Background & AimsCholangiocarcinoma, the second most common liver cancer, can be classified as intrahepatic cholangiocarcinoma (ICC) or extrahepatic cholangiocarcinoma. We performed an integrative genomic analysis of ICC samples from a large series of patients.MethodsWe performed a gene expression profile, high-density single-nucleotide polymorphism array, and mutation analyses using formalin-fixed ICC samples from 149 patients. Associations with clinicopathologic traits and patient outcomes were examined for 119 cases. Class discovery was based on a non-negative matrix factorization algorithm and significant copy number variations were identified by Genomic Identification of Significant Targets in Cancer (GISTIC) analysis. Gene set enrichment analysis was used to identify signaling pathways activated in specific molecular classes of tumors, and to analyze their genomic overlap with hepatocellular carcinoma (HCC).ResultsWe identified 2 main biological classes of ICC. The inflammation class (38% of ICCs) is characterized by activation of inflammatory signaling pathways, overexpression of cytokines, and STAT3 activation. The proliferation class (62%) is characterized by activation of oncogenic signaling pathways (including RAS, mitogen-activated protein kinase, and MET), DNA amplifications at 11q13.2, deletions at 14q22.1, mutations in KRAS and BRAF, and gene expression signatures previously associated with poor outcomes for patients with HCC. Copy number variation–based clustering was able to refine these molecular groups further. We identified high-level amplifications in 5 regions, including 1p13 (9%) and 11q13.2 (4%), and several focal deletions, such as 9p21.3 (18%) and 14q22.1 (12% in coding regions for the SAV1 tumor suppressor). In a complementary approach, we identified a gene expression signature that was associated with reduced survival times of patients with ICC; this signature was enriched in the proliferation class (P < .001).ConclusionsWe used an integrative genomic analysis to identify 2 classes of ICC. The proliferation class has specific copy number alterations, activation of oncogenic pathways, and is associated with worse outcome. Different classes of ICC, based on molecular features, therefore might require different treatment approaches. Cholangiocarcinoma, the second most common liver cancer, can be classified as intrahepatic cholangiocarcinoma (ICC) or extrahepatic cholangiocarcinoma. We performed an integrative genomic analysis of ICC samples from a large series of patients. We performed a gene expression profile, high-density single-nucleotide polymorphism array, and mutation analyses using formalin-fixed ICC samples from 149 patients. Associations with clinicopathologic traits and patient outcomes were examined for 119 cases. Class discovery was based on a non-negative matrix factorization algorithm and significant copy number variations were identified by Genomic Identification of Significant Targets in Cancer (GISTIC) analysis. Gene set enrichment analysis was used to identify signaling pathways activated in specific molecular classes of tumors, and to analyze their genomic overlap with hepatocellular carcinoma (HCC). We identified 2 main biological classes of ICC. The inflammation class (38% of ICCs) is characterized by activation of inflammatory signaling pathways, overexpression of cytokines, and STAT3 activation. The proliferation class (62%) is characterized by activation of oncogenic signaling pathways (including RAS, mitogen-activated protein kinase, and MET), DNA amplifications at 11q13.2, deletions at 14q22.1, mutations in KRAS and BRAF, and gene expression signatures previously associated with poor outcomes for patients with HCC. Copy number variation–based clustering was able to refine these molecular groups further. We identified high-level amplifications in 5 regions, including 1p13 (9%) and 11q13.2 (4%), and several focal deletions, such as 9p21.3 (18%) and 14q22.1 (12% in coding regions for the SAV1 tumor suppressor). In a complementary approach, we identified a gene expression signature that was associated with reduced survival times of patients with ICC; this signature was enriched in the proliferation class (P < .001). We used an integrative genomic analysis to identify 2 classes of ICC. The proliferation class has specific copy number alterations, activation of oncogenic pathways, and is associated with worse outcome. Different classes of ICC, based on molecular features, therefore might require different treatment approaches.

Donors after cardiac death (DCD) suffer irreversible cardiac arrest prior to donation. We describe our liver transplant experience with DCD whose cardiac arrest is unexpected, not following the removal of ventilatory support, whom we maintain with normothermic extracorporeal membrane oxygenation (NECMO). A potential donor goes into cardiac arrest outside the hospital and is brought to the hospital under continuous cardiopulmonary resuscitation (CPR). The donor is declared dead and placed on a cardiocompressor. Femoral vessels are cannulated and connected to cardiopulmonary bypass (CPB) to establish NECMO. Blood parameters and CPB pump flow are monitored throughout NECMO, which is continued until cold preservation. From April 2002 to May 2006, 10 of 40 potential DCD livers were transplanted. Only one graft was lost to primary nonfunction (PNF) and another to hepatic artery thrombosis. Posttransplant hepatic function was good. Certain parameters, such as CPR and NECMO times, hepatic transaminases during NECMO, and donor age, determined the viability of DCD liver grafts and were used to establish criteria for their acceptance. Though considered marginal, unexpected DCD can represent an important source of viable livers for transplant if strict acceptance criteria are employed and they are maintained with NECMO prior to recovery.

Ex vivo Fusion Confocal Microscopy (eFuCM) is a promising new technique for real-time histological diagnosis, requiring minimal tissue preparation and avoiding tissue waste. This study aimed to evaluate the feasibility of eFuCM in identifying key liver biopsy lesions and patterns, and to assess the impact of eFuCM reading experience on diagnostic accuracy. Twenty-three fresh liver biopsies were analyzed using eFuCM to produce H&E-like digital images, which were reviewed by two pathologists and compared with a conventional H&E diagnosis. The liver architecture was clearly visible on the eFuCM images. Pathologist 1, with no prior eFuCM experience, achieved a substantial agreement with the H&E diagnosis (κ = 0.65), while Pathologist 2, with eFuCM experience, reached almost perfect agreement (κ = 0.88). However, lower agreement levels were found in the evaluation of inflammation. Importantly, tissue preparation for eFuCM did not compromise subsequent conventional histological processing. These findings suggest that eFuCM has great potential as a time- and material-saving tool in liver pathology, though its diagnostic accuracy improves with pathologist experience, indicating that there is a learning curve related to its use.