Infection of poultry with influenza A subtype H7 viruses occurs worldwide, but the introduction of this subtype to humans in Asia has not been observed previously. In March 2013, three urban residents of Shanghai or Anhui, China, presented with rapidly progressing lower respiratory tract infections and were found to be infected with a novel reassortant avian-origin influenza A (H7N9) virus.We obtained and analyzed clinical, epidemiologic, and virologic data from these patients. Respiratory specimens were tested for influenza and other respiratory viruses by means of real-time reverse-transcriptase-polymerase-chain-reaction assays, viral culturing, and sequence analyses.A novel reassortant avian-origin influenza A (H7N9) virus was isolated from respiratory specimens obtained from all three patients and was identified as H7N9. Sequencing analyses revealed that all the genes from these three viruses were of avian origin, with six internal genes from avian influenza A (H9N2) viruses. Substitution Q226L (H3 numbering) at the 210-loop in the hemagglutinin (HA) gene was found in the A/Anhui/1/2013 and A/Shanghai/2/2013 virus but not in the A/Shanghai/1/2013 virus. A T160A mutation was identified at the 150-loop in the HA gene of all three viruses. A deletion of five amino acids in the neuraminidase (NA) stalk region was found in all three viruses. All three patients presented with fever, cough, and dyspnea. Two of the patients had a history of recent exposure to poultry. Chest radiography revealed diffuse opacities and consolidation. Complications included acute respiratory distress syndrome and multiorgan failure. All three patients died.Novel reassortant H7N9 viruses were associated with severe and fatal respiratory disease in three patients. (Funded by the National Basic Research Program of China and others.).

During the spring of 2013, a novel avian-origin influenza A (H7N9) virus emerged and spread among humans in China. Data were lacking on the clinical characteristics of the infections caused by this virus.

BackgroundHuman infection with avian influenza H5N1 is an emerging infectious disease characterised by respiratory symptoms and a high fatality rate. Previous studies have shown that the human infection with avian influenza H5N1 could also target organs apart from the lungs.MethodsWe studied post-mortem tissues of two adults (one man and one pregnant woman) infected with H5N1 influenza virus, and a fetus carried by the woman. In-situ hybridisation (with sense and antisense probes to haemagglutinin and nucleoprotein) and immunohistochemistry (with monoclonal antibodies to haemagglutinin and nucleoprotein) were done on selected tissues. Reverse-transcriptase (RT) PCR, real-time RT-PCR, strand-specific RT-PCR, and nucleic acid sequence-based amplification (NASBA) detection assays were also undertaken to detect viral RNA in organ tissue samples.FindingsWe detected viral genomic sequences and antigens in type II epithelial cells of the lungs, ciliated and non-ciliated epithelial cells of the trachea, T cells of the lymph node, neurons of the brain, and Hofbauer cells and cytotrophoblasts of the placenta. Viral genomic sequences (but no viral antigens) were detected in the intestinal mucosa. In the fetus, we found viral sequences and antigens in the lungs, circulating mononuclear cells, and macrophages of the liver. The presence of viral sequences in the organs and the fetus was also confirmed by RT-PCR, strand-specific RT-PCR, real-time RT-PCR, and NASBA.InterpretationIn addition to the lungs, H5N1 influenza virus infects the trachea and disseminates to other organs including the brain. The virus could also be transmitted from mother to fetus across the placenta.

Abstract Since its initial release in 2001, the human reference genome has been continuously improved in both continuity and accuracy, and the recently-released telomere-to-telomere version—T2T-CHM13—reaches its top quality after 20 years of effort. However, T2T-CHM13 does not represent an authentic diploid human genome, but rather one derived from a simplified, nearly homozygous genome of a hydatidiform mole cell line. To address this limitation and provide an alternative pertinent to the Chinese population, the largest ethnic group in the world, we have assembled a complete diploid human genome of a male Han Chinese, T2T-YAO, which includes telomere-to-telomere assemblies for all the 22+X+M and 22+Y chromosomes in his two haploids inherited separately from his parents. Both haplotypes contain no artificial sequences or model nucleotides and possess a high quality comparable to CHM13, with fewer than one error per ∼14 Mb. Derived from the individual who lives in the aboriginal region of Han Chinese, T2T-YAO shows clear ancestry and potential genetic continuity from the ancient ancestors of the Han population. Each haplotype of T2T-YAO possesses ∼340 Mb exclusive sequences and ∼3100 unique genes as compared to CHM13, and their genome sequences show greater genetic distance to CHM13 than to each other in terms of nucleotide polymorphism and structural variations. The construction of T2T-YAO would serve as a high-quality diploid reference that enables precise delineation of genomic variations in a haplotype-sensitive manner, which could advance our understandings in human evolution, hereditability of diseases and phenotypes, especially within the context of the unique variations of the Chinese population.

Abstract Whole exon sequencing (WES) data are frequently used for cancer diagnosis and genome-wide association studies (GWAS), hinging upon high-coverage read mapping, informative variant calling, and high-quality reference genomes. The center position of the currently used genome assembly, GRCh38, is now challenged by two newly publicized telomere-to-telomere or T2T genomes, T2T-CHM13 and T2T-YAO, and it becomes urgent to have a comparative study to test population specificity using the three reference genomes based on real case WES data. We here report our analysis along this line for 19 tumor samples collected from Chinese patients. The primary comparison of the exon regions among the three references reveals that the sequences in up to ∼1% target regions in YAO are widely diversified from GRCh38 and may lead to off-target in sequence capture. However, YAO still outperforms GRCh38 genomes by obtaining 7.41% more mapped reads. Due to more reliable read-mapping and closer phylogenetic relationship with the samples than GRCh38, YAO reduces half of variant calls of clinical significance which are mostly benign while keeping sensitivity in identifying pathogenic variants. YAO also outperforms CHM13 in reducing calls of Chinese-specific variants. Our findings highlight the critical need for employing population-specific reference genomes in genomic analysis to ensure accurate variant analysis and the significant benefits of tailoring these approaches to the unique genetic backgrounds of each ethnic group.

Objective: Pneumocystis Pneumonia (PCP), primarily affecting individuals with weakened immune systems, is a severe respiratory infection caused by pneumocystis jirovecii and can lead to acute respiratory failure (ARF). In this article, we explore the risk factors of ARF and propose a prognostic model of ARF for PCP patients. Methods: In this multi-center, retrospective study in 6 secondary or tertiary academic hospitals in China, 120 PCP patients were screened from the Dryad database for the development of a predictive model. A total of 49 patients from Peking University People's Hospital were collected for external validation. Crucial clinical features of these patients are selected applying univariate and multivariate logistic regression analysis. We established an intuitive nomogram. Receiver operating characteristic (ROC) curve, calibration curve, decision curve analysis (DCA) and clinical impact curve (CIC) were plotted to evaluate the model's performance. Results: A cohort of 120 patients formed the training cohort for the development of the model, with 49 patients constituting the test cohort. Univariate and multivariate logistic regression analysis identified five risk factors associated with ARF, which are age, fever, dyspnea, high neutrophil count and use of antibiotics. A nomogram was then proposed based on these factors. The area under the ROC curve (AUROC) in the development group has reached 0.8576, while the validation group has an AUROC of 0.7372, indicating commendable ability for predicting ARF. In addition, results for Hosmer-Lemeshow test indicate the effectiveness of our model. Furthermore, DCA and CIC curves demonstrate excellent clinical benefit. Conclusion: We present a nomogram for predicting ARF in non-HIV related PCP patients. The prognostic model may provide references in clinical medicine, promote timely treatment and improve therapeutic outcomes of PCP patients. Keywords: Pneumocystis Pneumonia, PCP, acute respiratory failure, ARF, nomogram

Objective: To analyze the clinical features of COVID-19 infection in hospitalized immunocompromised patients in comparison with immunocompetent patients. Methods: A single-center retrospective observational study was conducted on 213 inpatients diagnosed with COVID-19 in the Peking University People's Hospital between December 2022 and October 2023. They were divided into an immunocompromised group (102 patients, 47.9%) and an immunocompetent group(111 patients, 52.1%), and clinical data were compared between the two groups. The immunocompromised group was further divided into death group (18 cases, 17.6%) and non-death group (84 cases, 82.4%). The differences in laboratory examination findings were compared. Further analysis was performed on the lymphocyte subset differences between the death group(10 patients, 9.8%) and the non-death group (36 patients, 35.3%) with complete data. Results: The proportion of severe and critical cases and the mortality rate, were significantly higher in the immunocompromised group than the immunocompetent group (47.1% vs. 40.5%, 18.6% vs. 9.0%, 17.6% vs. 9.0%,P<0.05). The immunocompromised group had lower vaccination rate (26.5% vs. 44.1%, P<0.05). Hypertension, kidney disease and infections were more common in the immunocompromised group (63.7% vs. 48.6%, 30.4% vs. 9.0%, 49.0% vs. 19.8%, all P<0.05). CT findings of consolidation (40.2% vs. 18.9%), rate of antiviral treatment (48.0% vs. 30.6%) and the positive duration of viral nucleic acid [median 14(7.0, 19.3) days vs. 9(7.0, 18.0) days] were higher in the immunocomprised group (all P<0.05). Lactate dehydrogenase (LDH), procalcitonin (PCT), interleukin-6 (IL-6) and ferritin were higher in the immunocompromised group than those in the immunocompetent group (all P<0.05). In the death group, neutrophils (NEU), C-reactive protein (CRP), PCT, IL-6, ferritin and D-dimer were higher, while lymphocytes (LY), CD4+T-cells, CD8+T-cells, B-cell counts and hemoglobin (HGB) were significantly lower than those in the non-death group (all P<0.05). Conclusions: More than 60% of patients in the immunocompromised group were classified as severe or critical type, with a higher mortality rate and decreased ability to clear severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Decreases in total lymphocytes, CD4+T lymphocytes, CD8+T lymphocytes, and B lymphocytes, along with elevated levels of procalcitonin, ferritin, and D-dimer, indicated poor prognosis.