The complete 1.66-megabase pair genome sequence of an autotrophic archaeon, Methanococcus jannaschii, and its 58- and 16-kilobase pair extrachromosomal elements have been determined by whole-genome random sequencing. A total of 1738 predicted protein-coding genes were identified; however, only a minority of these (38 percent) could be assigned a putative cellular role with high confidence. Although the majority of genes related to energy production, cell division, and metabolism in M. jannaschii are most similar to those found in Bacteria, most of the genes involved in transcription, translation, and replication in M. jannaschii are more similar to those found in Eukaryotes.

Archaeoglobus fulgidus is the first sulphur-metabolizing organism to have its genome sequence determined. Its genome of 2,178,400 base pairs contains 2,436 open reading frames (ORFs). The information processing systems and the biosynthetic pathways for essential components (nucleotides, amino acids and cofactors) have extensive correlation with their counterparts in the archaeon Methanococcus jannaschii . The genomes of these two Archaea indicate dramatic differences in the way these organisms sense their environment, perform regulatory and transport functions, and gain energy. In contrast to M. jannaschii , A. fulgidus has fewer restriction–modification systems, and none of its genes appears to contain inteins. A quarter (651 ORFs) of the A. fulgidus genome encodes functionally uncharacterized yet conserved proteins, two-thirds of which are shared with M. jannaschii (428 ORFs). Another quarter of the genome encodes new proteins indicating substantial archaeal gene diversity.

The genetic factors underlying common disease arelargely unknown. Discovery of disease-causing genes willtransform our knowledge of the genetic contribution tohuman disease, lead to new genetic screens, and underpinresearch into new cures and improved lifestyles. The sequencing of the human genome has catalyzed efforts tosearch for disease genes by the strategy of associating sequence variants with measurable phenotypes. In particular, the Human Genome Project and follow-on efforts tocharacterize genetic variation have resulted in the discovery of millions of single-nucleotide polymorphisms(SNPs) (Patil et al. 2001; Sachidanandam et al. 2001;Reich et al. 2003). This represents a significant fraction ofcommon genetic variation in the human genome and creates an unprecedented opportunity to associate genes withphenotypes via large-scale SNP genotyping studies...

We have developed a high-throughput method for analyzing the methylation status of hundreds of preselected genes simultaneously and have applied it to the discovery of methylation signatures that distinguish normal from cancer tissue samples. Through an adaptation of the GoldenGate genotyping assay implemented on a BeadArray platform, the methylation state of 1536 specific CpG sites in 371 genes (one to nine CpG sites per gene) was measured in a single reaction by multiplexed genotyping of 200 ng of bisulfite-treated genomic DNA. The assay was used to obtain a quantitative measure of the methylation level at each CpG site. After validating the assay in cell lines and normal tissues, we analyzed a panel of lung cancer biopsy samples (N = 22) and identified a panel of methylation markers that distinguished lung adenocarcinomas from normal lung tissues with high specificity. These markers were validated in a second sample set (N = 24). These results demonstrate the effectiveness of the method for reliably profiling many CpG sites in parallel for the discovery of informative methylation markers. The technology should prove useful for DNA methylation analyses in large populations, with potential application to the classification and diagnosis of a broad range of cancers and other diseases.

Chromosome 2 of Plasmodium falciparum was sequenced; this sequence contains 947,103 base pairs and encodes 210 predicted genes. In comparison with the Saccharomyces cerevisiae genome, chromosome 2 has a lower gene density, introns are more frequent, and proteins are markedly enriched in nonglobular domains. A family of surface proteins, rifins, that may play a role in antigenic variation was identified. The complete sequencing of chromosome 2 has shown that sequencing of the A+T-rich P. falciparum genome is technically feasible.

Intratumoral oncolytic herpes simplex virus 2-GM CSF (OH2) injection has shown safety and antitumor efficacy in patients with solid tumors. Here, we examined the safety and efficacy of OH2 as a single agent or in combination with HX008, an NMPA-approved PD-1 inhibitor, in locally advanced or metastatic sarcoma patients. This multicenter, phase 1/2 trial enrolled patients with injectable sarcoma lesions, who had failed at least 1 or more lines of standard treatment. Patients were treated with OH2 at three dose levels (106, 107 and 108 CCID50/mL) as single agent or in combination with a fixed dose of HX008. The primary endpoints were safety and tolerability in phase 1 and objective response rate determined by RECIST (V.1.1) criteria and immune-RECIST in phase 2. Between October 20, 2020 and December 30, 2023, 26 patients were enrolled. Seven patients were treated with single-agent OH2 and 19 with HX008 and OH2 combination. No dose-limiting toxicities were observed during the dose escalation. We documented four partial or complete responses in injected lesions, and one partial response in non-injected lesions, which were all from the combination group. Hence, the overall response rate was 0% and 16.7% in the single agent and combination groups, respectively. The duration of response was 3.9-6.5 months. The most frequent treatment-related adverse events (TRAEs) were fever (n=9). Grade 3 or 4 TRAEs were reported in four patients (15.4%). A clear increase in CD8+cell density in the tumor microenvironment was observed in the patients' post-treatment specimens compared with baseline. Intratumoral injection of oncolytic virus OH2 is well tolerable in patients with sarcoma. Further investigation of OH2 with HX008 in select sarcoma subtypes is warranted.