Purpose Severe toxicity is commonly observed in cancer patients receiving irinotecan. UDP-glucuronosyltransferase 1A1 (UGT1A1) catalyzes the glucuronidation of the active metabolite SN-38. This study prospectively evaluated the association between the prevalence of severe toxicity and UGT1A1 genetic variation. Patients and Methods Sixty-six cancer patients with advanced disease refractory to other treatments received irinotecan 350 mg/m 2 every 3 weeks. Toxicity and pharmacokinetic data were measured during cycle 1. UGT1A1 variants (−3279G>T, −3156G>A, promoter TA indel, 211G>A, 686C>A) were genotyped. Results The prevalence of grade 4 neutropenia was 9.5%. Grade 4 neutropenia was much more common in patients with the TA indel 7/7 genotype (3 of 6 patients; 50%) compared with 6/7 (3 of 24 patients; 12.5%) and 6/6 (0 of 29 patients; 0%) (P = .001). The TA indel genotype was significantly associated with the absolute neutrophil count nadir (7/7 < 6/7 < 6/6, P = .02). The relative risk of grade 4 neutropenia was 9.3 (95% CI, 2.4 to 36.4) for the 7/7 patients versus the rest of the patients. Pretreatment total bilirubin levels (mean ± standard deviation) were significantly higher in patients with grade 4 neutropenia (0.83 ± 0.08 mg/dL) compared to those without grade 4 neutropenia (0.47 ± 0.03 mg/dL; P < .001). The −3156G>A variant seemed to distinguish different phenotypes of total bilirubin within the TA indel genotypes. The −3156 genotype and the SN-38 area under the concentration versus time curve were significant predictors of ln(absolute neutrophil count nadir; r 2 = 0.51). Conclusion UGT1A1 genotype and total bilirubin levels are strongly associated with severe neutropenia, and could be used to identify cancer patients predisposed to the severe toxicity of irinotecan. The hypothesis that the −3156G>A variant is a better predictor of UGT1A1 status than the previously reported TA indel requires further testing.

ACMG previously developed recommendations for standards for interpretation of sequence variations. We now present the updated revised recommendations. Here, we describe six interpretative categories of sequence variations: (1) sequence variation is previously reported and is a recognized cause of the disorder; (2) sequence variation is previously unreported and is of the type which is expected to cause the disorder; (3) sequence variation is previously unreported and is of the type which may or may not be causative of the disorder; (4) sequence variation is previously unreported and is probably not causative of disease; (5) sequence variation is previously reported and is a recognized neutral variant; and (6) sequence variation is previously not known or expected to be causative of disease, but is found to be associated with a clinical presentation. We emphasize the importance of appropriate reporting of sequence variations using standardized terminology and established databases, and of clearly reporting the limitations of sequence-based testing. We discuss follow-up studies that may be used to ascertain the clinical significance of sequence variations, including the use of additional tools (such as predictive software programs) that may be useful in variant classification. As more information becomes available allowing the interpretation of a new sequence variant, it is recommended that the laboratory amend previous reports and provide updated results to the physician. The ACMG strongly recommends that the clinical and technical validation of sequence variation detection be performed in a CLIA-approved laboratory and interpreted by a board-certified clinical molecular geneticist or equivalent.

Background

 Submicroscopic deletions in 14q12 spanning FOXG1 or intragenic mutations have been reported in patients with a developmental disorder described as a congenital variant of Rett syndrome. This study aimed to further characterise and delineate the phenotype of FOXG1 mutation positive patients. 

Method

 The study mapped the breakpoints of a 2;14 translocation by fluorescence in situ hybridisation and analysed three chromosome rearrangements in 14q12 by cytogenetic analysis and/or array comparative genomic hybridisation. The FOXG1 gene was sequenced in 210 patients, including 129 patients with unexplained developmental disorders and 81 MECP2 mutation negative individuals. 

Results

 One known mutation, seen in two patients, and nine novel mutations of FOXG1 including two deletions, two chromosome rearrangements disrupting or displacing putative cis-regulatory elements from FOXG1, and seven sequence changes, are reported. Analysis of 11 patients in this study, and a further 15 patients reported in the literature, demonstrates a complex constellation of features including mild postnatal growth deficiency, severe postnatal microcephaly, severe mental retardation with absent language development, deficient social reciprocity resembling autism, combined stereotypies and frank dyskinesias, epilepsy, poor sleep patterns, irritability in infancy, unexplained episodes of crying, recurrent aspiration, and gastro-oesophageal reflux. Brain imaging studies reveal simplified gyral pattern and reduced white matter volume in the frontal lobes, corpus callosum hypogenesis, and variable mild frontal pachgyria. 

Conclusions

 These findings have significantly expanded the number of FOXG1 mutations and identified two affecting possible cis-regulatory elements. While the phenotype of the patients overlaps both classic and congenital Rett syndrome, extensive clinical evaluation demonstrates a distinctive and clinically recognisable phenotype which the authors suggest designating as the FOXG1 syndrome.

Objective: Repeat expansions in RFC1 and DAB1 have recently been identified as causing cerebellar ataxia, neuropathy, and vestibular areflexia syndrome (CANVAS) and spinocerebellar ataxia 37 (SCA37), respectively. We evaluated the prevalence of these repeat-expansions in an undiagnosed ataxia cohort from the United States. Methods: A cohort of 596 patients with undiagnosed familial or sporadic cerebellar ataxia were evaluated at a tertiary referral ataxia center and excluded for common genetic causes of cerebellar ataxia. Patients were then screened for the presence of pathogenic repeat expansions in RFC1 (AAGGG) and DAB1 (ATTTC) using fluorescent repeat primed polymerase chain reaction (RP-PCR). Two additional undiagnosed ataxia cohorts from different centers, totaling 96 and 13 patients respectively, were subsequently screened for RFC1 resulting in a combined 705 subjects tested. Results: In the initial cohort, 42 samples were identified with one expanded allele in the RFC1 gene (7.0%), and 9 had two expanded alleles (1.5%). For the additional cohorts, we found 12 heterozygous samples (12.5%) and 7 biallelic samples (7.3%) in the larger cohort, and 1 heterozygous sample (7.7%) and 3 biallelic samples (23%) in the second. In total, 19 patients were identified with biallelic repeat expansions in RFC1 (2.7%). Of these 19 patients, 6 (32%) had a clinical diagnosis of CANVAS, 10 had cerebellar ataxia with neuropathy (53%), and 3 had spinocerebellar ataxia (16%). No patients were identified with expansions in the DAB1 gene. Conclusion: In a large undiagnosed ataxia cohort from the United States, biallelic pathogenic repeat expansion in RFC1 was observed in 2.7%. Testing should be strongly considered in ataxia patients, especially those with CANVAS or neuropathy.

Abstract Hepatitis C virus (HCV) is a leading cause of chronic viral hepatitis. The use of neutralizing antibodies could be a more effective therapeutic option. Previously we reported the discovery of a novel epitope at the C terminus of HCV-E2 protein, that induced potent neutralizing antibodies in the infected patients. Furthermore, monoclonal antibodies generated against this epitope could also significantly reduce virus replication in a cell culture system. In this study, we have focused on the generation of single chain variable fragments of this unique neutralizing monoclonal antibody A8A11 raised against the conserved epitope. The nucleotide sequence of the neutralizing monoclonal antibody A8A11 was determined and the scFv gene was constructed followed by cloning into the expression plasmid for recombinant protein expression. The scFv mimicked the antibody in binding to the hepatitis C virus like particles (HCV-LP). As expected, the scFv inhibited HCV-LP binding to hepatocytes and could effectively reduce viral replication in the cell culture system. More importantly, scFv A8A11 could restrict serum HCV RNA levels in HCV-infected chimeric mice harboring human hepatocytes. Results provide a basis for developing a promising scFv-based entry inhibitor, which could be more effective against viruses refractory to drugs targeting viral enzymes.

Use of adulterants at various stages of transportation from farm to consumers is a common practice to prolong storage life of fresh or chilled fish. In Assam, use of formalin (formaldehyde in water) has been suspected in imported fish to prolong its shelf life and prevent spoilage. In order to test this practice, ICAR-CIFRI conducted a case study in three wholesale fish markets of Guwahati for detection of formaldehyde during November 2023 and May 2024. One out of six muscle samples that were collected from local fish was found to have traces of formaldehyde but below the method detection level (BDL). So, this can be considered as safe for human health and considered as naturally produced during post-mortem degradation. On the contrary, fishes imported from Andhra Pradesh or West Bengal did not have any traces of formaldehyde, which might be due to quick harvest and icing practice before transportation. This implies that if fishes are kept under iced condition immediately after harvesting, formaldehyde will not be naturally produced in fish. Monitoring of fish samples coming to Assam from other states needs to be carried out on regular interval to build confidence among the consumers. It is necessary to build infrastructure/ laboratory with state-of-the-art facilities for detection of contaminants including pathogens that poses risk to the human health.