ABSTRACT A multilocus sequence typing (MLST) system was developed for group B streptococcus (GBS). The system was used to characterize a collection ( n = 152) of globally and ecologically diverse human strains of GBS that included representatives of capsular serotypes Ia, Ib, II, III, V, VI, and VIII. Fragments (459 to 519 bp) of seven housekeeping genes were amplified by PCR for each strain and sequenced. The combination of alleles at the seven loci provided an allelic profile or sequence type (ST) for each strain. A subset of the strains were characterized by restriction digest patterning, and these results were highly congruent with those obtained with MLST. There were 29 STs, but 66% of isolates were assigned to four major STs. ST-1 and ST-19 were significantly associated with asymptomatic carriage, whereas ST-23 included both carried and invasive strains. All 44 isolates of ST-17 were serotype III clones, and this ST appeared to define a homogeneous clone that was strongly associated with neonatal invasive infections. The finding that isolates with different capsular serotypes had the same ST suggests that recombination occurs at the capsular locus. A web site for GBS MLST was set up and can be accessed at http://sagalactiae.mlst.net. The GBS MLST system offers investigators a valuable typing tool that will promote further investigation of the population biology of this organism.

The identification of clones within bacterial populations is often taken as evidence for a low rate of recombination, but the validity of this inference is rarely examined. We have used statistical tests of congruence between gene trees to examine the extent and significance of recombination in six bacterial pathogens. For Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, and Staphylococcus aureus, the congruence between the maximum likelihood trees reconstructed using seven house-keeping genes was in most cases no better than that between each tree and trees of random topology. The lack of congruence between gene trees in these four species, which include both naturally transformable and nontransformable species, is in three cases supported by high ratios of recombination to point mutation during clonal diversification (estimates of this parameter were not possible for Strep. pyogenes). In contrast, gene trees constructed for Hemophilus influenzae and pathogenic isolates of Escherichia coli showed a higher degree of congruence, suggesting lower rates of recombination. The impact of recombination therefore varies between bacterial species but in many species is sufficient to obliterate the phylogenetic signal in gene trees.

Abstract Summary: The 32-bit Windows application START is implemented using Visual Basic and C++ and performs analyses to aid in the investigation of bacterial population structure using multilocus sequence data. These analyses include data summary, lineage assignment, and tests for recombination and selection. Availability: START is available at http://outbreak.ceid.ox.ac.uk/software.htm. Contact: keith.jolley@ceid.ox.ac.uk * To whom correspondence should be addressed.

Multi-locus sequence typing (MLST) is a method of typing that facilitates the discrimination of microbial isolates by comparing the sequences of housekeeping gene fragments. The mlstdbNet software enables the implementation of distributed web-accessible MLST databases that can be linked widely over the Internet. The software enables multiple isolate databases to query a single profiles database that contains allelic profile and sequence definitions. This separation enables isolate databases to be established by individual laboratories, each customised to the needs of the particular project and with appropriate access restrictions, while maintaining the benefits of a single definitive source of profile and sequence information. Databases are described by an XML file that is parsed by a Perl CGI script. The software offers a large number of ways to query the databases and to further break down and export the results generated. Additional features can be enabled by installing third-party (freely available) tools. Development of a distributed structure for MLST databases offers scalability and flexibility, allowing participating centres to maintain ownership of their own data, without introducing duplication and data integrity issues.

Fifty years after Stoll published his 'This Wormy World' article, the global prevalence of infections with intestinal nematodes remains virtually unchanged. The main species involved are Ascaris lumbricoides, Trichuris trichiura and hookworms, and there are now approximately one billion infections with each of these, worldwide. Given these large numbers, Man-Suen Chan here focuses on attempting to quantify the disease burden caused by these infections, using a recently formulated method of calculating disability-adjusted life years (DALYs). Using a mathematical model, it is estimated that approximately 70% of this burden can be prevented in high-prevalence communities by treating schoolchildren alone. Programmes targeted at schoolchildren have been shown to be extremely cost-effective, and hence this provides a realistic approach for combating these infections in the future.