Robin Gasser and his colleagues report the whole-genome sequence of Schistosoma haematobium. They include comparisons to the genome sequences of S. mansoni and S. japonicum, the two other species that cause schistosomiasis in humans. Schistosomiasis is a neglected tropical disease caused by blood flukes (genus Schistosoma; schistosomes) and affecting 200 million people worldwide1. No vaccines are available, and treatment relies on one drug, praziquantel2. Schistosoma haematobium has come into the spotlight as a major cause of urogenital disease, as an agent linked to bladder cancer1,3 and as a predisposing factor for HIV/AIDS4,5. The parasite is transmitted to humans from freshwater snails1. Worms dwell in blood vessels and release eggs that become embedded in the bladder wall to elicit chronic immune-mediated disease6 and induce squamous cell carcinoma7. Here we sequenced the 385-Mb genome of S. haematobium using Illumina-based technology at 74-fold coverage and compared it to sequences from related parasites8,9. We included genome annotation based on function, gene ontology, networking and pathway mapping. This genome now provides an unprecedented resource for many fundamental research areas and shows great promise for the design of new disease interventions.

ADVERTISEMENT RETURN TO ISSUEPREVArticleNEXTThe Total Synthesis of Cephalosporin C1R. B. Woodward, K. Heusler, J. Gosteli, P. Naegeli, W. Oppolzer, R. Ramage, S. Ranganathan, and H. VorbrüggenCite this: J. Am. Chem. Soc. 1966, 88, 4, 852–853Publication Date (Print):February 1, 1966Publication History Published online1 May 2002Published inissue 1 February 1966https://doi.org/10.1021/ja00956a051RIGHTS & PERMISSIONSArticle Views3888Altmetric-Citations312LEARN ABOUT THESE METRICSArticle Views are the COUNTER-compliant sum of full text article downloads since November 2008 (both PDF and HTML) across all institutions and individuals. These metrics are regularly updated to reflect usage leading up to the last few days.Citations are the number of other articles citing this article, calculated by Crossref and updated daily. Find more information about Crossref citation counts.The Altmetric Attention Score is a quantitative measure of the attention that a research article has received online. Clicking on the donut icon will load a page at altmetric.com with additional details about the score and the social media presence for the given article. Find more information on the Altmetric Attention Score and how the score is calculated. Share Add toView InAdd Full Text with ReferenceAdd Description ExportRISCitationCitation and abstractCitation and referencesMore Options Share onFacebookTwitterWechatLinked InReddit PDF (226 KB) Get e-Alertsclose Get e-Alerts

The genome of the common roundworm Ascaris suum, a major parasite in many parts of the world, has now been sequenced. Analyses reveal many genes that encode peptidases linked to the penetration and degradation of host tissues, as well as molecules likely to modulate or evade host immune responses. The availability of this genome sequence should contribute towards the development of new therapeutic interventions against ascariasis and other nematode infections. Parasitic diseases have a devastating, long-term impact on human health, welfare and food production worldwide. More than two billion people are infected with geohelminths, including the roundworms Ascaris (common roundworm), Necator and Ancylostoma (hookworms), and Trichuris (whipworm), mainly in developing or impoverished nations of Asia, Africa and Latin America1. In humans, the diseases caused by these parasites result in about 135,000 deaths annually, with a global burden comparable with that of malaria or tuberculosis in disability-adjusted life years1. Ascaris alone infects around 1.2 billion people and, in children, causes nutritional deficiency, impaired physical and cognitive development and, in severe cases, death2. Ascaris also causes major production losses in pigs owing to reduced growth, failure to thrive and mortality2. The Ascaris–swine model makes it possible to study the parasite, its relationship with the host, and ascariasis at the molecular level. To enable such molecular studies, we report the 273 megabase draft genome of Ascaris suum and compare it with other nematode genomes. This genome has low repeat content (4.4%) and encodes about 18,500 protein-coding genes. Notably, the A. suum secretome (about 750 molecules) is rich in peptidases linked to the penetration and degradation of host tissues, and an assemblage of molecules likely to modulate or evade host immune responses. This genome provides a comprehensive resource to the scientific community and underpins the development of new and urgently needed interventions (drugs, vaccines and diagnostic tests) against ascariasis and other nematodiases.

To infect their mammalian hosts, Fasciola hepatica larvae must penetrate and traverse the intestinal wall of the duodenum, move through the peritoneum, and penetrate the liver. After migrating through and feeding on the liver, causing extensive tissue damage, the parasites move to their final niche in the bile ducts where they mature and produce eggs. Here we integrated a transcriptomics and proteomics approach to profile Fasciola secretory proteins that are involved in host-pathogen interactions and to correlate changes in their expression with the migration of the parasite. Prediction of F. hepatica secretory proteins from 14,031 expressed sequence tags (ESTs) available from the Wellcome Trust Sanger Centre using the semiautomated EST2Secretome pipeline showed that the major components of adult parasite secretions are proteolytic enzymes including cathepsin L, cathepsin B, and asparaginyl endopeptidase cysteine proteases as well as novel trypsin-like serine proteases and carboxypeptidases. Proteomics analysis of proteins secreted by infective larvae, immature flukes, and adult F. hepatica showed that these proteases are developmentally regulated and correlate with the passage of the parasite through host tissues and its encounters with different host macromolecules. Proteases such as FhCL3 and cathepsin B have specific functions in larvae activation and intestinal wall penetration, whereas FhCL1, FhCL2, and FhCL5 are required for liver penetration and tissue and blood feeding. Besides proteases, the parasites secrete an array of antioxidants that are also highly regulated according to their migration through host tissues. However, whereas the proteases of F. hepatica are secreted into the parasite gut via a classical endoplasmic reticulum/Golgi pathway, we speculate that the antioxidants, which all lack a signal sequence, are released via a non-classical trans-tegumental pathway.

Over the past two decades, awareness has grown about the wide-ranging applications of genomic technologies in human health and beyond.1 This awareness was further heightened during the coronavirus disease (COVID-19) pandemic, which underscored the critical role of genomics while revealing global disparities in its adoption and benefit sharing. Recognising the potential of genomics and its associated implementation challenges, the World Health Organization (WHO) Science Council produced its inaugural report2 in 2022, outlining a roadmap to accelerate access to genomic technologies and their applications, particularly in low- and middle-income countries (LMICs).

1 Abstract The assembly of reference-quality, chromosome-level genomes for both model and novel eukaryotic organisms is an increasingly achievable task for single research teams. However, the broad variety of sequencing technologies, assembly algorithms, and post-assembly processing tools currently available means that there is no clear consensus on a best-practice computational protocol for eukaryotic de novo genome assembly. An ever-increasing field of algorithms and packages with unique parameters, setup requirements, and environments makes it difficult for groups to pick up and test new tools, despite potential benefits. Here, we present a comprehensive Snakemake-based pipeline for eukaryotic genome assembly, Pyro , to further assist future de novo assembly and benchmarking projects. Pyro combines 20 assembly and eight polishing packages, comprising 30 different assembly approaches and up to 48 different polishing approaches in combination. These are available across Illumina short-read, Nanopore and PacBio CLR long-read technologies in one container, complete with data preparation, quality metric calculation and result reporting. We demonstrate Pyro effectiveness by running Pyro on publicly available Illumina, Nanopore and PacBio CLR read sets for Arabidopsis thaliana , producing 12 candidate assembly options with minimal initial input or configuration, each with extremely high contiguity and completeness. Pyro is highly customizable to expert needs, while also providing an accessible suggested set of tools for more casual users based on simple inputs. Pyro is available as a Singularity container suitable for execution on any Unix-compatible OS, and is freely available on GitHub ( https://github.com/genomeassembler/pyro ). This pipeline provides a one-stop solution for a variety of de novo eukaryotic genome assembly needs, and will also assist in the assessment of new tools as a convenient benchmark-generating platform.

Abstract Introduction Transient receptors are related to oral cancer pain. Previously capsaicin (TRPV1 agonist) was shown to induce cell death in oral cancer cells. We hypothesised that these receptors are present in oral cancer. Method We examined the presence of cannabinoid receptors (CB1 and CB2) and targets (TRPV1, TRPA1, Ca V 3.1, Ca V 3.2, Ca V 3.3) via quantitative polymerase chain reaction (qPCR) in oral cancer cells SCC4, SCC9, SCC25, Cal27, and normal oral cell line OKF6. Result Cannabinoid receptors are absent in all the cell lines, while TRPA1 is only present in normal cells, but absent in all the oral cancer cell lines. Voltage-gated calcium channels are present in all the cell lines. Conclusion and Future Aspects TRPA1 could be the possible future prognostic indicator of oral squamous cell carcinoma. Future functionality assays could use precancerous cell lines to follow the loss of TRPA1.

Abstract The assembly of reference-quality, chromosome-resolution genomes for both model and novel eukaryotic organisms is an increasingly achievable task for single research teams. However, the overwhelming abundance of sequencing technologies, assembly algorithms, and post-assembly processing tools currently available means that there is no clear consensus on a best-practice computational protocol for eukaryotic de novo genome assembly. Here, we provide a comprehensive benchmark of 28 state-of-the-art assembly and polishing packages, in various combinations, when assembling two eukaryotic genomes using both next-generation (Illumina HiSeq) and third-generation (Oxford Nanopore and PacBio CLR) sequencing data, at both controlled and open levels of sequencing coverage. Recommendations are made for the most effective tools for each sequencing technology and the best performing combinations of methods, evaluated against common assessment metrics such as contiguity, computational performance, gene completeness, and reference reconstruction, across both organisms and across sequencing coverage depth.