Anopheles gambiae is the principal vector of malaria, a disease that afflicts more than 500 million people and causes more than 1 million deaths each year. Tenfold shotgun sequence coverage was obtained from the PEST strain of A. gambiae and assembled into scaffolds that span 278 million base pairs. A total of 91% of the genome was organized in 303 scaffolds; the largest scaffold was 23.1 million base pairs. There was substantial genetic variation within this strain, and the apparent existence of two haplotypes of approximately equal frequency ("dual haplotypes") in a substantial fraction of the genome likely reflects the outbred nature of the PEST strain. The sequence produced a conservative inference of more than 400,000 single-nucleotide polymorphisms that showed a markedly bimodal density distribution. Analysis of the genome sequence revealed strong evidence for about 14,000 protein-encoding transcripts. Prominent expansions in specific families of proteins likely involved in cell adhesion and immunity were noted. An expressed sequence tag analysis of genes regulated by blood feeding provided insights into the physiological adaptations of a hematophagous insect.

Background: Hyperglycemia at the time of acute ischemic stroke has been linked to worse outcome in both human and animal studies. Objective: To describe the prevalence and severity of hyperglycemia on hospital admission among acute ischemic stroke patients, to examine the independent relationship of admission hyperglycemia to all-cause mortality, and to document the inpatient management of hyperglycemia. Methods: Patients hospitalized with acute ischemic stroke at one hospital from July 1993 to June 1998 (n = 656) were identified. Demographic data, diagnoses, and blood glucose (BG) values were retrieved from the electronic medical record system. Admission stroke severity, fingerstick BG results, and new diabetes diagnoses were obtained by chart review. Hyperglycemia was defined as admitting random serum BG ≥ 130 mg/dL. Hazard ratios (HR) for 30-day, 1-year, and 6-year mortality were calculated using multivariable Cox regression models. Results: Hyperglycemia at admission to hospital was present in 40% of patients with acute stroke. Patients with hyperglycemia were more often women and more likely to have prior diagnoses of diabetes and heart failure. Almost all of these patients remained hyperglycemic during their hospital stay (mean BG = 206 mg/dL), and 43% received no inpatient hypoglycemic drugs. Hyperglycemic patients had longer hospital stay (7 vs 6 days, p = 0.015) and higher inpatient hospital charges ($6,611 vs $5,262, p < 0.001). Hyperglycemia independently increased the risk for death at 30 days (HR 1.87, p ≤ 0.01), 1 year (HR 1.75, p ≤ 0.01), and 6 years after stroke (HR 1.41, p ≤ 0.01). Conclusions: Admitting hyperglycemia was common among patients with acute ischemic stroke and was associated with increased short- and long-term mortality and with increased inpatient charges. Inpatient blood glucose management was suboptimal in this hospital. A trial of intensive treatment of hyperglycemia should be considered.

The high degree of similarity between the mouse and human genomes is demonstrated through analysis of the sequence of mouse chromosome 16 (Mmu 16), which was obtained as part of a whole-genome shotgun assembly of the mouse genome. The mouse genome is about 10% smaller than the human genome, owing to a lower repetitive DNA content. Comparison of the structure and protein-coding potential of Mmu 16 with that of the homologous segments of the human genome identifies regions of conserved synteny with human chromosomes (Hsa) 3, 8, 12, 16, 21, and 22. Gene content and order are highly conserved between Mmu 16 and the syntenic blocks of the human genome. Of the 731 predicted genes on Mmu 16, 509 align with orthologs on the corresponding portions of the human genome, 44 are likely paralogous to these genes, and 164 genes have homologs elsewhere in the human genome; there are 14 genes for which we could find no human counterpart.

T regulatory (Treg) cells are crucial to maintain immune tolerance and repress antitumor immunity, but the mechanisms governing their cellular redox homeostasis remain elusive. We report that glutathione peroxidase 4 (Gpx4) prevents Treg cells from lipid peroxidation and ferroptosis in regulating immune homeostasis and antitumor immunity. Treg-specific deletion of Gpx4 impairs immune homeostasis without substantially affecting survival of Treg cells at steady state. Loss of Gpx4 results in excessive accumulation of lipid peroxides and ferroptosis of Treg cells upon T cell receptor (TCR)/CD28 co-stimulation. Neutralization of lipid peroxides and blockade of iron availability rescue ferroptosis of Gpx4-deficient Treg cells. Moreover, Gpx4-deficient Treg cells elevate generation of mitochondrial superoxide and production of interleukin-1β (IL-1β) that facilitates T helper 17 (T

ABSTRACT We characterized the bacterial populations in surface water receiving effluent from an oxytetracycline (OTC) production plant. Additional sampling sites included the receiving river water 5 km upstream and 20 km downstream from the discharge point. High levels of OTC were found in the wastewater (WW), and the antibiotic was still detectable in river water downstream (RWD), with undetectable levels in river water upstream (RWU). A total of 341 bacterial strains were isolated using nonselective media, with the majority being identified as Gammaproteobacteria . The MICs were determined for 10 antibiotics representing seven different classes of antibiotics, and the corresponding values were significantly higher for the WW and RWD isolates than for the RWU isolates. Almost all bacteria (97%) from the WW and RWD samples demonstrated multidrug-resistant (MDR) phenotypes, while in RWU samples, these were less frequent (28%). The WW and RWD isolates were analyzed for the presence of 23 tetracycline ( tet ) resistance genes. The majority of isolates (94.2% and 95.4% in WW and RWD, respectively) harbored the corresponding genes, with tet (A) being the most common (67.0%), followed by tet (W), tet (C), tet (J), tet (L), tet (D), tet (Y), and tet (K) (in the range between 21.0% and 40.6%). Class I integrons were detected in the majority of WW and RWD isolates (97.4% and 86.2%, respectively) but were not associated with the tet genes. We hypothesize that the strong selective pressure imposed by a high concentration of OTC contributes to the wide dissemination of tetracycline resistance genes and other antibiotic resistance genes, possibly through mobile genetic elements.

Abstract Microbial communities are responsible for biological wastewater treatment, but our knowledge of their diversity and function is still poor. Here, we sequence more than 5 million high-quality, full-length 16S rRNA gene sequences from 740 wastewater treatment plants (WWTPs) across the world and use the sequences to construct the ‘MiDAS 4’ database. MiDAS 4 is an amplicon sequence variant resolved, full-length 16S rRNA gene reference database with a comprehensive taxonomy from domain to species level for all sequences. We use an independent dataset (269 WWTPs) to show that MiDAS 4, compared to commonly used universal reference databases, provides a better coverage for WWTP bacteria and an improved rate of genus and species level classification. Taking advantage of MiDAS 4, we carry out an amplicon-based, global-scale microbial community profiling of activated sludge plants using two common sets of primers targeting regions of the 16S rRNA gene, revealing how environmental conditions and biogeography shape the activated sludge microbiota. We also identify core and conditionally rare or abundant taxa, encompassing 966 genera and 1530 species that represent approximately 80% and 50% of the accumulated read abundance, respectively. Finally, we show that for well-studied functional guilds, such as nitrifiers or polyphosphate-accumulating organisms, the same genera are prevalent worldwide, with only a few abundant species in each genus.

Naringenin, a flavonoid compound with strong anti-inflammatory activity, attenuated non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD) induced by a methionine-choline deficient (MCD) diet in mice. However, the mechanisms underlying this suppression of inflammation and NAFLD remain unknown.WT and NLRP3-/- mice were fed with MCD diet for 7 days to induce NAFLD and were given naringenin by gavage at the same time. in vitro experiments used HepG2 cells, primary hepatocytes, and Kupffer cells (KCs) stimulated by LPS or LPS plus oleic acid (OA).Treating WT mice with naringenin (100 mg·kg-1 ·day-1 ) attenuated hepatic lipid accumulation and inflammation in the livers of mice given the MCD diet. NLRP3-/- mice showed less hepatic lipid accumulation than WT mice, but naringenin did not ameliorate hepatic lipid accumulation further in NLRP3-/- mice. Treating the HepG2 cells with naringenin or NLRP3 inhibitor MCC950 reduced lipid accumulation. Naringenin inhibited activation of the NLRP3/NF-κB pathway stimulated by OA together with LPS. In KCs isolated from WT mice, naringenin inhibited NLRP3 expression. Naringenin also inhibited lipid deposition, NLRP3 and IL-1β expression in WT hepatocytes but was not effective in NLRP3-/- hepatocytes. After re-expressing NLRP3 in NLRP3-/- hepatocytes by adenovirus, the anti-lipid deposition effect of naringenin was restored.Naringenin prevented NAFLD via down-regulating the NLRP3/NF-κB signalling pathway both in KCs and in hepatocytes, thus attenuating inflammation in the mice livers.

Given the frequent occurrence of the sludge bulking phenomena caused by