KP
Kush Patel
Author with expertise in Atopic Dermatitis and Skin Microbiome
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
5
(80% Open Access)
Cited by:
2,031
h-index:
18
/
i10-index:
20
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

A subpopulation of nociceptors specifically linked to itch

Liang Han et al.Dec 23, 2012
Dorsal root ganglion neurons respond to both painful and itchy stimuli, but whether itch-specific neurons exist was, up until now, unknown. Here the authors describe a group of MrgprA3-expressing neurons that innervate the superficial layers of the skin and selectively sense itch. Itch-specific neurons have been sought for decades. The existence of such neurons has been doubted recently as a result of the observation that itch-mediating neurons also respond to painful stimuli. We genetically labeled and manipulated MrgprA3+ neurons in the dorsal root ganglion (DRG) and found that they exclusively innervated the epidermis of the skin and responded to multiple pruritogens. Ablation of MrgprA3+ neurons led to substantial reductions in scratching evoked by multiple pruritogens and occurring spontaneously under chronic itch conditions, whereas pain sensitivity remained intact. Notably, mice in which TRPV1 was exclusively expressed in MrgprA3+ neurons exhibited itch, but not pain, behavior in response to capsaicin. Although MrgprA3+ neurons were sensitive to noxious heat, activation of TRPV1 in these neurons by noxious heat did not alter pain behavior. These data suggest that MrgprA3 defines a specific subpopulation of DRG neurons mediating itch. Our study opens new avenues for studying itch and developing anti-pruritic therapies.
0
Citation546
0
Save
0

Discovering biomarkers associated and predicting cardiovascular disease with high accuracy using a novel nexus of machine learning techniques for precision medicine

William DeGroat et al.Jan 2, 2024
Abstract Personalized interventions are deemed vital given the intricate characteristics, advancement, inherent genetic composition, and diversity of cardiovascular diseases (CVDs). The appropriate utilization of artificial intelligence (AI) and machine learning (ML) methodologies can yield novel understandings of CVDs, enabling improved personalized treatments through predictive analysis and deep phenotyping. In this study, we proposed and employed a novel approach combining traditional statistics and a nexus of cutting-edge AI/ML techniques to identify significant biomarkers for our predictive engine by analyzing the complete transcriptome of CVD patients. After robust gene expression data pre-processing, we utilized three statistical tests (Pearson correlation, Chi-square test, and ANOVA) to assess the differences in transcriptomic expression and clinical characteristics between healthy individuals and CVD patients. Next, the recursive feature elimination classifier assigned rankings to transcriptomic features based on their relation to the case–control variable. The top ten percent of commonly observed significant biomarkers were evaluated using four unique ML classifiers (Random Forest, Support Vector Machine, Xtreme Gradient Boosting Decision Trees, and k-Nearest Neighbors). After optimizing hyperparameters, the ensembled models, which were implemented using a soft voting classifier, accurately differentiated between patients and healthy individuals. We have uncovered 18 transcriptomic biomarkers that are highly significant in the CVD population that were used to predict disease with up to 96% accuracy. Additionally, we cross-validated our results with clinical records collected from patients in our cohort. The identified biomarkers served as potential indicators for early detection of CVDs. With its successful implementation, our newly developed predictive engine provides a valuable framework for identifying patients with CVDs based on their biomarker profiles.
0

Discovering biomarkers associated and predicting cardiovascular disease with high accuracy using a novel nexus of machine learning techniques for precision medicine

William DeGroat et al.Jan 1, 2023
Personalized interventions are deemed vital given the intricate characteristics, advancement, inherent genetic composition, and diversity of cardiovascular diseases (CVDs). The appropriate utilization of artificial intelligence (AI) and machine learning (ML) methodologies can yield novel understandings of CVDs, enabling improved personalized treatments through predictive analysis and deep phenotyping. In this study, we proposed and employed a novel approach combining traditional statistics and a nexus of cutting-edge AI/ML techniques to identify significant biomarkers for our predictive engine by analyzing the complete transcriptome of CVD patients. After robust gene expression data pre-processing, we utilized three statistical tests (Pearson correlation, Chi-square test, and ANOVA) to assess the differences in transcriptomic expression and clinical characteristics between healthy individuals and CVD patients. Next, the Recursive Feature Elimination (RFE) classifier assigned rankings to transcriptomic features based on their relation to the case-control variable. The top ten percent of commonly observed significant biomarkers were evaluated using four unique ML classifiers (Random Forest, Support Vector Machine, Xtreme Gradient Boosting Decision Trees, and k-Nearest Neighbors). After optimizing hyperparameters, the ensembled models, which were implemented using a soft voting classifier, accurately differentiated between patients and healthy individuals. We have uncovered 18 transcriptomic biomarkers that are highly significant in the CVD population that were used to predict disease with up to 96% accuracy. Additionally, we cross-validated our results with clinical records collected from patients in our cohort. The identified biomarkers served as potential indicators for early detection of CVDs. With its successful implementation, our newly developed predictive engine provides a valuable framework for identifying patients with CVDs based on their biomarker profiles.