This study describes comprehensive polling of transcription start and termination sites and analysis of previously unidentified full-length complementary DNAs derived from the mouse genome. We identify the 5' and 3' boundaries of 181,047 transcripts with extensive variation in transcripts arising from alternative promoter usage, splicing, and polyadenylation. There are 16,247 new mouse protein-coding transcripts, including 5154 encoding previously unidentified proteins. Genomic mapping of the transcriptome reveals transcriptional forests, with overlapping transcription on both strands, separated by deserts in which few transcripts are observed. The data provide a comprehensive platform for the comparative analysis of mammalian transcriptional regulation in differentiation and development.

Only a small proportion of the mouse genome is transcribed into mature messenger RNA transcripts. There is an international collaborative effort to identify all full-length mRNA transcripts from the mouse, and to ensure that each is represented in a physical collection of clones. Here we report the manual annotation of 60,770 full-length mouse complementary DNA sequences. These are clustered into 33,409 ‘transcriptional units’, contributing 90.1% of a newly established mouse transcriptome database. Of these transcriptional units, 4,258 are new protein-coding and 11,665 are new non-coding messages, indicating that non-coding RNA is a major component of the transcriptome. 41% of all transcriptional units showed evidence of alternative splicing. In protein-coding transcripts, 79% of splice variations altered the protein product. Whole-transcriptome analyses resulted in the identification of 2,431 sense–antisense pairs. The present work, completely supported by physical clones, provides the most comprehensive survey of a mammalian transcriptome so far, and is a valuable resource for functional genomics.

After infection with coxsackie virus B3 (CB3), H-2 congenic mice on an A- background develop immunologically mediated myocarditis associated with an increased titer of myosin autoantibody, part of which is specific for the cardiac myosin isoform. The present study demonstrates that cardiac myosin itself induces severe myocarditis and high titers of myosin autoantibodies in A/J, A.SW/SnJ, and A.CA/SnJ mice. As in CB3-induced myocarditis, one population of these autoantibodies was specific for cardiac myosin. A.BY/SnJ and B10.A/SgSnJ mice also developed the disease after immunization, but the prevalence and the myosin autoantibody titers were lower. In contrast, C57BL/6J and C57BL/10J mice were resistant to myocarditis induced by cardiac myosin and did not develop increased myosin autoantibodies or cardiac myosin-specific autoantibodies. Immunization with skeletal muscle myosin had no effect compared with controls injected with complete Freund's adjuvant, thereby suggesting that the immunogenic epitopes are unique to the cardiac myosin isoform. Furthermore, we found that susceptibility to myocarditis induced by cardiac myosin is influenced by the major histocompatibility complex and by genes not closely linked to the major histocompatibility complex. Because there are parallels between myocarditis induced by cardiac myosin and that induced by CB3, this new animal model can be used to analyze the pathologic mechanisms in autoimmune heart disease.