Chlamydomonas reinhardtii is a unicellular green alga whose lineage diverged from land plants over 1 billion years ago. It is a model system for studying chloroplast-based photosynthesis, as well as the structure, assembly, and function of eukaryotic flagella (cilia), which were inherited from the common ancestor of plants and animals, but lost in land plants. We sequenced the ∼120-megabase nuclear genome of Chlamydomonas and performed comparative phylogenomic analyses, identifying genes encoding uncharacterized proteins that are likely associated with the function and biogenesis of chloroplasts or eukaryotic flagella. Analyses of the Chlamydomonas genome advance our understanding of the ancestral eukaryotic cell, reveal previously unknown genes associated with photosynthetic and flagellar functions, and establish links between ciliopathy and the composition and function of flagella.

In the genetic code, UGA serves as a stop signal and a selenocysteine codon, but no computational methods for identifying its coding function are available. Consequently, most selenoprotein genes are misannotated. We identified selenoprotein genes in sequenced mammalian genomes by methods that rely on identification of selenocysteine insertion RNA structures, the coding potential of UGA codons, and the presence of cysteine-containing homologs. The human selenoproteome consists of 25 selenoproteins.

Bats account for one-fifth of mammalian species, are the only mammals with powered flight, and are among the few animals that echolocate. The insect-eating Brandt’s bat (Myotis brandtii) is the longest-lived bat species known to date (lifespan exceeds 40 years) and, at 4–8 g adult body weight, is the most extreme mammal with regard to disparity between body mass and longevity. Here we report sequencing and analysis of the Brandt’s bat genome and transcriptome, which suggest adaptations consistent with echolocation and hibernation, as well as altered metabolism, reproduction and visual function. Unique sequence changes in growth hormone and insulin-like growth factor 1 receptors are also observed. The data suggest that an altered growth hormone/insulin-like growth factor 1 axis, which may be common to other long-lived bat species, together with adaptations such as hibernation and low reproductive rate, contribute to the exceptional lifespan of the Brandt’s bat. Bats account for 20 per cent of all mammals, these are the only mammals with powered flight, and are among the few animals that echolocate. Here, Seim et al. sequence the genome of the long-lived (>40 years) Brandt’s bat, Myotis brandtiiand provide clues to its evolution, longevity and other traits.