of fecal-oral transmission or fecal-respiratory transmission through aerosolized feces. Furthermore, on April 9, 2020 Food and Drug Administration (FDA) released a safety alert on the potential risk of transmission of SARS-CoV-2 by fecal microbiota for transplantation (FMT)5. Up-to-date isolation guidelines may be inadequate to mitigate the spread of infection in both clinical and community settings and thus we want to emphasize the following points: Despite the increased prevalence of GI symptoms and evolving evidence that prolonged viral shedding, to date, there is no FDA validated emergency use authorization (EUA) stool testing. Since the updated data on the increasing prevalence of GI symptoms, there has been no updated guideline from the Center for Disease Control (CDC), WHO or Gastroenterology societies on contact isolation for those patients with GI manifestations. Based on current data, we urge for the expansion of our testing of viral RNA detection to stool samples to understand viral shedding dynamics better. As hospitalists we recognize the limitations of current testing capabilities, feasibility to perform stool testing in all COVID-19 patients. However, a rigorous approach, such as stool testing in addition to nasopharyngeal swab testing to confirm disease recovery, may have implications, especially in moderate and severe covid-19 patients require hospitalization. Hospitalized patients who require gastrointestinal interventions, intraabdominal surgical procedures, and care transition, discharging patients to long term or short term health facilities. REFERENCES: Chen C, Gao G, Xu Y, et al. SARS-CoV-2-Positive Sputum and Feces After Conversion of Pharyngeal Samples in Patients With COVID-19. Annals of internal medicine. 2020;172(12):832-834. Parasa S, Desai M, Thoguluva Chandrasekar V, et al. Prevalence of Gastrointestinal Symptoms and Fecal Viral Shedding in Patients With Coronavirus Disease 2019: A Systematic Review and Meta-analysis. JAMA Network Open. 2020;3(6):e2011335-e2011335. Cheung KS, Hung IFN, Chan PPY, et al. Gastrointestinal Manifestations of SARS-CoV-2 Infection and Virus Load in Fecal Samples From a Hong Kong Cohort: Systematic Review and Meta-analysis. Gastroenterology. 2020. Xiao F, Sun J, Xu Y, et al. Infectious SARS-CoV-2 in Feces of Patient with Severe COVID-19. Emerg Infect Dis. 2020;26(8). Administration USFD. Information Pertaining to Additional Safety Protections Regarding Use of Fecal Microbiota for Transplantation - Screening Donors for COVID-19 and Exposure to SARS-CoV-2 and Testing for SARS-CoV-2. 2020, April 09; https://www.fda.gov/vaccines-blood-biologics/safety-availability-biologics/safety-alert-regarding-use-fecal-microbiota-transplantation-and-additional-safety-protections. Disclosures: NA Chen Chen, PhD, Liming Wang, PhD, Pengcheng Du, PhD, Hui Zeng, MD, Fujie Zhang, MDInstitute of Infectious Diseases, Beijing Ditan Hospital, Capital Medical University, Beijing27 July 2020 Time to advocate for stool testing in hospitalized COVID-19 patients. Thank you for your comments and continuous interest in our study. In addition to our observation on the positive test of SARS-CoV-2 in feces, authors noticed that the virus was isolated from feces and present as a high prevalence 1. Thus, it is important to understand the fecal-oral and fecal respiratory routes of transmission. Currently, the commonly recognized transmission route of COVID-19 is through droplets by airway breathing and close contact via contaminated hands2. Several recent outbreaks provided the contaminant food may also cause the infection, especially the reemergence of SARS-CoV-2 in Beijings Xinfadi Wholesale Market after 56 days silent of the virus3. Sparking concern that salmon could be contaminated with the deadly virus, and whether SARS-CoV-2 could transmitted from fish to humans is unclear. These evidences raised the potential risk of fecal-oral and fecal-respiratory transmitted routes in addition to respiratory route of SARS-CoV-2. There is dearth evidence to support the fecal-oral or fecal-respiratory transmission yet. Limited data of epidemic surveillance of SARS-CoV-2 in feces has been illustrated4. In our hospital, lack of the human source in clinic, the epidemic surveillance of SARS-CoV-2 in feces is still not carried out. However, there are increasing studies reporting GI manifestations among patients infected with COVID-19 especially among those who turned to be negative in pharyngeal swabs suggesting that the SARS-CoV-2 in not only confined to the lung but also to the other parts of respiratory tract and gastrointestinal system5. In addition, our recent study demonstrated two SARS-CoV-2 variant types co-infected in one patient, but might lead to different organs, subsequently. The further tropism of SARS-CoV-2 in gastrointestinal tract and respiratory tract should be cared for. These mutants of virus might play important roles for virus to evade the host immunity under different immune selective pressure. We agree it is time to conduct more research on exploration of consolidate evidence to support the establishment of other transmission route other than respiratory transmission. Under current situation without consolidate evidence of fecal-oral or fecal-respiratory transmission, stools monitoring is necessary to either for the confirmation of disease recovery or for the determination of the isolation. REFERENCES: Parasa S, Desai M, Thoguluva Chandrasekar V, et al. Prevalence of Gastrointestinal Symptoms and Fecal Viral Shedding in Patients With Coronavirus Disease 2019: A Systematic Review and Meta-analysis. JAMA Network Open. 2020; 3(6):e2011335-e2011335. Zhang R, Li Y, Zhang AL, Wang Y, et al. Identifying airborne transmission as the dominant route for the spread of COVID-19. Proceedings of the National Academy of sciences. 2020; 117(26):202009637. Bhowmick GD, Dhar D, Nath D, et al. Coronavirus disease 2019 (COVID-19) outbreak: some serious consequences with urban and rural water cycle. npj Clean Water. 2020. Wenjie Tan, Peihua Niu, Xiang Zhao, et al. Reemergent Cases of COVID-19 — Xinfadi Wholesales Market, Beijing Municipality, China, June 11, 2020[J]. China CDC Weekly, 2020, 2(27): 502-504. doi: 10.46234/ccdcw2020.132. Xiao F, Tang M, Zheng X, Li C, Shan H. Evidence for gastrointestinal infection of SARS-CoV-2. Gastroenterology. 2020; 158(6):1831-3. Author, Article, and Disclosure InformationAuthors: Chen Chen, PhD; Guiju Gao, MD; Yanli Xu, MD; Lin Pu, MD; Qi Wang, MD; Liming Wang, PhD; Wenling Wang, PhD; Yangzi Song, MS; Meiling Chen, MS; Linghang Wang, MD, PhD; Fengting Yu, MS; Siyuan Yang, MS; Yunxia Tang, PhD; Li Zhao, PhD; Huijuan Wang, PhD; Yajie Wang, PhD; Hui Zeng, MD, PhD; Fujie Zhang, MD, PhDAffiliations: Beijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.)NHC Key Laboratory, National Institute for Viral Disease Control and Prevention, Chinese Center for Disease Control and Prevention, Beijing, China (W.W., L.Z., H.W.)Note: Authors indicated with an asterisk (Drs. C. Chen, G. Gao, Y. Xu, L. Pu, Q. Wang, L. Wang, and W. Wang) contributed equally to this article. Authors indicated with a dagger (Drs. H. Zeng and F. Zhang) were co–senior authors of the article.Acknowledgment: The authors thank all health care workers involved in the diagnosis and treatment of patients in China. They also thank Professor Ang Li for guidance in study design and coordination.Financial Support: This work is funded by Beijing Science and Technology Commission.Disclosures: Authors have disclosed no conflicts of interest. Forms can be viewed at www.acponline.org/authors/icmje/ConflictOfInterestForms.do?msNum=M20-0991.Reproducible Research Statement:Study protocol, statistical code, and data set: Available from Dr. Fujie Zhang (e-mail, treatment@chinaaids.cn) and Dr. Hui Zeng (e-mail, zenghui@ccmu.edu.cn).This article was published at Annals.org on 30 March 2020. PreviousarticleNextarticle Advertisement FiguresReferencesRelatedDetails Metrics Cited byBioaerosols as emerging sustainability indicatorsQuantitative SARS-CoV-2 exposure assessment for workers in wastewater treatment plants using Monte-Carlo simulationTracking community infection dynamics of COVID-19 by monitoring SARS-CoV-2 RNA in wastewater, counting positive reactions by qPCRAssessment of thermal and temporal stability of SARS-CoV-2 samples using real-time qRT-PCRCorrelation between wastewater and COVID-19 case incidence rates in major California sewersheds across three variant periodsDetection of Monkeypox Using Modified ResNet50Interlaboratory comparison using inactivated SARS-CoV-2 variants as a feasible tool for quality control in COVID-19 wastewater monitoringApplication of Pre-Trained CNN Methods to Identify COVID-19 Pneumonia from Chest X-RayDuration of Replication-Competent Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Shedding Among Patients With Severe or Critical Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)Post-COVID-19 cholangiopathy: A systematic reviewCOVID-19 surveillance in wastewater: An epidemiological tool for the monitoring of SARS-CoV-2Implementation of a National Wastewater Surveillance System in France as a Tool to Support Public Authorities During the Covid Crisis: The Obepine ProjectDuration of SARS-CoV-2 RNA positivity from various specimens and clinical characteristics in patients with COVID-19: a systematic review and meta-analysisClinical and epidemiological investigation of a child with asymptomatic COVID-19 infection following reoccurrenceCRISPR-based systems for sensitive and rapid on-site COVID-19 diagnosticsA Systematic Review on Tracheostomy in COVID-19 Patients: Current Guidelines and Safety MeasuresHigh prevalence of SARS-CoV-2 detection and prolonged viral shedding in stools: A systematic review and cohort studyHigh prevalence of SARS-CoV-2 detection and prolonged viral shedding in stools: A systematic review and cohort studyPredictors of intensive care unit admission and mortality in SARS-CoV-2 infection: A cross sectional study at a tertiary care hospitalTherapeutic Targeting of Innate Immune Receptors Against SARS-CoV-2 InfectionStrategies for Scaling up SARS-CoV-2 Molecular Testing CapacityThe importance of fecal nucleic acid detection in patients with coronavirus disease (COVID‐19): A systematic review and meta‐analysisEarly warning of a COVID-19 surge on a university campus based on wastewater surveillance for SARS-CoV-2 at residence hallsOn male urination and related environmental disease transmission in restrooms: From the perspectives of fluid dynamicsNetwork Pharmacology and Bioinformatics Analyses Identify Intersection Genes of Vitamin D3 and COVID-19 as Potential Therapeutic TargetsFerrate (VI), Fenton Reaction and Its Modification: An Effective Method of Removing SARS-CoV-2 RNA from Hospital WastewaterReview and Meta‐Analysis: SARS‐CoV‐2 and Enveloped Virus Detection in Feces and WastewaterAdvances in laboratory detection methods and technology application of SARS‐CoV‐2Percutaneous tracheostomy in COVID-19 patients: a new apneic approachCOVID-19 Diagnosis from Chest X-ray Images Using a Robust Multi-Resolution Analysis Siamese Neural Network with Super-Resolution Convolutional Neural NetworkWMR-DepthwiseNet: A Wavelet Multi-Resolution Depthwise Separable Convolutional Neural Network for COVID-19 DiagnosisTrue or false: what are the factors that influence COVID-19 diagnosis by RT-qPCR?The Public Health Governance of the COVID-19 Pandemic: A Bibliometric AnalysisPerformance Analysis of Convolutional Neural Network Architectures for the Identification of COVID-19 from Chest X-ray ImagesGlobal internet search trends related to gastrointestinal symptoms predict regional COVID-19 outbreaksExperimental Models of SARS-COV-2 Infection in the Central Nervous SystemFeatures of capsule endoscopy in COVID‐19 patients with a six‐month follow‐up: A prospective observational studyPrevention of pulmonary complications in sedated patients undergoing interventional procedures in the nonoperating room anesthesia settingPortable and visual assays for the detection of SARS‐CoV‐2Can SARS-CoV-2 be transmitted via faeces?COVID-19 Detection Model on Chest CT Scan and X-ray Images Using VGG16 Convolutional Neural NetworkCOVID-19 wastewater epidemiology: a model to estimate infected populationsGuidelines for otorhinolaryngologists and head neck surgeons in coronavirus disease 2019 pandemicStandardized preservation, extraction and quantification techniques for detection of fecal SARS-CoV-2 RNASensitive detection and quantification of SARS-CoV-2 in salivaDetection of three pandemic causing coronaviruses from non-respiratory samples: systematic review and meta-analysisViral Infectivity in Patients Undergoing Tracheotomy With COVID‐19: A Preliminary StudyPrepNet: A Convolutional Auto-Encoder to Homogenize CT Scans for Cross-Dataset Medical Image AnalysisDetection of COVID-19 on Lung CT Images Using Semi Supervised LearningTransfer Learning Based Method for Automatic COVID-19 Cases Detection in Chest X-Ray ImagesTransmission of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 via fecal-oral: Current knowledgeUsing new technicque in sigmoid volvulus surgery in patients affected by COVID19Data-driven estimation of COVID-19 community prevalence through wastewater-based epidemiologyCurrent State and Future of Infection Prevention in EndoscopyTracheostomy in COVID-19 Pandemic EraddPCR increases detection of SARS-CoV-2 RNA in patients with low viral loadsWhat GI Physicians Need to Know During COVID-19 PandemicCritical appraisal of the mechanisms of gastrointestinal and hepatobiliary infection by COVID-19Molecular Epidemiology of SARS-CoV-2 in Diverse Environmental Samples GloballySewage Systems Surveillance for SARS-CoV-2: Identification of Knowledge Gaps, Emerging Threats, and Future Research NeedsCross-validation of ELISA and a portable surface plasmon resonance instrument for IgG antibody serology with SARS-CoV-2 positive individualsSARS-CoV-2 (COVID-19), viral load and clinical outcomes; lessons learned one year into the pandemic: A systematic reviewBronchoscopy during the COVID-19 pandemic: A Canadian Thoracic Society position statementReal-world SARS CoV-2 testing in Northern England during the first wave of the COVID-19 pandemicAnimal Transmission of SARS-CoV-2 and the Welfare of Animals during the COVID-19 PandemicFirst surveillance of SARS-CoV-2 and organic tracers in community wastewater during post lockdown in Chennai, South India: Methods, occurrence and concurrenceSafety and protection in endoscopic services during phase II of COVID-19 pandemic: a national surveySARS-CoV-2 Viral Shedding and Transmission Dynamics: Implications of WHO COVID-19 Discharge GuidelinesManagement of tracheostomy in COVID-19 patients: The Japanese experienceEarly and consecutive RT-PCR tests with both oropharyngeal swabs and sputum could improve testing yield for patients with COVID-19: An observation cohort study in ChinaConcordance of Upper and Lower Respiratory Tract Samples for SARS-CoV-2 in Pediatric Patients: Research LetterWastewater-Based Epidemiology as an Early Warning System for the Spreading of SARS-CoV-2 and Its Mutations in the PopulationSeveral forms of SARS-CoV-2 RNA can be detected in wastewaters: Implication for wastewater-based epidemiology and risk assessmentRisk factors for SARS-CoV-2 re-positivity in COVID-19 patients after dischargeA novel percutaneous tracheostomy technique to reduce aerosolisation during the COVID-19 pandemic: A description and case seriesTracheostomy During the COVID‐19 Pandemic: Comparison of International Perioperative Care Protocols and Practices in 26 CountriesRole of wastewater treatment in COVID-19 controlComparative analysis of various clinical specimens in detection of SARS-CoV-2 using rRT-PCR in new and follow up cases of COVID-19 infection: Quest for the best choiceTwo cases of COVID‐19 with positive salivary and negative pharyngeal or respiratory swabs at hospital discharge: A rising concernInfection with SARS-CoV-2 in primary care health care workers assessed by antibody testingStability of SARS‐CoV‐2 and other coronaviruses in the environment and on common touch surfaces and the influence of climatic conditions: A reviewCOVID-19: Test, Test and TestAn overview of the effect of bioaerosol size in coronavirus disease 2019 transmissionChest CT for rapid triage of patients in multiple emergency departments during COVID-19 epidemic: experience report from a large French university hospitalAntibody response and the clinical presentation of patients with COVID-19 in Croatia: the importance of a two-step testing approachProlonged viral shedding of SARS-CoV-2 in an immunocompromised patientDetection profile of SARS‐CoV‐2 using RT‐PCR in different types of clinical specimens: A systematic review and meta‐analysisDiarrhea and altered inflammatory cytokine pattern in severe coronavirus disease 2019: Impact on disease course and in‐hospital mortalitySARS-CoV-2 RNA in Wastewater Settled Solids Is Associated with COVID-19 Cases in a Large Urban SewershedA review on human body fluids for the diagnosis of viral infections: scope for rapid detection of COVID-19Gastrointestinal Manifestations of COVID-19Gastrointestinal Manifestations of COVID-19Is recurrence possible in coronavirus disease 2019 (COVID-19)? Case series and systematic review of literatureRecurrence of SARS-CoV-2 viral RNA in recovered COVID-19 patients: a narrative reviewAnalysis of sputum/tracheal aspirate and nasopharyngeal samples for SARS-CoV-2 detection by laboratory-developed test and Panther Fusion systemGenetics and genomics of SARS-CoV-2: A review of the literature with the special focus on genetic diversity and SARS-CoV-2 genome detectionInsights into the management of anorectal disease in the coronavirus 2019 disease eraMass screening of COVID-19 cases by sputum testing: An Indian perspectiveEnvironmental virus detection associated with asymptomatic SARS-CoV-2-infected individuals with positive anal swabsDiagnostic Tests for COVID-19The gut microbiome of COVID-19 recovered patients returns to uninfected status in a minority-dominated United States cohortDischarged COVID‐19 patients testing positive again for SARS‐CoV‐2 RNA: A minireview of published studies from ChinaPediatric Endoscopy During the COVID‐19 PandemicEvaluation of lockdown effect on SARS-CoV-2 dynamics through viral genome quantification in waste water, Greater Paris, France, 5 March to 23 April 2020SARS-CoV-2: The Growing Case for Potential Transmission in a Building via Wastewater Plumbing SystemsMichael Gormley, PhD, CEngSummary of the Detection Kits for SARS-CoV-2 Approved by the National Medical Products Administration of China and Their Application for Diagnosis of COVID-19MINERVA: A Facile Strategy for SARS-CoV-2 Whole-Genome Deep Sequencing of Clinical SamplesMolecular and serological characterization of SARS-CoV-2 infection among COVID-19 patientsAutomatic Detection of COVID-19 Disease in Chest X-Ray Images using Deep Neural NetworksAt what times during infection is SARS-CoV-2 detectable and no longer detectable using RT-PCR-based tests? A systematic review of individual participant dataWastewater-Based Epidemiology (WBE) and Viral Detection in Polluted Surface Water: A Valuable Tool for COVID-19 Surveillance—A Brief ReviewGenomic surveillance of COVID-19 cases in BeijingSevere acute respiratory syndrome coronavirus‐2 infection and the gut–liver axisProteomics and Informatics for Understanding Phases and Identifying Biomarkers in COVID-19 DiseaseDifferences of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Shedding Duration in Sputum and Nasopharyngeal Swab Specimens Among Adult Inpatients With Coronavirus Disease 2019SARS CoV-2 Detection From Upper and Lower Respiratory Tract SpecimensLimited effectiveness of systematic screening by nasopharyngeal RT-PCR of medicalized nursing home staff after a first case of COVID-19 in a residentComment on: Abdominal fluid samples (negative for SARS-CoV-2) from a critically unwell patient with respiratory COVID-19Analytical and Clinical Evaluation of the Automated Elecsys Anti–SARS-CoV-2 Antibody Assay on the Roche cobas e602 AnalyzerImplementation of environmental surveillance for SARS-CoV-2 virus to support public health decisions: Opportunities and challengesThe Yield and Consistency of the Detection of SARS-CoV-2 in Multiple Respiratory SpecimensSystematic review with meta‐analysis: SARS‐CoV‐2 stool testing and the potential for faecal‐oral transmissionObservations about symptomatic and asymptomatic infections of 494 patients with COVID-19 in Shanghai, ChinaThe Use of Bronchoscopy During the Coronavirus Disease 2019 PandemicSARS-CoV-2 detection in different respiratory sites: A systematic review and meta-analysisCOVID-19 and Advanced Practice Registered Nurses: Frontline UpdateOropharyngeal Secretion as Alternative for SARS-CoV-2 DetectionCOVID‐19: Focus on the lungs but do not forget the gastrointestinal tractIncidence and Persistence of Viral Shedding in COVID-19 Post-acute Patients With Negativized Pharyngeal Swab: A Systematic ReviewImpact of the COVID-19 pandemic on Gastroenterology Divisions in Italy: A national surveyImpact of SARS-CoV-2 on a high volume endoscopy center in ItalyDetection of SARS-CoV-2 RNA in fecal specimens of patients with confirmed COVID-19: A meta-analysisCOVID-19 paraclinical diagnostic tools: Updates and future trendsRe-Detectable Positive RT-PCR Test Results in Recovered COVID-19 Patients: The Potential Role of ACE2Challenges in the management of patients with systemic light chain (AL) amyloidosis during the COVID‐19 pandemicCluster of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) in the French Alps, February 2020Extent of infectious SARS-CoV-2 aerosolisation as a result of oesophagogastroduodenoscopy or colonoscopyClinical Best Practice Advice for Hepatology and Liver Transplant Providers During the COVID‐19 Pandemic: AASLD Expert Panel Consensus StatementDetect to protect: pneumoperitoneum gas samples for SARS-CoV-2 and biohazard testingTracheostomy in the COVID-19 era: global and multidisciplinary guidanceManifestations and prognosis of gastrointestinal and liver involvement in patients with COVID-19: a systematic review and meta-analysisMask wearing in pre-symptomatic patients prevents SARS-CoV-2 transmission: An epidemiological analysisIs SARS-CoV-2 Also an Enteric Pathogen With Potential Fecal–Oral Transmission? A COVID-19 Virological and Clinical ReviewCOVID-19 Serosurveillance May Facilitate Return-to-Work DecisionsFecal‐oral transmission of COVID‐19Delivering Safe and Effective Hemodialysis in Patients with Suspected or Confirmed COVID-19 Infection: A Single-Center Perspective from ItalyUpdate for Anaesthetists on Clinical Features of COVID-19 Patients and Relevant ManagementCOVID-19 Detection Through Transfer Learning Using Multimodal Imaging DataCOVID-19 Control by Computer Vision Approaches: A SurveyCOVID-19: A 2020 update 16 June 2020Volume 172, Issue 12 Page: 832-834 Keywords COVID-19 Patients Polymerase chain reaction Prevention, policy, and public health RNA Sputum Statistical data Thorax Urine Vaccines ePublished: 30 March 2020 Issue Published: 16 June 2020 Copyright & PermissionsCopyright © 2020 by American College of Physicians. All Rights Reserved.PDF downloadLoading ...

Abstract Multiple BA.4 and BA.5 subvariants with R346 mutations on the spike glycoprotein have been identified in various countries, such as BA.4.6/BF.7 harboring R346T, BA.4.7 harboring R346S, and BA.5.9 harboring R346I. These subvariants, especially BA.4.6, exhibit substantial growth advantages compared to BA.4/BA.5. In this study, we showed that BA.4.6, BA.4.7, and BA.5.9 displayed higher humoral immunity evasion capability than BA.4/BA.5, causing 1.5 to 1.9-fold decrease in NT50 of the plasma from BA.1 and BA.2 breakthrough-infection convalescents compared to BA.4/BA.5. Importantly, plasma from BA.5 breakthrough-infection convalescents also exhibits significant neutralization activity decrease against BA.4.6, BA.4.7, and BA.5.9 than BA.4/BA.5, showing on average 2.4 to 2.6-fold decrease in NT50. For neutralizing antibody drugs, Bebtelovimab remains potent, while Evusheld is completely escaped by these subvariants. Together, our results rationalize the prevailing advantages of the R346 mutated BA.4/BA.5 subvariants and urge the close monitoring of these mutants, which could lead to the next wave of the pandemic.

Abstract The recent emergence of a SARS-CoV-2 saltation variant, BA.2.87.1, which features 65 spike mutations relative to BA.2, has attracted worldwide attention. In this study, we elucidate the antigenic characteristics and immune evasion capability of BA.2.87.1. Our findings reveal that BA.2.87.1 is more susceptible to XBB-induced humoral immunity compared to JN.1. Notably, BA.2.87.1 lacks critical escaping mutations in the receptor binding domain (RBD) thus allowing various classes of neutralizing antibodies (NAbs) that were escaped by XBB or BA.2.86 subvariants to neutralize BA.2.87.1, although the deletions in the N-terminal domain (NTD), specifically 15-23del and 136-146del, compensate for the resistance to humoral immunity. Interestingly, several neutralizing antibody drugs have been found to restore their efficacy against BA.2.87.1, including SA58, REGN-10933 and COV2-2196. Hence, our results suggest that BA.2.87.1 may not become widespread until it acquires multiple RBD mutations to achieve sufficient immune evasion comparable to that of JN.1.

Background: Systemic contact dermatitis (SCD) is an allergic inflammatory skin disease. We report that 3 family members developed SCD after exposing to laundry detergent containing benzalkonium chloride, which is rare. SCD caused by benzalkonium chloride has been reported. However, Similar symptoms in the whole family caused by it have not been reported yet. In our case, a 36-year-old man was diagnosed as SCD, and his symptoms had not controlled after 7 days treatment, until he stopped dressing the clothes washed by the laundry detergent containing benzalkonium chloride. It was interesting that both his wife and the daughter developed SCD successively, and they have not exposed to any haptens besides the benzalkonium chloride in the laundry detergent. Methods: Dermoscopic examination showed bright-red background, focal branching vessels and white scales. HE staining from the lesion revealed hyperkeratosis and parakeratosis, focal subcorneal microabscess, ocal hyperkeratosis, koilocyte in the epidermis, and erythrocyte extravasation, fibroplasia, hyaline degeneration and scattered aggregates of lymphocytes in the dermis. Then path test was performed 1 month after recovery with benzalkonium chloride 0.05% and 0.1% in petrolatum. Results: Stop the laundry detergent containing benzalkonium chloride. The symptoms had controlled after they stopped the laundry detergent containing benzalkonium chloride. Conclusion: The case highlights that benzalkonium chloride with very low concentration and repeated exposure may be an active agent of SCD. It is of the utmost importance to pay close attention to patients presenting with similar symptoms within the family. A thorough examination of the medical history is essential to determine the underlying cause.

The ongoing evolution of SARS-CoV-2 continues to challenge the global immune barrier established by infections and vaccine boosters. Recently, the emergence and dominance of the JN.1 lineage over XBB variants have prompted a reevaluation of current vaccine strategies. Despite the demonstrated effectiveness of XBB-based vaccines against JN.1, concerns persist regarding the durability of neutralizing antibody (NAb) responses against evolving JN.1 subvariants. In this study, we compared the humoral immunogenicity of XBB and JN.1 lineage infections in human subjects with diverse immune histories to understand the antigenic and immunogenic distinctions between these variants. Similar to observations in naive mice, priming with XBB and JN.1 in humans without prior SARS-CoV-2 exposure results in distinct NAb responses, exhibiting minimal cross-reactivity. Importantly, breakthrough infections (BTI) with the JN.1 lineage induce 5.9-fold higher neutralization titers against JN.1 compared to those induced by XBB BTI. We also observed notable immune evasion of recently emerged JN.1 sublineages, including JN.1+R346T+F456L, with KP.3 showing the most pronounced decrease in neutralization titers by both XBB and JN.1 BTI sera. These results underscore the challenge posed by the continuously evolving SARS-CoV-2 JN.1 and support the consideration of switching the focus of future SARS-CoV-2 vaccine updates to the JN.1 lineage.

Abstract The continuous emergence of highly immune evasive SARS-CoV-2 variants, like XBB.1.5 1,2 and XBB.1.16 3,4 , highlights the need to update COVID-19 vaccine compositions. However, immune imprinting induced by wildtype (WT)-based vaccination would compromise the antibody response to Omicron-based boosters 5-9 . Vaccination strategies that can counter immune imprinting are critically needed. In this study, we investigated the degree and dynamics of immune imprinting in mouse models and human cohorts, especially focusing on the role of repeated Omicron stimulation. Our results show that in mice, the efficacy of single Omicron-boosting is heavily limited by immune imprinting, especially when using variants antigenically distinct from WT, like XBB, while the concerning situation could be largely mitigated by a second Omicron booster. Similarly, in humans, we found that repeated Omicron infections could also alleviate WT-vaccination-induced immune imprinting and generate high neutralizing titers against XBB.1.5 and XBB.1.16 in both plasma and nasal mucosa. By isolating 781 RBD-targeting mAbs from repeated Omicron infection cohorts, we revealed that double Omicron exposure alleviates immune imprinting by generating a large proportion of highly matured and potent Omicron-specific antibodies. Importantly, epitope characterization using deep mutational scanning (DMS) showed that these Omicron-specific antibodies target distinct RBD epitopes compared to WT-induced antibodies, and the bias towards non-neutralizing epitopes observed in single Omicron exposures due to imprinting was largely restored after repeated Omicron stimulation, together leading to a substantial neutralizing epitope shift. Based on the DMS profiles, we identified evolution hotspots of XBB.1.5 RBD and demonstrated the combinations of these mutations could further boost XBB.1.5’s immune-evasion capability while maintaining high ACE2 binding affinity. Our findings suggest the WT component should be abandoned when updating COVID-19 vaccine antigen compositions to XBB lineages, and those who haven’t been exposed to Omicron yet should receive two updated vaccine boosters.

Abstract SARS-CoV-2 ancestral strain-induced immune imprinting poses great challenges to vaccine updates. Studies showed that repeated Omicron exposures could override immune imprinting induced by inactivated vaccines but not mRNA vaccines, a disparity yet to be understood. Here, we analyzed the underlying mechanism of immune imprinting alleviation in inactivated vaccine (CoronaVac) cohorts. We observed in CoronaVac-vaccinated individuals who experienced BA.5/BF.7 breakthrough infection (BTI), the proportion of Omicron-specific memory B cells (MBCs) substantially increased after an extended period post-Omicron BTI, with their antibodies displaying enhanced somatic hypermutation and neutralizing potency. Consequently, the neutralizing antibody epitope distribution encoded by MBCs post-BA.5/BF.7 BTI after prolonged maturation closely mirrors that in BA.5/BF.7-infected unvaccinated individuals. Together, these results indicate the activation and expansion of Omicron-specific naïve B cells generated by first-time Omicron exposure helped to alleviate CoronaVac-induced immune imprinting, and the absence of this process should have caused the persistent immune imprinting seen in mRNA vaccine recipients. Highlights Longitudinal MBC profiling of CoronaVac-vaccinated individuals following BA.5 BTI Omicron-specific MBC proportion rises greatly after extended period post-BA.5 BTI Omicron-specific naive B cell maturation reduces ancestral strain immune imprinting