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Katherine Bryant
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beta-Amyloid peptides destabilize calcium homeostasis and render human cortical neurons vulnerable to excitotoxicity

Mark Mattson et al.Feb 1, 1992
In Alzheimer's disease (AD), abnormal accumulations of beta-amyloid are present in the brain and degenerating neurons exhibit cytoskeletal aberrations (neurofibrillary tangles). Roles for beta-amyloid in the neuronal degeneration of AD have been suggested based on recent data obtained in rodent studies demonstrating neurotoxic actions of beta- amyloid. However, the cellular mechanism of action of beta-amyloid is unknown, and there is no direct information concerning the biological activity of beta-amyloid in human neurons. We now report on experiments in human cerebral cortical cell cultures that tested the hypothesis that beta-amyloid can destabilize neuronal calcium regulation and render neurons more vulnerable to environmental stimuli that elevate intracellular calcium levels. Synthetic beta-amyloid peptides (beta APs) corresponding to amino acids 1–38 or 25–35 of the beta-amyloid protein enhanced glutamate neurotoxicity in cortical cultures, while a peptide with a scrambled sequence was without effect. beta APs alone had no effect on neuronal survival during a 4 d exposure period. beta APs enhanced both kainate and NMDA neurotoxicity, indicating that the effect was not specific for a particular subtype of glutamate receptor. The effects of beta APs on excitatory amino acid (EAA)-induced neuronal degeneration were concentration dependent and required prolonged (days) exposures. The beta APs also rendered neurons more vulnerable to calcium ionophore neurotoxicity, indicating that beta APs compromised the ability of the neurons to reduce intracellular calcium levels to normal limits. Direct measurements of intracellular calcium levels demonstrated that beta APs elevated rest levels of calcium and enhanced calcium responses to EAAs and calcium ionophore. The neurotoxicity caused by EAAs and potentiated by beta APs was dependent upon calcium influx since it did not occur in calcium-deficient culture medium. Finally, the beta APs made neurons more vulnerable to neurofibrillary tangle-like antigenic changes induced by EAAs or calcium ionophore (i.e., increased staining with tau and ubiquitin antibodies). Taken together, these data suggest that beta-amyloid destabilizes neuronal calcium homeostasis and thereby renders neurons more vulnerable to environmental insults.
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XTRACT - Standardised protocols for automated tractography in the human and macaque brain

Shaun Warrington et al.May 11, 2020
We present a new software package with a library of standardised tractography protocols devised for the robust automated extraction of white matter tracts both in the human and the macaque brain. Using in vivo data from the Human Connectome Project (HCP) and the UK Biobank and ex vivo data for the macaque brain datasets, we obtain white matter atlases, as well as atlases for tract endpoints on the white-grey matter boundary, for both species. We illustrate that our protocols are robust against data quality, generalisable across two species and reflect the known anatomy. We further demonstrate that they capture inter-subject variability by preserving tract lateralisation in humans and tract similarities stemming from twinship in the HCP cohort. Our results demonstrate that the presented toolbox will be useful for generating imaging-derived features in large cohorts, and in facilitating comparative neuroanatomy studies. The software, tractography protocols, and atlases are publicly released through FSL, allowing users to define their own tractography protocols in a standardised manner, further contributing to open science.
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Cross-species cortical alignment identifies different types of neuroanatomical reorganization in the temporal lobe of higher primates

Nicole Eichert et al.May 22, 2019
Abstract Evolutionary modifications of the temporo-parietal cortex are considered to be a critical adaptation of the human brain. Cortical adaptations, however, can affect different aspects of brain architecture, including areal expansion or changes in connectivity profiles. We propose to distinguishing different types of brain reorganization using a computational neuroanatomy approach. We investigate the extent to which between-species alignment based on cortical myelin can predict changes in connectivity patterns across macaque, chimpanzee and human. We show that expansion and relocation of brain areas are sufficient to predict terminations of several white matter tracts in temporo-parietal cortex, including the middle and superior longitudinal fasciculus, but not of the arcuate fasciculus. This demonstrates that the arcuate fasciculus underwent additional evolutionary modifications affecting the connectivity pattern of the temporal lobe. The presented approach can flexibly be extended to include other features of cortical organization and other species, allowing direct tests of comparative hypotheses of brain organization.
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XTRACT - Standardised protocols for automated tractography in the human and macaque brain

Shaun Warrington et al.Oct 15, 2019
Abstract We present a new software package with a library of standardised tractography protocols devised for the robust automated extraction of white matter tracts both in the human and the macaque brain. Using in vivo data from the Human Connectome Project (HCP) and the UK Biobank and ex vivo data for the macaque brain datasets, we obtain white matter atlases, as well as atlases for tract endpoints on the white-grey matter boundary, for both species. We illustrate that our protocols are robust against data quality, generalisable across two species and reflect the known anatomy. We further demonstrate that they capture inter-subject variability by preserving tract lateralisation in humans and tract similarities stemming from twinship in the HCP cohort. Our results demonstrate that the presented toolbox will be useful for generating imaging-derived features in large cohorts, and in facilitating comparative neuroanatomy studies. The software, tractography protocols, and atlases are publicly released through FSL, allowing users to define their own tractography protocols in a standardised manner, further contributing to open science.
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The Digital Brain Bank, an open access platform for post-mortem datasets

Benjamin Tendler et al.Jun 22, 2021
Abstract Post-mortem MRI provides the opportunity to acquire high-resolution datasets to investigate neuroanatomy, and validate the origins of image contrast through microscopy comparisons. We introduce the Digital Brain Bank ( open.win.ox.ac.uk/DigitalBrainBank ), a data release platform providing open access to curated, multimodal post-mortem neuroimaging datasets. Datasets span three themes - Digital Neuroanatomist : datasets for detailed neuroanatomical investigations; Digital Brain Zoo : datasets for comparative neuroanatomy; Digital Pathologist : datasets for neuropathology investigations. The first Digital Brain Bank release includes twenty one distinctive whole-brain diffusion MRI datasets for structural connectivity investigations, alongside microscopy and complementary MRI modalities. This includes one of the highest-resolution whole-brain human diffusion MRI datasets ever acquired, whole-brain diffusion MRI in fourteen non-human primate species, and one of the largest post-mortem whole-brain cohort imaging studies in neurodegeneration. The Digital Brain Bank is the culmination of our lab’s investment into post-mortem MRI methodology and MRI-microscopy analysis techniques. This manuscript provides a detailed overview of our work with post-mortem imaging to date, including the development of diffusion MRI methods to image large post-mortem samples, including whole, human brains. Taken together, the Digital Brain Bank provides crossscale, cross-species datasets facilitating the incorporation of post-mortem data into neuroimaging studies.