Map interpretation remains a critical step in solving the structure of a macromolecule. Errors introduced at this early stage may persist throughout crystallographic refinement and result in an incorrect structure. The normally quoted crystallographic residual is often a poor description for the quality of the model. Strategies and tools are described that help to alleviate this problem. These simplify the model-building process, quantify the goodness of fit of the model on a per-residue basis and locate possible errors in peptide and side-chain conformations.

The structure of the ternary complex consisting of yeast phenylalanyl-transfer RNA (Phe-tRNA Phe ), Thermus aquaticus elongation factor Tu (EF-Tu), and the guanosine triphosphate (GTP) analog GDPNP was determined by x-ray crystallography at 2.7 angstrom resolution. The ternary complex participates in placing the amino acids in their correct order when messenger RNA is translated into a protein sequence on the ribosome. The EF-Tu-GDPNP component binds to one side of the acceptor helix of Phe-tRNA Phe involving all three domains of EF-Tu. Binding sites for the phenylalanylated CCA end and the phosphorylated 5′ end are located at domain interfaces, whereas the T stem interacts with the surface of the β-barrel domain 3. The binding involves many conserved residues in EF-Tu. The overall shape of the ternary complex is similar to that of the translocation factor, EF-G-GDP, and this suggests a novel mechanism involving "molecular mimicry" in the translational apparatus.

Any errors that occur in a crystallographic project usually will be found before publication. Often, if an error has been made, the project will stall and there will be no publication. Introducing a serious error in a model can be different. This chapter discusses the kinds of error that might be made and why these errors are made. It discusses some of the features of the crystallographic model-building program O. Real errors in models occur with frequencies that are, fortunately, inversely proportional to the seriousness of the error. Building a molecular model from electron density is a complicated process. During the interpretation of an electron-density map, the basic function of the molecular graphics program is to assist the scientist in imagining, and then remembering, the three-dimensional folding and features of the structure. Thus, it is important to be able to change the model quickly and not to be interrupted by the details of operating a computer program. To facilitate the rapid building and rebuilding of molecular models, O incorporates autobuild options, allowing the user to create a molecular structure quickly from a rough three-dimensional sketch. This has the drawback of possibly making it even easier to build a wrong structure.

Elongation factor Tu (EF-Tu) is a GTP-binding protein that is crucial for protein biosynthesis. In the GTP form of the molecule, EF-Tu binds tightly to aminoacyl-tRNA, forming a ternary complex that interacts with the ribosomal acceptor site. During this interaction, GTP is hydrolyzed, and EF-Tu.GDP is ejected.The crystal structure of EF-Tu from Thermus aquaticus, complexed to the GTP analogue GDPNP, has been determined at 2.5 A resolution and compared to the structure of Escherichia coli EF-Tu.GDP. During the transition from the GDP (inactive) to the GTP (active) form, domain 1, containing the GTP-binding site, undergoes internal conformational changes similar to those observed in ras-p21. In addition, a dramatic rearrangement of domains is observed, corresponding to a rotation of 90.8 degrees of domain 1 relative to domains 2 and 3. Residues that are affected in the binding of aminoacyl-tRNA are found in or near the cleft formed by the domain interface.GTP binding by EF-Tu leads to dramatic conformational changes which expose the tRNA binding site. It appears that tRNA binding to EF-Tu induces a further conformational change, which may affect the GTPase activity.