We created a visualization tool called Circos to facilitate the identification and analysis of similarities and differences arising from comparisons of genomes. Our tool is effective in displaying variation in genome structure and, generally, any other kind of positional relationships between genomic intervals. Such data are routinely produced by sequence alignments, hybridization arrays, genome mapping, and genotyping studies. Circos uses a circular ideogram layout to facilitate the display of relationships between pairs of positions by the use of ribbons, which encode the position, size, and orientation of related genomic elements. Circos is capable of displaying data as scatter, line, and histogram plots, heat maps, tiles, connectors, and text. Bitmap or vector images can be created from GFF-style data inputs and hierarchical configuration files, which can be easily generated by automated tools, making Circos suitable for rapid deployment in data analysis and reporting pipelines.

Marco Marra and colleagues identify somatic mutations in EZH2 in diffuse large B-cell lymphomas and follicular lymphomas. EZH2 is a histone methyltransferase that participates in trimethylation of H3 Lys27 (H3K27) as part of the PRC2 complex. The mutations alter a single tyrosine residue in the SET domain of EZH2 and reduce the ability of PRC2 to trimethylate H3K27 in vitro. Follicular lymphoma (FL) and the GCB subtype of diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) derive from germinal center B cells1. Targeted resequencing studies have revealed mutations in various genes encoding proteins in the NF-κB pathway2,3 that contribute to the activated B-cell (ABC) DLBCL subtype, but thus far few GCB-specific mutations have been identified4. Here we report recurrent somatic mutations affecting the polycomb-group oncogene5 EZH2, which encodes a histone methyltransferase responsible for trimethylating Lys27 of histone H3 (H3K27). After the recent discovery of mutations in KDM6A (UTX), which encodes the histone H3K27me3 demethylase UTX, in several cancer types6, EZH2 is the second histone methyltransferase gene found to be mutated in cancer. These mutations, which result in the replacement of a single tyrosine in the SET domain of the EZH2 protein (Tyr641), occur in 21.7% of GCB DLBCLs and 7.2% of FLs and are absent from ABC DLBCLs. Our data are consistent with the notion that EZH2 proteins with mutant Tyr641 have reduced enzymatic activity in vitro.

Abstract

 We report that human secretory breast carcinoma (SBC), a rare subtype of infiltrating ductal carcinoma, expresses the ETV6-NTRK3 gene fusion previously cloned in pediatric mesenchymal cancers. This gene fusion encodes a chimeric tyrosine kinase with potent transforming activity in fibroblasts. ETV6-NTRK3 expression was confirmed in 12 (92%) of 13 SBC cases, but not in other ductal carcinomas. Retroviral transfer of ETV6-NTRK3 (EN) into murine mammary epithelial cells resulted in transformed cells that readily formed tumors in nude mice. Phenotypically, tumors produced glands and expressed epithelial antigens, confirming that EN transformation is compatible with epithelial differentiation. This represents a recurrent chromosomal rearrangement and expression of a dominantly acting oncogene as a primary event in human breast carcinoma.