Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
YC
Yanling Chen
Author with expertise in Genomic Selection in Plant and Animal Breeding
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
6
(67% Open Access)
Cited by:
1,695
h-index:
27
/
i10-index:
76
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

The sequence and de novo assembly of the giant panda genome

Ruiqiang Li et al.Dec 13, 2009
Using next-generation sequencing technology alone, we have successfully generated and assembled a draft sequence of the giant panda genome. The assembled contigs (2.25 gigabases (Gb)) cover approximately 94% of the whole genome, and the remaining gaps (0.05 Gb) seem to contain carnivore-specific repeats and tandem repeats. Comparisons with the dog and human showed that the panda genome has a lower divergence rate. The assessment of panda genes potentially underlying some of its unique traits indicated that its bamboo diet might be more dependent on its gut microbiome than its own genetic composition. We also identified more than 2.7 million heterozygous single nucleotide polymorphisms in the diploid genome. Our data and analyses provide a foundation for promoting mammalian genetic research, and demonstrate the feasibility for using next-generation sequencing technologies for accurate, cost-effective and rapid de novo assembly of large eukaryotic genomes. The genome of the giant panda — specifically of the female Beijing Olympics mascot Jingjing — has been determined using short-read sequencing technology, a first for such a complex genome. It consists of some 2.4 billion DNA base pairs, compared to 3 billion in humans, and contains around 21,000 protein-encoding genes, similar to the human genome. Genomic diversity reflected in the sequence is high, raising hopes that despite a population of only about 2,500, conservation efforts can keep the species from extinction. Intriguingly, the panda appears to have all the genes needed for a carnivorous digestive system but lacks digestive cellulase genes. It may therefore depend on its gut microbiome to handle its famously limited bamboo diet. Taste may be a diet-limiting factor: loss of function of the T1R1 gene means that pandas may not experience the umami taste associated with high-protein foods. Technical aspects of this work pave the way for the use of next-generation sequencing for rapid de novo assembly of large eukaryotic genomes. Here, a draft sequence of the giant panda genome is assembled using next-generation sequencing technology alone. Genome analysis reveals a low divergence rate in comparison with dog and human genomes and insights into panda-specific traits; for example, the giant panda's bamboo diet may be more dependent on its gut microbiome than its own genetic composition.
0
Citation1,164
0
Save
0

Baicalin inhibits biofilm formation, attenuates the quorum sensing-controlled virulence and enhances Pseudomonas aeruginosa clearance in a mouse peritoneal implant infection model

Jing Luo et al.Apr 28, 2017
The quorum sensing (QS) circuit plays a role in the precise regulation of genes controlling virulence factors and biofilm formation in Pseudomonas aeruginosa. QS-controlled biofilm formation by Pseudomonas aeruginosa in clinical settings has remained controversial due to emerging drug resistance; therefore, screening diverse compounds for anti-biofilm or anti-QS activities is important. This study demonstrates the ability of sub-minimum inhibitory concentrations (sub-MICs) of baicalin, an active natural compound extracted from the traditional Chinese medicinal Scutellaria baicalensis, to inhibit the formation of Pseudomonas aeruginosa biofilms and enhance the bactericidal effects of various conventional antibiotics in vitro. In addition, baicalin exerted dose-dependent inhibitory effects on virulence phenotypes (LasA protease, LasB elastase, pyocyanin, rhamnolipid, motilities and exotoxin A) regulated by QS in Pseudomonas aeruginosa. Moreover, the expression levels of QS-regulatory genes, including lasI, lasR, rhlI, rhlR, pqsR and pqsA, were repressed after sub-MIC baicalin treatment, resulting in significant decreases in the QS signaling molecules 3-oxo-C12-HSL and C4-HSL, confirming the ability of baicalin-mediated QS inhibition to alter gene and protein expression. In vivo experiments indicated that baicalin treatment reduces Pseudomonas aeruginosa pathogenicity in Caenorhabditis elegans. Greater worm survival in the baicalin-treated group manifested as an increase in the LT50 from 24 to 96 h. In a mouse peritoneal implant infection model, baicalin treatment enhanced the clearance of Pseudomonas aeruginosa from the implants of mice infected with Pseudomonas aeruginosa compared with the control group. Moreover, the combination of baicalin and antibiotics significantly reduced the numbers of colony-forming units in the implants to a significantly greater degree than antibiotic treatment alone. Pathological and histological analyses revealed mitigation of the inflammatory response and reduced cell infiltration in the peritoneal tissue surrounding the implants after baicalin treatment. Measurement of the cytokine levels in the peritoneal lavage fluid of mice in the baicalin treatment group revealed a decrease in IL-4, an increase in interferon γ (IFN-γ), and a reversed IFN-γ/IL-4 ratio compared with the control group, indicating that baicalin treatment activated the Th1-induced immune response to expedite bacterial load clearance. Based on these results, baicalin might be a potent QS inhibitor and anti-biofilm agent for combating Pseudomonas aeruginosa biofilm-related infections.
0
Citation255
0
Save
0

Effects of hormone sources on developmental competence of oocytes by ovum pickup in Japanese black cattle

Zhihui Liu et al.Aug 1, 2024
Japanese Black (Wagyu) cattle donors were primed with different protocols and sources of follicle-stimulating hormone (FSH) for successive ovum pickup (OPU) and embryo development after in vitro fertilization (IVF). Following OPU, retrieved cumulus oocyte complexes (COCs) were subjected to IVF, and resulting blastocysts were transferred into recipients to evaluate implantation capability. Experiment 1: The best blastocyst development (45.3 %) and embryo yields (5.0/donor/OPU) were found with oocytes retrieved from donors treated with FSH (STIMUFOL®, Belgium) at a dosage of 150 IU per donor, compared to two others commercial FSH sources. Experiment 2: There were no differences in embryo development or yield with STIMUFOL FSH (total FSH 150 IU/donor) at a priming duration of either 60-h (Regime 1, six FSH injections) or 36-h (Regime 2, four FSH injections). Experiment 3: Compacted COCs required 22–26-h maturation in vitro (IVM) before IVF for optimal blastocyst development (36.1–41.1 %); however, short (18-h) and prolonged (30-h) IVM duration resulted in lower embryonic development. In contrast, expanded COCs resulted in inferior blastocyst development compared to compacted COCs. Immunofluorescence microscopy revealed that the ratio of 89.8 % cumulus compacted COCs were at the germinal vesicle (pachytene) phase while 98.9 % cumulus expanded COCs went through spontaneous meiosis from meiotic metaphase I, anaphase I, telophase I to metaphase II upon OPU retrieval (P<0.05). Pregnancy rates were not different among three FSH sources or different FSH treatments as long as embryos reached the blastocyst stage. Our study found that different sources of FSH used for Wagyu donor priming prior to OPU resulted in differential embryo development potentials, but those embryos that reached out to blastocysts had a competent implantation ability.
0

Lipidomics and transcriptomics analysis revealed the role of the spleen of Nile tilapia (Oreochromis niloticus) in lipid metabolism

Yixi Tao et al.Jun 6, 2024
In fish, the development of the spleen is not as perfect as that of higher vertebrates, but it has the same functions that the spleen should have. Up to date, research on fish spleen is mostly focused on its immune function, and the roles and mechanisms of spleen in the regulation of fish metabolism are still unclear. For this purpose, we established a spleen-deficient model of Nile tilapia (Oreochromis niloticus) by splenectomy and integrated lipidomics and transcriptomics to study the changes and mechanisms of lipid metabolism in splenectomy tilapia so as to understand the effect of spleen on lipid metabolism in tilapia. We found that splenectomy can lead to lipid deposition in the liver of tilapia, significant changes in liver and serum lipid mass spectrometry, abnormal lipid metabolism, decreased anti-oxidative stress ability, and being more prone to lipid toxicity and fatty liver. Combined with the results of transcriptomics, we found that splenectomy resulted in down-regulation of differentially expressed genes in "cellular iron ion homeostasis," "extracellular region," "small molecule binding," and "TGF-beta signaling pathway," and iron metabolism-related genes such as tfa, bmp2b, bmp6, hamp, and slc40a1, etc. were closely related to differential lipid changes. Therefore, it is speculated that the abnormal lipid metabolism in tilapia after splenectomy is closely related to iron metabolism, and its molecular mechanism may be related to the hepcidin regulatory pathway—BMP-SMAD signaling pathway. This study can provide a new understanding of the relationship and mechanism between immune and nutritional metabolism in fish and also provide new ideas for the study of fish hepatic diseases.